中華大學(xué)生物資訊學(xué)系專題報(bào)告(已修改)
2025-04-16 23:07 本頁(yè)面
【正文】 中華大學(xué)生物資訊學(xué)系專題報(bào)告擷取碼的轉(zhuǎn)換應(yīng)用於同源序列搜尋The application of transformation of accession numbers to homologous sequence searching 專題組員:李昱賢、蔡承錞、張智堯、曹富凱專題編號(hào)：PROJ2008BIOINFO9410指導(dǎo)老師: 侯玉松老師7 / 7一、摘要 每個(gè)蛋白質(zhì)都有其代號(hào)與同源性，而每個(gè)蛋白質(zhì)資料庫(kù)中都有其自家的蛋白質(zhì)擷取碼代號(hào)，其主鍵(Primary Key)不同能應(yīng)用的資料庫(kù)當(dāng)然也不同，為了能轉(zhuǎn)換各個(gè)資料庫(kù)的主鍵，我們收集了各資料庫(kù)的資料與同源資料加以整理並且建立了對(duì)照表，再利用擷取碼對(duì)照表與同源對(duì)照表，建立我們自己的轉(zhuǎn)換程式與同源蛋白搜尋程式，最後為了需求者的方便，我們把上述程式加以整合，並且視窗化，完成了一個(gè)具蛋白質(zhì)擷取碼轉(zhuǎn)換與同源搜尋功能的整合程式。二、簡(jiǎn)介 由於有些研究者在研究蛋白序列時(shí)，取得了資料庫(kù)的蛋白質(zhì)擷取碼後，如果想再另外的資料庫(kù)上搜尋時(shí)，有時(shí)會(huì)因?yàn)閮煞N資料庫(kù)的命名擷取碼方式不同，造成研究者在不同資料庫(kù)中做搜尋時(shí)，會(huì)發(fā)生擷取碼無(wú)法對(duì)照或找不到該擷取碼的困擾， 所以本專題主要目的是嘗試用程式來(lái)轉(zhuǎn)換擷取碼，讓研究者可以透過(guò)程式，來(lái)轉(zhuǎn)換自己所需的擷取碼，以便可以在另外的資料庫(kù)中使用。 另一方面研究者在轉(zhuǎn)換所需擷取碼之後，我們提供該擷取碼的相關(guān)同源蛋白，讓研究者不僅可以知道各個(gè)資料庫(kù)的蛋白質(zhì)擷取碼並且可以讓他們進(jìn)一步了解這些蛋白質(zhì)擷取碼的相關(guān)性，不在需要到網(wǎng)站上做搜尋，只需要藉由程式就可以達(dá)到目的。三、專題進(jìn)行方式(一)蒐集資料? 擷取碼就像是資料庫(kù)中的主鍵(Primary Key)，而Primary Key的作用是尋找或查詢資料的主要依據(jù)，任何候選鍵都可當(dāng)主鍵，但只能有一個(gè)主鍵，以鑰匙狀的標(biāo)記表示主鍵值。所以每個(gè)擷取碼就像我們的身分證字號(hào)一樣，是獨(dú)一無(wú)二的，我們可以依據(jù)擷取碼，找到我們需要的蛋白質(zhì)序列。PIR(
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