blast簡介及其應(yīng)用(已修改)
2025-05-19 18:03 本頁面
【正文】 BLAST簡介及其應(yīng)用 Basic Local Alignment Search Tool 2 實驗?zāi)康? 了解 Blast資源和功能 了解 blast的應(yīng)用 掌握使用 blast進行序列搜索 3 生物序列的相似性 相似性 (similarity)： 是指一種很直接的 數(shù)量關(guān)系 ，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合適的度量。比如說， A序列和 B序列的相似性是 80％，或者 4/5。這是個量化的關(guān)系。當(dāng)然可進行自身局部比較。 4 同源性 (homology)： 指從一些數(shù)據(jù)中推斷出的兩個基因或蛋白質(zhì)序列具有共同祖先的結(jié)論，屬于 質(zhì)的判斷 。就是說 A和 B的關(guān)系上，只有是同源序列，或者非同源序列兩種關(guān)系。而說 A和 B的同源性為 80％都是不科學(xué)的。 生物序列的同源性 5 相似性和同源性關(guān)系 序列的相似性和序列的同源性有一定的關(guān)系，一般來說 序列間的相似性越高的話，它們是同源序列的可能性就更高 ，所以經(jīng)常可以通過序列的相似性來推測序列是否同源。 正因為存在這樣的關(guān)系，很多時候?qū)π蛄械南嗨菩院屯葱跃蜎]有做很明顯的區(qū)分，造成經(jīng)常等價混用兩個名詞。所以有出現(xiàn) A序列和 B序列的同源性為 80％一說。 6 Blast程序評價序列相似性的兩個數(shù)據(jù) Score： 使用打分矩陣對匹配的片段進行打分，這是對各對氨基酸殘基（或堿基）打分求和的結(jié)果，一般來說，匹配片段越長、 相似性越高則 Score值越大。 E value:在相同長度的情況下，兩個氨基酸殘基（或堿基）隨機排列的序列進行打分，得到上述 Score值的概率的大小。 E值越小表示隨機情況下得到該 Score值的可能性越低。 我們在獲得一個 Blast結(jié)果時需要看這兩個指標(biāo)。 如果 Blast獲得的目標(biāo)序列的 Score值越高并且 Evalue越低表明結(jié)果越可信，反之越不可信 . 7 BLAST簡介 BLAST既是一種算法也是一種基于該算法設(shè)計出的 搜索工具 ，是由美國國家生物信息中心（ NCBI）研發(fā)的一個生物信息數(shù)據(jù)庫搜索工具系統(tǒng)，該系統(tǒng)對于生物基因序列數(shù)據(jù)在計算機中的表達和處理作了許多的研究，提供了一個快速的基于堿基數(shù)據(jù)的搜索引
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