【正文】 物信息領(lǐng)域是非常重要的資源管理手段 。 基于 數(shù)據(jù)庫系統(tǒng) 設(shè)計(jì)的目的 在于 解決 研究中 產(chǎn)生 的大量 有待分析的基因組序列的有效存儲(chǔ)和管理問題 ，所以 本系統(tǒng) 的 所具有的功能是 可以進(jìn)行 DNA,RNA，蛋白質(zhì)序列信息的的錄入，查詢，查看相關(guān)注釋；并且具有序列格式轉(zhuǎn)換功能，轉(zhuǎn)化為標(biāo)準(zhǔn)的 FASTA 格式 等 。如何設(shè)計(jì)高效、簡單、快速的操作平臺(tái)是基因數(shù)據(jù)庫發(fā)揮作用的關(guān)鍵問題。 實(shí)現(xiàn)動(dòng)態(tài)網(wǎng)頁的手段很多 ,傳統(tǒng)的 CGI 程序存在執(zhí)行效率低、移植性差以及開發(fā)效率低的缺點(diǎn) .而 PHP 與小型數(shù)據(jù)庫 MySQL 配合使用 ,具有效率高、語法靈活的特點(diǎn)。到了 1996 年底，有 15000 個(gè)網(wǎng)站使用 PHP/FI；時(shí)間到了 1997 年中，使用 PHP/FI 的網(wǎng)站數(shù)字超過五萬個(gè)。 （ 2）可擴(kuò)展性 就像前面說的那樣， PHP 已經(jīng)進(jìn)入了一個(gè)高速發(fā)展的時(shí)期。 PHP 就可以以這種方式安裝，雖然很少有人愿意這樣以 CGI方式安裝它。因?yàn)樗?自由軟件 ，所以不斷有人來為它 開發(fā) 新的功能、新的特性、修改原來的缺陷。 MySQL 的 特點(diǎn)： (1)使用 C 和 C++編寫，并使用了多種編譯器進(jìn)行測(cè)試，保證源代碼的可移植性 (2)支持多種操作系統(tǒng) (3)為多種編程語言提供了 API。 7 第 二 章 系統(tǒng) 結(jié)構(gòu)與 需求分析 B/S 結(jié)構(gòu)的簡介 1 .B/S 結(jié)構(gòu) 的概念 B/S 結(jié)構(gòu)：（ Browser/Server，瀏覽器 /服務(wù)器模式）：是 WEB 興起后的一種網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)模式， WEB 瀏覽器是客戶端最主要的應(yīng)用軟件 [3]。 (1).維護(hù)和升級(jí)方式簡單 目前，軟件系統(tǒng)的改進(jìn)和升級(jí)越來越頻繁， B/S 架構(gòu)的產(chǎn)品明顯體現(xiàn)著更為方便的特性。所以服務(wù)器操作系統(tǒng)的選擇是很多的，不管選用那種操作系統(tǒng)都可以讓大部分人使用 windows 作為桌面操作系統(tǒng)電腦不受影響，這就使的最流行免費(fèi)的 Linux 操作系統(tǒng)快速發(fā)展起來， Linux 除了操作系統(tǒng)是免費(fèi)的以外，連數(shù)據(jù)庫也是免費(fèi)的，這種選擇非常盛行。當(dāng)數(shù)據(jù)庫的結(jié)構(gòu)等發(fā)生改變時(shí)，只需要對(duì)數(shù)據(jù)訪問層的代碼進(jìn)行更新，而不必修改其它層的程序，從而實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)良好的可擴(kuò)展性。該系統(tǒng)可以方便的進(jìn)行序列的錄入和查詢。系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)圖如 下所示 ： 圖 系統(tǒng) 結(jié)構(gòu)圖 流程 圖 12 系統(tǒng)在用戶身份驗(yàn)證后便 向用戶 提供管理基因信息的 權(quán)限。