blast簡(jiǎn)介及其應(yīng)用-文庫(kù)吧
2025-04-22 18:03 本頁(yè)面
【正文】 擎。 BLAST是基于匹配 短序列片段 ，用一種強(qiáng)有力的統(tǒng)計(jì)模型來(lái)確定未知序列與數(shù)據(jù)庫(kù)序列的最佳局部聯(lián)配，可在序列數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)查詢序列進(jìn)行相似性比對(duì) 工作。 8 BLAST簡(jiǎn)介 BLAST搜索的六大優(yōu)點(diǎn)： ? 使用方便，功能齊全 ? 速度快，結(jié)果可信 ? NCBI精心維護(hù)，持續(xù)開(kāi)發(fā) ? 配套數(shù)據(jù)庫(kù)不斷更新 ? 免費(fèi)服務(wù)（ NCBI、 EBI、 TIGR） ? 免費(fèi)下載，本地安裝 9 主要的 BLAST程序（功能） 程序名 查詢序列 數(shù)據(jù)庫(kù) 搜索方法 Blastn 核酸 核酸 在核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中比對(duì)核酸序列 Blastp 蛋白質(zhì) 蛋白質(zhì) 在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中比對(duì)蛋白質(zhì)序列 Blastx 核酸 蛋白質(zhì) 在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中比對(duì)待檢的核酸序列（用所有 6種可讀框翻譯） Tblastn 蛋白質(zhì) 核酸 在核酸數(shù)據(jù)庫(kù) （用所有 6種可讀框翻譯）中比對(duì)待檢的蛋白質(zhì)序列 TBlastx 核酸 核酸 在核酸數(shù)據(jù)庫(kù)（用所有 6種可讀框翻譯）中比對(duì)待檢的核酸序列（也用所有 6種可讀框翻譯） 10 兩種版本的 BLAST比較（一） ? 網(wǎng)絡(luò)版本 包括 NCBI在內(nèi)的很多網(wǎng)站都提供了在線的 BLAST服務(wù)，這也是我們最經(jīng)常用到的 BLAST服務(wù)。網(wǎng)絡(luò)版本的 BLAST服務(wù)就有方便，容易操作，數(shù)據(jù)庫(kù)同步更新等優(yōu)點(diǎn)。但是缺點(diǎn)是不利于操作大批量的數(shù)據(jù)，同時(shí)也不能自己定義搜索的數(shù)據(jù)庫(kù)。 11 ? 單機(jī)版 單機(jī)版的 BLAST可以通過(guò) NCBI的 ftp站點(diǎn)獲得，有適合不同平臺(tái)的版本（包括 linux， dos等）。獲得程序的同時(shí)必須獲取相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)才能在本地進(jìn)行 BLAST分析。單機(jī)版的優(yōu)點(diǎn)是可以處理大批的數(shù)據(jù)，可以自己定義數(shù)據(jù)庫(kù)，但是需要耗費(fèi)本地機(jī)的大量資源，此外操作也沒(méi)有網(wǎng)絡(luò)版直觀、方便，需要一定的計(jì)算機(jī)操作水平。 兩種版本的 BLAST比較（二） Why use BLAST? ? BLAST 是 NCBI中用來(lái)將一個(gè)蛋白質(zhì)或DNA序列和各種數(shù)據(jù)庫(kù)中的其他序列進(jìn)行比對(duì)的主要工具。 BLAST搜索 是研究一個(gè)蛋白質(zhì)和基因的最基本的方法之一 。 BLAST的使用 ? BLAST 具有非常廣泛的應(yīng)用： ? 研究可能存在多種剪切方式的表達(dá)序列標(biāo)簽。 ? 尋找對(duì)于一
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