blast簡介及其應(yīng)用(文件)
【正文】 TPGSSRGNSPARMASGGGETALALLLLDRLNQLESKVSGKGGQTVTKKSAAEASKKPRQKRTATKQYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQDLIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYHGAIKLDDKDPQFKDNVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKKKTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADMDDFSRQLQNSMSGASADSTQA 37 NCBI的 BLAST主頁 界面如圖所示： 分析過程 38 登陸 BLAST主頁 39 ，選擇合適的比對分析界面程序。 分析過程 45 46 ，進(jìn)入 Formatting Blast界面，如圖： 分析過程 48 ，進(jìn)入 Conserved Domains（保守結(jié)構(gòu)）分析界面，可以看到序列的保守性利用不同的算法，得出不同的結(jié)果，如圖： 分析過程 50 ，系統(tǒng)將自動更新，不久將獲得 BLAST比對得到大量相似序列；再經(jīng)過幾分鐘后， BLAST界面自動刷新，列出分析結(jié)果 分析過程 52 53 基因名 來源物種 一致程度， 登錄號 54 55 56 所選序列 下載序列 。如下圖： 分析過程 40 41 在網(wǎng)頁的 Enter accession FASTA sequence對話框中輸入待查詢序列，下面 Choose search set→ database項中選Swissprot庫（ nr： NCBI所有翻譯庫，Refseq：專家參照庫， Swissprot：歐洲蛋白質(zhì)專家?guī)欤?pat：專利庫， pdb：蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)庫），單擊 BLAST運(yùn)行程序。這些數(shù)據(jù)庫中經(jīng)常包含有相同的序列，但 nr數(shù)據(jù)庫只收錄其中的一個序列 (即使在 nr數(shù)據(jù)庫中出現(xiàn)看上去一樣的序列，實際上還是具有一些細(xì)節(jié)上的區(qū)別 )。然后此程序就會將翻譯的 6個蛋白質(zhì)序列逐一與蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫中的各個成員進(jìn)行比較。這類搜索有專門與蛋白質(zhì)搜索相關(guān)的可選參數(shù)，如對各種PAM和 BLOSUM打分矩陣的選擇。 ? 進(jìn)入 Blast界面選擇一種自己所需的功能進(jìn)行搜索比對。 ?確定 一個 DNA或
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