蛋白質(zhì) 序列信息 ER 圖 如下所示： DNA GENE_ID NAME KEYWORDS DEFINITION職務(wù) SEQUNCE REFERENCE SOURCE別 蛋白質(zhì)序列 P_ID NAME KEYWORDS DEFINITION職務(wù) ORIGIN REFERENCE號(hào) SOURCE別 RNA GENE_ID NAME KEYWORDS DEFINITION職務(wù) SEQUNCE REFERENCE號(hào) SOURCE別 14 圖 蛋白序列信息 ER 圖 15 第四章 系統(tǒng)詳細(xì)設(shè)計(jì) 一．系統(tǒng)設(shè)計(jì)方案 該管理系統(tǒng)以 Dreamweaver 為框架構(gòu)建了基因數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)網(wǎng)站。, `DEFINITION` VARCHAR( 100 ) NOT NULL COMMENT 39。, `KEYWORDS` VARCHAR( 50 ) NOT NULL COMMENT 39。注釋 39。關(guān)鍵字 39。, `SOURCE` VARCHAR( 100 ) NOT NULL COMMENT 39。, PRIMARY KEY ( `P_ID` ) ) ENGINE = MYISAM 。 20 圖 DNA 錄入功能 功能實(shí)現(xiàn)的核心代碼： ? //鏈接數(shù)據(jù)庫 變量 $mysql_server_name =localhost。, 39。, 21 39。,39。,39。這樣 一個(gè)開放的平臺(tái)，可以供其他使用者查詢，學(xué)習(xí)。 ( 39。, 39。,39。,39。 mysql_close($conn)。 //mysql 數(shù)據(jù)庫名 //插入數(shù)據(jù) 24 $sql=INSERT INTO 39。, 39。 ) VALUES (39。,39。 mysql_select_db($mysql_database,$conn)。通常核苷酸符號(hào)大小寫均可，而氨基酸常用大寫字母。padding:5px。. $b.39。float:left。$NAME39。 $conn=mysql_connect($mysql_server_name,$mysql_username,$mysql_password)。 echo關(guān)鍵字 :$row[6]\n。 29 echo堿基序列 $row[5]\n。 echo文獻(xiàn) :$row[4]\n。如果成功，系統(tǒng)返回操作成功的網(wǎng)頁，并在后臺(tái)數(shù)據(jù)庫中添加新的 數(shù)據(jù)記錄 [13]。系統(tǒng)基本符合一個(gè)基因管理系統(tǒng)的要求，可以滿足用戶的基本使用要求 [15]。在此次的網(wǎng)站設(shè)計(jì)過程中，我有很多體會(huì)和感受，當(dāng)然更多的是收獲。謝謝！ 36 參考文獻(xiàn) [1] 杜江 . PHP5 與 MySQL5 Web 開發(fā)技術(shù)詳解 [M]. 北京：電子工業(yè)出版社，2020. [2] 趙斯思 . PHP 網(wǎng)絡(luò)編程技術(shù)與實(shí)例 [M]. 北京：人民郵電出版社， 2020. [3] Gilmore. PHP 與 MySQL5 程序設(shè)計(jì) [M]. 北京：人民郵電出版社，2020. [4] 鄂志國 ,莊杰云 ,曹永生 等 . 基于 INTERNET 的水稻基因數(shù)據(jù)庫信息系統(tǒng)[J]. 中國水稻科學(xué) .2020, 20(6)： 670972. [5] 劉國祥 . 基于 PHP 技術(shù)的基因數(shù)據(jù)庫 Web 平臺(tái)設(shè)計(jì) [J]. 計(jì)算機(jī)時(shí)代 .2020(6). [6] David Lane. PHP amp?；叵肫疬@過去的四年真是感慨萬千，不僅因?yàn)檫@是我人生中最美好的四年，還因?yàn)樵谶@四年間我遇到了很多優(yōu)秀的老師，得到了他們的悉心栽培，使我不僅掌握了豐富的專業(yè)知識(shí)，也學(xué)會(huì)了很多做人的道理。 