blast簡介及其應用-wenkub
2023-05-22 18:03:51 本頁面
【正文】 Why use BLAST? ? BLAST 是 NCBI中用來將一個蛋白質(zhì)或DNA序列和各種數(shù)據(jù)庫中的其他序列進行比對的主要工具。 ?確定 特定的蛋白質(zhì)或核酸序列有哪些已知的直系同源或旁系同源序列。 Blast的使用 ? 首先在 NCBI的基因數(shù)據(jù)庫中找到一段基因核苷酸序列（或者是通過測序得到的核苷酸序列）。 ? Blast（比對） 網(wǎng)頁版 具體步驟 blast主頁 ，選擇合適的程序 blast主頁BLAST/ 組裝的基因組序列庫 基本 blast 特定的 BLAST 所有的 BLAST基 因數(shù)據(jù)庫 18 19 20 核酸數(shù)據(jù)庫中 比對核酸序列 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中 比對蛋白質(zhì)序列 BLASTN BLASTP 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中 比對核酸序列 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中 比對核酸序列 核酸數(shù)據(jù)庫中 比對蛋白質(zhì)序列 21 標準蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫 組裝的基因序列庫 快速搜索 基本操作 特定的 BLAST 所有的 BLAST基 因數(shù)據(jù)庫 23 特定的 BLAST 24 ，選擇合適的程序 ，選擇合適的程序 ?blastn (nucleotide BLAST)： 將一個核酸的查詢序列與一個核酸序列數(shù)據(jù)庫相比較。如若有一個 DNA序列，想知道它編碼什么蛋白質(zhì)，用此程序進行搜索。該程序不能使用BLAST網(wǎng)頁上提供的主要的去冗余 (nr)數(shù)據(jù)庫，因這一操作很消耗計算機資源。 33 34 填入查詢（ query）的序列 序列范圍 （默認全部） 選擇搜索數(shù)據(jù)庫 如果接受其他參數(shù)默認設置，點擊開始搜索 35 36 具體例子 以下列蛋白序列為例，進行 BLAST搜素： MSDNGPQSNQRSAPRITFGGPTDSTDNNQNGGRNGARPKQRRPQGLPNNTASWFTALTQHGKEELRFPRGQGVPINTNSGPDDQIGYYRRATRRVRGGDGKMKELSPRWYFYYLGTGPEASLPYGANKEGIVWVATEGALNTPKDHIGTRNPNNNAATVLQLPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRGNSRNS
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