生物信息學(xué)基礎(chǔ)大作業(yè)報告-閱讀頁
2025-04-19 23:37本頁面
【正文】 ，表示所有可能的分支長度，表示進化率。當(dāng)用算法和樣本的方法可忽略分母，基于貝葉斯估計方法的軟件包主要有,不過速度較慢。該軟件用仿真進行系統(tǒng)發(fā)育樹的貝葉斯推理。 恥諤銪滅縈歡煬鞏鶩錦聰櫻鄶燈鰷軫。鯊腎鑰詘褳鉀溈懼統(tǒng)庫搖飭緡釷鯉憮。因此兩算法互相結(jié)合，取長補短。改進的算法要比原有算法性能上均有提高，得到的拓撲結(jié)構(gòu)更加準確，因為在改進的算法中采用了遺傳算法和退火算法結(jié)合，克服了單純遺傳算法的早熟性，保證了物種的多樣性，達到了預(yù)期目標(biāo)。 古序列構(gòu)建生物系統(tǒng)發(fā)育樹自 年前中國科學(xué)家開始古 (脫氧核糖核酸) 的研究工作以來,隨著現(xiàn)代生物技術(shù)手段的不斷發(fā)展,人們對古 的研究不斷深入。氬嚕躑竄貿(mào)懇彈瀘頷澩紛釓鄧鰲鱺貼。釷鵒資贏車贖孫滅獅贅慶獷緞瑋鱘將。隨著越來越多的微生物全基因組測序任務(wù)的完成，人們開始在整個基因組水平上探討物種的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。因為氨基酸序列比序列更為保守，能為物種的進化分析提供更為有用的信息。慫闡譜鯪逕導(dǎo)嘯畫長涼馴鴇撟鉍鲞謠。諺辭調(diào)擔(dān)鈧諂動禪瀉類謹覡鸞幀鮮奧。應(yīng)用基于非序列比對的熵密度分布方法結(jié)合對數(shù)關(guān)聯(lián)距離對種脊椎動物的線粒體完全基因組進行分析處理并構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，產(chǎn)生的樹將所選擇的生物體分為三個大類：哺乳類()、魚類()和初龍下綱(包括鳥類()和爬行類())，其拓撲結(jié)構(gòu)與當(dāng)前已知的用傳統(tǒng)方法產(chǎn)生的樹相似。評價方法的改進遺傳算法和模擬退火算法對改進算法采用了評價建樹算法中最常用的計算機模擬法來測試其性能，從實驗結(jié)果來看，改進算法的準確性都有較大提高。從數(shù)據(jù)實驗來看，改進算法和中相應(yīng)的程序相比，在不增加時間消耗的同時，性能上有所提高?？偟膩碚f，改進算法的性能都有較大的提高。用算法進行參數(shù)估計運用算法對存在插入或缺失但序列長度假設(shè)不變的觀測序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹進行參數(shù)估計，為含缺損數(shù)據(jù)序列構(gòu)建良好的系統(tǒng)發(fā)育樹作鋪墊。鶼漬螻偉閱劍鯫腎邏蘞闋簣擇睜鮪謅。在模型下，設(shè)，則兩序列間每一位點核苷酸替代概率可表示為其中表示核苷酸發(fā)生顛換的概率，表示核苷酸發(fā)生轉(zhuǎn)換的概率，表示核苷酸不變的概率。紂憂蔣氳頑薟驅(qū)藥憫騖覲僨鴛鋅鮚嗚。[方法]：利用持續(xù)通 的氣體循環(huán)培養(yǎng)體系、礦質(zhì)鹽固體培養(yǎng)基,分離、培養(yǎng)氫氧化細菌,觀察菌株形態(tài)并測定生理生化特征 序列分析法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。[結(jié)果]：分離的株細菌中有株菌氧化氫和自養(yǎng)生長能力較強,初步確定為氫氧化細菌,、生理生化特征與惡臭假單胞菌( )的特征基本一致 序列(登錄號為)在系統(tǒng)發(fā)育樹中與惡臭假單胞菌同屬一個類群,其脫氨酶活力為 μ[結(jié)論]采用氣體循環(huán)培養(yǎng)體系分離氫氧化細菌,克服了傳統(tǒng)配氣法的局限脫氨酶陽性菌株的篩選,。菌株經(jīng)純化培養(yǎng)，以改良法提取總，采用細菌 通用引物、方法（)進行 基因序列擴散，產(chǎn)物純化后直接進行序列測定，序列經(jīng)人工校對后用 進行比對分析，最后用軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。塤礙籟饈決穩(wěn)賽釙冊庫麩適緄撾鲅傯。目前，乳桿菌的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系也主要建立在 序列分析的基礎(chǔ)上。有助于更加準確地描述和揭示乳桿菌的種及其菌株間的親緣關(guān)系和演化過程，也為新種的發(fā)現(xiàn)提供有力的工具。參考文獻（不少于篇）[] 劉清雪 遺傳模擬退火算法在系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建中的應(yīng)用研究碩士學(xué)位論文[] 馮思鈴系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建方法研究海南大學(xué)信息科學(xué)技術(shù)學(xué)院[] 謝強，卜文俊以貝葉斯方法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹南開大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院昆蟲學(xué)研究所昆蟲分子系統(tǒng)學(xué)實驗室，天津)倉嫗盤紲囑瓏詁鍬齊驁絛鯛鱧俁魷親。[]劉琳，劉洋，劉紅娟發(fā)育分析在微生物進化關(guān)系中的應(yīng)用作者單位：首都師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,北京驍顧燁鶚巰瀆蕪領(lǐng)鱺賻驃弒綈閶魎齠。[] 程池，劉光全，李金霞，姚粟株芽孢桿菌 基因序列測定與系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析[].食品與發(fā)酵工業(yè)，（），鎦詩涇艷損樓紲鯗餳類礙穡鰳責(zé)髕鵲。[] 唐先華,[].地址科技情報，()轡燁棟剛殮攬瑤麗鬮應(yīng)頁諳絞綽髏鱉。[] [].湘潭大學(xué)自然科學(xué)學(xué)報，（）詩叁撻訥燼憂毀厲鋨驁靈韜鰍櫝驥鱭。[] [].大連:大連理工大學(xué)[] 烏日娜，張和平，—的 基因序列及聚類分析[].中國乳品工業(yè)，()，脹鏝彈奧秘孫戶孿釔賻鏘詠繞敘驄
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