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基于php和mysql的基因數據庫綜合管理系統(tǒng)的設計與開發(fā)-wenkub

2022-11-27 16:21:13 本頁面
 

【正文】 1997 年中,開始了第三版的開發(fā)計劃,開發(fā)小組加入了 Zeev Suraski 及 Andi Gutmans,而第三版就定名為 PHP3。你還可以自己編寫外圍的函數取間接存取數據庫。對于一個非程序員來說為 PHP 擴展附加功能可能會比較難,但是對于一個 PHP 程序員來說并不困難。 4 ( 3)可伸縮性 傳統(tǒng)上網頁的交互作用是通過 CGI 來實現(xiàn)的。內嵌的 PHP 可以具 有更高的可伸縮性。 PHP 運行環(huán)境 Apache 是世界使用排名第一的軟件。 Apache 的特點是簡單、速度快、性能穩(wěn)定,并可做 代理服務器 來使用。 5 數據庫簡介 MySQL 是一個小型關系型數據庫管理系統(tǒng),開發(fā)者為瑞典 MySQL AB公司。這 些編程語言包括 C、 C++、 Eiffel、Java、 Perl、 PHP、 Python、 Ruby 和 Tcl 等。由于這三個軟件都是遵循 GPL的開 放源碼軟件,因此使用這種方式不用花一分錢就可以建立起一個穩(wěn)定、免費 的網站系統(tǒng) 大降低了開 發(fā)成本。這種模式統(tǒng)一了客戶端,將系統(tǒng)功 能實現(xiàn)的核心部分集中到服務器上,簡化了系統(tǒng)的開發(fā)、維護和使用。只要有一臺能上網的電腦就能使用,客戶端零維護。對一個稍微大一點單位來說,系統(tǒng)管理人員如果需要在幾百甚至上千部電腦之間來回奔跑,效率和工作量是可想而知的,但 B/S 架構的軟件只需要管理服務器就行了,所有的客戶端只是瀏覽器,根本不需要做任何的維護。因此,維護和升級革命的方式是 ―瘦 ‖客戶機, ―胖 ‖服務器。 (3).應用服務器運行數據負荷較重 由于 B/S 架構管理軟件只安裝在服務器端( Server)上,網絡管理人員只需要管理服務器就行了,用戶界面主要事務邏輯在服務器 ( Server)端完全通過 WWW 瀏覽器實現(xiàn),極少部分事務邏輯在前端( Browser)實現(xiàn),所有的客戶端只有瀏覽器,網絡管理人員只需要做硬件維護。 系統(tǒng)的體系結構主要如下: ? 界面表示層 :處理系統(tǒng)與用戶的交 互。 ? .數據存儲層 :就是數據庫層,它提供業(yè)務邏輯層所需的所有 信息和數據。 PHP 中也提供了強大的支持 MySQL 數據庫的函數, “phpMyAdmin” 為MySQL 數據庫提供了圖形化界面 使用起來更加直觀 。 按上述三方面進行可行性分析、研究后,我認為該項目是可行的 , PHP 結合 MYSQL 數據庫,可以很快速高效完成項目的設計;系統(tǒng)的實現(xiàn)對于實際的學習 研究 和 管理也有很大的意義。然后用戶在管理系統(tǒng)可向系統(tǒng)提交任務 ,得到相應的 服務。系統(tǒng)根據用戶提交的服務請求,進行相應的的操作,最后提交任務結果到 WEB 界面顯示。 的 主 要 屬 性 有 GENE_ID ( 序 列 編 號 ),NAME`( 序 列 名字 ),DEFINITION(注釋 ),SOURCE(數據來源 ),REFERENCE(文獻 ),SEQUNCE` (DNA 序列 ),KEYWORDS(關鍵字 )。以MySQL 作為后臺數據庫,以 Apache 為服務器,用 PHP 語言構建的基因信息的數據庫系統(tǒng)。序列編號 39。注釋 39。文獻 39。關鍵字 39。, `NAME` VARCHAR( 10 ) NOT NULL COMMENT 39。, `SOURCE` VARCHAR( 50 ) NOT NULL COMMENT 39。, `SEQUNCE` VARCHAR( 2020 ) NOT NULL COMMENT 39。, PRIMARY KEY ( `GENE_ID` ) ) ENGINE = MYISAM 。蛋白質名稱 39。數據來源 39。文獻 39。 ( 2) .MySQL 表的建立如圖所示: 18 圖 PROTEIN 信息表 三.主要模塊設計 19 圖 登陸界面 管理 界面 在輸入正確的賬號、密碼后,系統(tǒng)便可以跳轉到管理界面。 圖 系統(tǒng)界面 ( 1) DNA 信息錄入 功能 : 基因數據庫管理系統(tǒng)提供 的 DNA,信息錄入功能 ,用戶可以通過 WEB 界面將基因信息保存在后臺的 MySQL 數據庫中 [9]。 //mysql 數據庫服務器 $mysql_username =root。dna39。NAME 39。SOURCE39。SEQUNCE39。NULL39。$KEYWORDS 39。$REFERENCE 39。$DEFINITION39。 $result=mysql_query($sql)。這是該系統(tǒng)的最基本的功能。 //mysql 數據庫密碼 $mysql_database=genebase。GENE_ID39。KEYWORDS 39。REFERENCE 39。DEFINITION39。$NAME 39。$SOURCE39。$SEQUNCE39。 $conn=mysql_connect($mysql_server_name,$mysql_username,$mysql_password)。 ? 23 ( 3) PROTEIN 信息錄入功能: 基因數據庫管理系統(tǒng)提供 蛋白質 信息錄入功能, 用戶可以通過 WEB 界面將基因信息保存在后臺的 MySQL 數據庫中。 //mysql 數據庫服務器 $mysql_username =root。protein39。NAME 39。SOURCE39。 ORIGIN 39。NULL39。$KEYWORDS 39。$REFERENCE 39。$DEFINITION39。 $result=mysql_query($sql)。序列文件的第一行是由大于號 或分號 。使用時應注意有些程序對大小寫有明確要求。height:80px。width:400px。 $b=strlen($xulie)。bp39。border:1px solid dedede。?echo $c\r\n??echo $d?/textarea /label /p ( 5)基因信息查詢功能 基因數據庫管理系統(tǒng)提供 基因信息的查詢,可以對堿基序列的序列名稱、序列物種、序列的關鍵詞進行檢索,得到用戶想要的數據信息 [11]。 //mysql 數據庫用戶名 $mysql_password =。 。 28 $sql3=SELECT * FROM dna WHERE KEYWORDS=39。 $result=mysql_db_query($mysql_database,$sql1,$conn)。 echo(數據來源 :$row[3]\n)。 } mysql_free_result($result)。 echo(注釋 :$row[2]\n)。 echo關鍵字 :$row[6]\n。 echo(序列名字 :$row[1]\n)。 echo堿基序列 $row[5]\n。 這樣的測試 方法也是最直接、最簡單、最有效的。下面以插入 p53 基因信息為例進行測試: ( 1)首先填寫 DNA 信息錄入界面,如下圖: 圖 DNA 錄入 填寫 31 ( 2)填寫完成后,點擊確定,提交信息,系統(tǒng)返回是否錄入成功的的提示。測試結果如下圖: 32 圖 序列轉化的結果顯示 基因數據庫管理系統(tǒng) 提供 基因信息的查詢,可以對堿基序列的序列名稱、序列物種、序列的關鍵詞進行檢索,得到用戶想要的數據信息。 但是該系統(tǒng)功能和設計還不夠完善,在使用過程中可能會出現(xiàn)一些錯誤和缺陷,這就需要對 系統(tǒng)進行及時的維護和改進。該 系統(tǒng)可以進行 DNA,RNA,蛋白質序列的錄入,查詢,查看相關注釋;并且具有序列格式轉換功能,轉化為標準的 FASTA格式。通過這次畢業(yè)設計,我鞏固了很多專業(yè)知識 ,也學到了很多新的知識 。在這里我要向所有的老師表示衷心的感謝! 這次畢業(yè)設計的完成,我要特別感謝 學院的老師們 , 在 本研究課題的資料收集、系統(tǒng)設計、開發(fā)過程中得到了 白老師的悉心指導和幫助,在完成項目及設計包括電子稿期間,白 老師為我的畢業(yè)設計較早的指明了方向,給予了我多方面的關懷和指導,使我不僅完成了畢業(yè)設計,更掌握了科學的學習 和研究方法。 MYSQL WEB[M]. 南京:東南大學出版社, 2020. [7] Ashish Wilfred,Meeta Gupta. PHP professional projects[M]. USA:Premier Press,2020. [8] 陳亮 ,顧珉 ,陶怡 等 . 學習科學相關基因數據庫的構建 [J]. 生物醫(yī)學工程研究 .2020,23(2). [9] 侯津杰 ,郭靠山 ,喬欽增 等 . 設計與構建動脈粥樣硬化相關基因數據庫 [J].中國組織工程研究與臨床康復 .2020,12(26). [10] 曾順 . 精通 CSS+DIV 網頁樣式與布局 [M]. 北京:人民郵電出版社 , 2020. [11] NoebelsJL. Exploring new gene discoveries in idiopathic generalized epilepsy[J]. Epilepsia,2020,44(2):1621. [12] Pruitt KD,Maglott DR. RefSeq,LocusLink. NCBIgene centereder sources[J]. NucleicAcidsRes,2020,29(1):137140. [13] Schulze KermerS. Ontologies for molecular biology[J]. Bioput,1998,3:693 704. [14] 李桂源 ,錢駿 . 基于 的生物信息學應用指南 [M]. 湖南:中南大學出版社, 2020. 37 [15] Christopher Cosentino. Advanced PHP For Web Professionals[J]. Prentice Hall,2020,23(2):1214. 38 附 錄 一、英文原文: Argonaute— a database for gene regulation by mammalian microRNAs Priyanka Shahi1 ABSTRACT MicroRNAs (miRNAs) constitute a recently discovered class of small noncoding RNAs that regulate expression of target genes either by decreasing the stability of the target mRNA or by translational inhibition. They are involved in diverse processes, including cellular differentiation, proliferation and apoptosis. Recent evidence also suggests their importance for cancerogenesis. By far the most important model systems in cancer research are mammalian anisms. Thus, we decided to pile prehensive information on mammalian miRNAs, their origin and regulated target genes in an exhaustive,curated database called Argonaute ( Argonaute collects latest information from both literature and other databases. In contrast to current databases on miRNAs like miRBase::Sequences, NONCODE or RNAdb, Argonaute hosts additional information on the origin of an miRNA, . in which host gene it is encoded, its expression in different tissues and its known or proposed function, its potential target genes including Gene Ontology annotation, as well as miRNA families and proteins known to be involved in miRNA processing. Additionally, target genes are linked to an information retrieval system that provides prehensive i
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