本管理系統(tǒng)解決了其他數(shù)據(jù)庫 存在 的 執(zhí)行效率低、移植性差以及開發(fā)效率低的缺點(diǎn) ，能夠有效地存儲(chǔ)管理基因信息。從第二行開始為序列本身， 輸出的序列全部轉(zhuǎn)化為大寫格式，每行 60 個(gè)堿基自動(dòng)換行 [14]。 ? 30 第 五 章 系統(tǒng) 功能測(cè)試 一．系統(tǒng) 功能實(shí)例測(cè)試 系統(tǒng)測(cè)試是 在 web 上進(jìn)行的，這樣不僅可以驗(yàn)證系統(tǒng) 是否按照設(shè)計(jì)的要求運(yùn)行，而且還要評(píng)價(jià)系統(tǒng)在不同用戶的瀏覽器端的顯示是否合適 [12]。 while($row=mysql_fetch_row($result)) { //print_r($row)。 echo(序列名字 :$row[1]\n)。 echo(注釋 :$row[2]\n)。 。 //mysql 數(shù)據(jù)庫服務(wù)器 $mysql_username =root。marginleft:4px。 $d=chunk_split($a,60,\r\n)。 25 圖 序列格式轉(zhuǎn)化 功能 功能實(shí)現(xiàn)的核心代碼： form class=no0 center action= method=post p class=clear您可以輸入你的序列，轉(zhuǎn)化為 FASTA 格式 br strong請(qǐng)輸入要轉(zhuǎn)換的堿基序列： /strong label textarea name=xulie style=fontsize:12px。在這種格式中堿基對(duì)或氨基酸用單個(gè)字母來編碼，且允許在序列前添加序列名及注釋。,39。,39。, 39。, 39。 圖 PROTEIN 錄入功能 功能實(shí)現(xiàn)的核心代碼： ? //鏈接數(shù)據(jù)庫變量 $mysql_server_name =localhost。)。,39。 , 39。, 39。 //mysql 數(shù)據(jù)庫用 戶名 $mysql_password =。 mysql_select_db($mysql_database,$conn)。,39。 ) VALUES (39。, 39。 //mysql 數(shù)據(jù)庫名 //插入數(shù)據(jù) $sql=INSERT INTO 39。簡潔而友好的使用交互頁面，可以方便用戶的使用 [8]。, `REFERENCE` VARCHAR( 100 ) NOT NULL COMMENT 39。, `NAME` VARCHAR( 10 ) NOT NULL COMMENT 39。文獻(xiàn) 39。序列編號(hào) 39。, `REFERENCE` VARCHAR( 50 ) NOT NULL COMMENT 39。 信息表的創(chuàng)建： （ 1） .相關(guān)代碼： CREATE TABLE `dna` ( `GENE_ID` TINYINT( 100 ) UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY COMMENT 39。構(gòu)建之前首先要設(shè)計(jì)這三個(gè)數(shù)據(jù)庫表單的 ER 圖 [6]。 11 第三 章 系統(tǒng) 概要 設(shè)計(jì) 首先，用戶進(jìn)入登陸界面，輸入賬號(hào)、密碼，進(jìn)行身份驗(yàn)證，后臺(tái)驗(yàn)證成功后自動(dòng)轉(zhuǎn)到基因綜合管理系統(tǒng)界面。作為 PHP 的黃金搭檔 MySQL 數(shù)據(jù)庫不僅存儲(chǔ)和管理功能強(qiáng)大，而且它是完全免費(fèi)提供的 。 鑒于 B/S 結(jié)構(gòu)模式在可擴(kuò)展性和開放性等諸多方面的優(yōu)勢(shì)， 此畢業(yè) 設(shè)計(jì)的基因信息管理系統(tǒng) 采用 B/S 模式進(jìn)行開發(fā)，這也為今后該系統(tǒng)與其它網(wǎng)絡(luò)平臺(tái)集成提供了前期條件 [4]。