第七章-2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)-全文預(yù)覽
【正文】 n 3D structure? Protein family, domain, cluster analysis Relationship to known structure? Structural analysis 3D parative modeling Predicted three dimensional structure Is there a predicted structure? 3D analysis in laboratory yes no no no 第四節(jié) 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 同源模型化方法 ? 主要思想： 對(duì)于一個(gè)未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)，找到一個(gè)已知結(jié)構(gòu)的同源蛋白質(zhì)，以該蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)為模板，為未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)建立結(jié)構(gòu)模型。 若序列的等同部分超過 60%， 則預(yù)測(cè)結(jié)果將接近于實(shí)驗(yàn)得到的測(cè)試結(jié)果 。 ? 對(duì)于一個(gè)未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)（ U）， 如果找到一個(gè)已知結(jié)構(gòu)的遠(yuǎn)程同源蛋白質(zhì)（ T）， 那么可以根據(jù) T的結(jié)構(gòu)模板通過遠(yuǎn)程同源模型化方法建立 U的三維結(jié)構(gòu)模型。 ? 建立序列到結(jié)構(gòu)的線索的過程稱為線索化，線索技術(shù)又稱折疊識(shí)別技術(shù)。 ? 建立核心折疊數(shù)據(jù)庫(kù) ? 預(yù)測(cè) 建立線索 U序列 與數(shù)據(jù)庫(kù)核心折疊 比對(duì) 取最佳核心折疊 U結(jié)構(gòu)模型 ? 一種基于序列與結(jié)構(gòu)比對(duì)的最優(yōu)線索化算法 令 : s1, s2,? , sn為蛋白質(zhì)序列 S的 n個(gè)元素 C1, C2,? , Cm為數(shù)據(jù)庫(kù)中核心折疊 C的 m個(gè)核心區(qū)域 Cij為第 i個(gè)核心區(qū)域第 j個(gè)氨基酸位置 每一個(gè)核心區(qū)域由若干個(gè)氨基酸殘基構(gòu)成 ? 設(shè) t是一個(gè)從序列到核心折疊的線索，那么 t說明了序列 S的哪些元素 si,sj,sk,… 代表核心區(qū)域 C1, C2, C3,… 的起始位置。 從頭預(yù)測(cè)方法 ? 在既沒有已知結(jié)構(gòu)的同源蛋白質(zhì)、也沒有已知結(jié)構(gòu)的遠(yuǎn)程同源蛋白質(zhì)的情況下，上述兩種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的方法都不能用，這時(shí)只能采用從頭預(yù)測(cè)方法，即（直接）僅僅根據(jù)序列本身來(lái)預(yù)測(cè)其結(jié)構(gòu)。 構(gòu)象空間搜索 （ R， R， D， L， D， L， U， L， U， U， R） （ R， B， U， F， L， U， R， B， L， L， F） 相對(duì)方向表示法： 利用每個(gè)氨基酸殘基主鏈的轉(zhuǎn)動(dòng)方向來(lái)表示每個(gè)位置上的殘基的方向二維網(wǎng)格模型： 每個(gè)殘基位置上可選擇的方向有三個(gè)
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