blast簡(jiǎn)介及其應(yīng)用(已修改)
2025-05-19 18:03 本頁(yè)面
【正文】 BLAST簡(jiǎn)介及其應(yīng)用 Basic Local Alignment Search Tool 2 實(shí)驗(yàn)?zāi)康? 了解 Blast資源和功能 了解 blast的應(yīng)用 掌握使用 blast進(jìn)行序列搜索 3 生物序列的相似性 相似性 (similarity)： 是指一種很直接的 數(shù)量關(guān)系 ，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合適的度量。比如說(shuō)， A序列和 B序列的相似性是 80％，或者 4/5。這是個(gè)量化的關(guān)系。當(dāng)然可進(jìn)行自身局部比較。 4 同源性 (homology)： 指從一些數(shù)據(jù)中推斷出的兩個(gè)基因或蛋白質(zhì)序列具有共同祖先的結(jié)論，屬于 質(zhì)的判斷 。就是說(shuō) A和 B的關(guān)系上，只有是同源序列，或者非同源序列兩種關(guān)系。而說(shuō) A和 B的同源性為 80％都是不科學(xué)的。 生物序列的同源性 5 相似性和同源性關(guān)系 序列的相似性和序列的同源性有一定的關(guān)系，一般來(lái)說(shuō) 序列間的相似性越高的話，它們是同源序列的可能性就更高 ，所以經(jīng)?？梢酝ㄟ^(guò)序列的相似性來(lái)推測(cè)序列是否同源。 正因?yàn)榇嬖谶@樣的關(guān)系，很多時(shí)候?qū)π蛄械南嗨菩院屯葱跃蜎](méi)有做很明顯的區(qū)分，造成經(jīng)常等價(jià)混用兩個(gè)名詞。所以有出現(xiàn) A序列和 B序列的同源性為 80％一說(shuō)。 6 Blast程序評(píng)價(jià)序列相似性的兩個(gè)數(shù)據(jù) Score： 使用打分矩陣對(duì)匹配的片段進(jìn)行打分，這是對(duì)各對(duì)氨基酸殘基（或堿基）打分求和的結(jié)果，一般來(lái)說(shuō)，匹配片段越長(zhǎng)、 相似性越高則 Score值越大。 E value:在相同長(zhǎng)度的情況下，兩個(gè)氨基酸殘基（或堿基）隨機(jī)排列的序列進(jìn)行打分，得到上述 Score值的概率的大小。 E值越小表示隨機(jī)情況下得到該 Score值的可能性越低。 我們?cè)讷@得一個(gè) Blast結(jié)果時(shí)需要看這兩個(gè)指標(biāo)。 如果 Blast獲得的目標(biāo)序列的 Score值越高并且 Evalue越低表明結(jié)果越可信，反之越不可信 . 7 BLAST簡(jiǎn)介 BLAST既是一種算法也是一種基于該算法設(shè)計(jì)出的 搜索工具 ，是由美國(guó)國(guó)家生物信息中心（ NCBI）研發(fā)的一個(gè)生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)搜索工具系統(tǒng)，該系統(tǒng)對(duì)于生物基因序列數(shù)據(jù)在計(jì)算機(jī)中的表達(dá)和處理作了許多的研究，提供了一個(gè)快速的基于堿基數(shù)據(jù)的搜索引
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