今后，軟件升級(jí)和維護(hù)會(huì)越來越容易，而使用起來會(huì)越來越簡單，這對(duì)用戶人力、物力、時(shí)間、費(fèi)用的節(jié)省是顯而易見的，驚人的。 B/S 最大的優(yōu)點(diǎn)就是可以在任何地方進(jìn)行操作而不用安裝任何專門的軟件。 本系統(tǒng)使用 Apache 作為 Web 服務(wù)器，采用 PHP 作為服務(wù)器端腳本解釋器，配合 MySQL 數(shù)據(jù)庫進(jìn)行設(shè)計(jì) 。 本文采用 搭建 PHP 運(yùn)行環(huán)境 。用 PHP 做出的動(dòng)態(tài)頁面與其他的編程語言相比， PHP 是將程序嵌入到 HTML 文檔中去執(zhí)行，執(zhí)行效率比完全生成 HTML 標(biāo)記的 CGI 要高許多；與同樣是嵌入 HTML 文檔的腳本語言 JavaScript相比， PHP 在服務(wù)器端執(zhí)行，充分利用了服務(wù)器的性能； PHP 執(zhí)行引擎還會(huì)將用戶經(jīng)常訪問的 PHP 程序駐留在內(nèi)存中，其他用戶再一次訪問這個(gè)程序時(shí)就不需要重新 編譯程序了，只要直接執(zhí)行內(nèi)存中的代碼就可以了，這也是 PHP 高效率的體現(xiàn)之一。 PHP 支持構(gòu)造器、提取類等。 PHP 與 MySQL 是現(xiàn)在絕佳的組合。 PHP 具有非常強(qiáng)大的功能，所有的 CGI 或者 JavaScript 的功能 PHP 都能實(shí)現(xiàn)，而且支持幾乎所有流行的數(shù)據(jù)庫以及操 作系統(tǒng)。 此課題設(shè)計(jì)將 借助 PHP(Hypertext Preprocessor)設(shè)計(jì)基因數(shù)據(jù)庫 Web 平臺(tái) ,從而解決了基因數(shù)據(jù)庫使用難的問題。收集整理 和綜合分析這些數(shù)據(jù)，將有助于科學(xué)家開展相關(guān)基因的研究。 隨著 生物數(shù)據(jù)庫的更新速度不斷加快，數(shù)據(jù)量呈指數(shù)增長趨勢(shì)，數(shù)據(jù)庫使用頻率增長更快 ，如何有效存儲(chǔ)和管理生物序列數(shù)據(jù)是生物信息學(xué)需要解決的重要問題之一。 本次畢業(yè)設(shè)計(jì) 以 Dreamweaver 為 工具 構(gòu)建 系統(tǒng) 的前臺(tái)工作 網(wǎng)站 ， 以 MySQL 作為后臺(tái)數(shù)據(jù)庫，以 Apache 為 HTTP 服務(wù)器，用 PHP 語言 構(gòu)建 了 基因信息的 數(shù)據(jù)庫系統(tǒng) 。 人們圍繞 如何建立基因數(shù)據(jù)庫連接 ,如何設(shè)置 Web 服務(wù) ,實(shí)現(xiàn) 高效 數(shù)據(jù) 庫 操作等作了大量研究工作 。 基于以上前提，本次畢業(yè)設(shè)計(jì)采用 B／ S 結(jié)構(gòu)，即 Browser／ Server(瀏覽器，服務(wù)器 )結(jié)構(gòu)，設(shè)計(jì) 開發(fā)了 基于 PHP 和 MySQL 的基因數(shù)據(jù)庫綜合管理系統(tǒng)， 該系統(tǒng)可 實(shí)現(xiàn)對(duì)基因信息的讀取，查詢，注釋等操作 ；以簡潔，友好的用戶界面實(shí)現(xiàn) 對(duì)生物基因信息的管理。而在 1997 年中，開始了第三版的開發(fā)計(jì)劃，開發(fā)小組加入了 Zeev Suraski 及 Andi Gutmans，而第三版就定名為 PHP3。對(duì)于一個(gè)非程序員來說為 PHP 擴(kuò)展附加功能可能會(huì)比較難，但是對(duì)于一個(gè) PHP 程序員來說并不困難。內(nèi)嵌的 PHP 可以具 有更高的可伸縮性。 Apache 的特點(diǎn)是簡單、速度快、性能穩(wěn)定，并可做 代理服務(wù)器 來使用。這 些編程語言包括 C、 C++、 Eif