【正文】 ,$sql3,$conn)。 while($row=mysql_fetch_row($result)) { //print_r($row)。 echo(序列名字 :$row[1]\n)。$SOURCE39。 27 圖 基因信息 功能 功能實(shí)現(xiàn)的核心代碼： ? //鏈接數(shù)據(jù)庫變量 $mysql_server_name =localhost。height:80px。?=$xulie?/textarea /label /p /p p class=clear button type=submit提交信息 /button /p br 26 /form ? $a= strtoupper($xulie)。 按要求， 該系統(tǒng)每 60 個堿基進(jìn)行自動換行。 ? （ 4） 序列格式轉(zhuǎn)化功能 在生物信息學(xué)中， FASTA 格式（又稱為 Pearson 格式），是一種基于文本用于表示核苷酸序列或氨基 酸序列的格式 [10]。$ ORIGIN 39。$NAME 39。REFERENCE 39。P_ID39。這是該系統(tǒng)的最基本的功能。$DEFINITION39。$KEYWORDS 39。SEQUNCE39。NAME 39。 //mysql 數(shù)據(jù)庫服務(wù)器 $mysql_username =root。 $conn=mysql_connect($mysql_server_name,$mysql_username,$mysql_password)。$SOURCE39。DEFINITION39。KEYWORDS 39。 //mysql 數(shù)據(jù)庫密碼 $mysql_database=genebase。界面的中間是系統(tǒng)的功能界面，提供 DNA 的信息錄入、 RNA 的信息錄入、蛋白質(zhì)的 信息錄入，序列格式轉(zhuǎn)化功能和查詢功能。關(guān)鍵字 39。蛋白序列 編 號 39。, `REFERENCE` VARCHAR( 50 ) NOT NULL COMMENT 39。 （ 2） .MySQL 表的建立如圖所示： 16 圖 DNA 信息表 信息表的創(chuàng)建： （ 1） 相關(guān)代碼： CREATE TABLE `rna` ( `GENE_ID` TINYINT( 100 ) UNSIGNED NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY COMMENT 39。數(shù)據(jù)來源 39。 二 ．創(chuàng)建數(shù)據(jù)表 結(jié)合實(shí)際情況及對用戶需求的分析， GENEBASE 數(shù)據(jù)庫主要包含如下數(shù)據(jù)表，分別為 dna（ DNA 信息表） 、 rna（ RNA 信息表）、 protein（ 蛋白質(zhì) 表） [7]。系統(tǒng)流程圖如下 所示 ： 圖 系統(tǒng) 流程 圖 3. 數(shù)據(jù)庫概念結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì) 根據(jù)生物基因信息數(shù)據(jù)的分類和 屬性， 建立數(shù)據(jù)庫時， 主要 涉及到 的是DNA 信息數(shù)據(jù)庫， RNA 信息數(shù)據(jù)庫，蛋白 質(zhì) 信息數(shù)據(jù)庫。 根據(jù)生物信息學(xué)研究的要求， 系統(tǒng)主要 提供 DNA,RNA 和蛋白質(zhì)信息的錄入，查詢等功能，并可以提供序列轉(zhuǎn)換為 FASTA 格式的功能 ； 以簡單有效地方式 解決 研究中 產(chǎn)生 的大量 有待分析的基因組序列的有效存儲和管理問題 。 本文所使用的 PHP+MYSQL+Apache 的搭配，可以方便快捷的建設(shè)網(wǎng)站 。因此，許多單位都備有數(shù)據(jù)庫存儲服務(wù)器，以防萬一。所以客戶機(jī)越來越 ―瘦 ‖，而服務(wù)器越來越 ―胖 ‖是將來信息化發(fā)展的主流方向。瀏覽器通過 Web Server 同數(shù)據(jù)庫進(jìn)行數(shù)據(jù)交互。對于一般的個人使用者和中小型企業(yè)來說， MySQL 提供的功能已經(jīng)綽綽有余，而且由于 MySQL 是開放源碼軟件，因此可以大大降低總體擁有成本。它提供了簡易、快速的 PHP 運(yùn)行環(huán)境的搭建機(jī)制 。它可以比 CGI 或者 Perl 更快速的執(zhí)行動態(tài)網(wǎng)頁?；?web 的編程工作非常需要面向?qū)ο缶幊棠芰Α?本系統(tǒng)的開發(fā)語言使用了 . 相對于其他腳本語言 PHP 有以下優(yōu)點(diǎn)： （ 1）數(shù)據(jù)庫連接 PHP 可以編譯成具有與許多數(shù)據(jù)庫相連接的函數(shù) [2]。 PHP 是一種 HTML 內(nèi)嵌式的語言， PHP 與微軟的 ASP頗有幾分相似，都是一種在服務(wù)器端執(zhí)行的嵌入 HTML 文檔的腳本語言，語言的風(fēng)格有類似于 C 語言，現(xiàn)在被很多的網(wǎng)站編程人員廣泛的運(yùn)用。 2． 本研究的目的 與 意義 因此開發(fā)一個簡單易用的基因數(shù)據(jù)庫綜合管理系統(tǒng)顯得很有必要。 【關(guān)鍵詞】 基因數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng) PHP MySQL Apache II ABSTRACT Biological informatics is one of the most important and advanced scientific frontiers now. It has been widely applied in many aspects such as the analysis, management of the gene sequence data and proved it‘s key role in the research of molecular biology and the pace of updating biological database, is growing speedily, the amount of gene data is exponentially growing, the frequency of database using is increasing faster, how to effectively storage data and manage biological sequences data is one of the important problems need to solve for bioinformatics. Geic database prehensive management system is very important resource management in biological information field. Based on the above background, developing an easytouse database prehensive management system is very necessary .We using B/S structure, namely the Browser/Server (browsers) structure, designing a prehensive management system for database of genes based PHP and MySQL . The system can realize the load of geic information, query, notes, etc. The design of database is aimed to effectively storage and management problems of the genome sequences that are generated largely and ready to be analysed. So this system can record the information of DNA, RNA, protein sequences, and related annotation to query, also the conversion function can format sequence into standard FASTA format. The graduation design is constructed geic database management system website with the framework for the Dreamweave. Geic information database system constructs with MySQL as backend database, with Apache for server, using PHP language. This system is simple, quick and efficient geic database management platform operated of the PHP,The backend MySQL database, more flexible and easy to maintain stability and security. 【 Key words】 geic database management system PHP MySQL Apache III 目 錄 前 言 .................................................................................................................................................. 1 1．課題提出背景 ......................................................................................................................... 1 2．本研究的目的與意義 ............................................................................................................. 1 第一章 開發(fā)環(huán)境介紹 ........................................................................................................................ 3 語言簡介 ........................................................................................................................... 3 PHP 運(yùn)行環(huán)境 .................................................................................................................. 4 數(shù)據(jù)庫簡介 .................................................................................................................. 5 第二章 系統(tǒng)結(jié)構(gòu)與需求分析 ............................................................................................................ 7 B/S 結(jié)構(gòu)的簡介 ................................................................................................................ 7 1 .B/S 結(jié)構(gòu)的概念 ................................................................................................................. 7 ................................................................................................................. 8 ........................................................................................................................ 9 .......................................................................................................................... 10 第三章 系統(tǒng)概要設(shè)計(jì) ...................................................................................................................... 11 ...............................................................................