基于r的群落學(xué)多元統(tǒng)計(jì)分析-閱讀頁(yè)
2025-05-22 00:26本頁(yè)面
【正文】 方差膨脹因子分析； RDA和 CCA結(jié)果的檢驗(yàn)： envfit(X, P, permutations = 0, strata, choices=c(1,2), ...) envfit(formula, data, ...) =cca(gtsdata,gtsenv) ef=envfit(,gtsenv,permu=1000) CCA1 CCA2 r2 Pr(r) elev *** convex slope *** aspect N *** P *** K *** pH *** RDA和 CCA結(jié)果的檢驗(yàn)： anova(object, alpha=, beta=, step=100, =10000, by = NULL, ...) (x, permutations=100, model=c(direct, reduced,full), first = FALSE, strata, ...) x, object:cca或 rda的分析結(jié)果； by:為” axis”,或” terms”，分析各軸或因子的顯著性； 如： goodness(,display=“sp”) inertp(, proportional = T) spenvcor() intersetcor() () RDA和 CCA模型的選擇： step(mod1,scope) mod1=cca(gtsdata~1,data=gtsenv)。 mod=step(mod1,scope=(list(lower=formula(mod1),upper=formula(mod2))))。 作圖函數(shù)： text(x, display = sites, labels, choices = c(1, 2), scaling = 2, , = , select, ...) x: cca或 rda分析結(jié)果； display:顯示的類(lèi)型， sp,wa, lc,bp,環(huán)境因子 。 作圖函數(shù) : points(x, display = sites, choices = c(1, 2), scaling = 2, , = , select, ...) plot(,type=n)。 points(,display=lc,pch=16,col=2,select=1:20) points(,display=“l(fā)c”,pch=2,col=4,select=21:40) text(,display=“l(fā)c”,col=4”)。 ef=envfit(,gtsenv,permutation=1000) plot(,display=sites) plot(ef) tmp=with(gtsenv,ordisurf(,K,add=T)) with(gtsenv,ordisurf(,pH,add=T,col=6)) 繪制物種因子梯度圖： ordisurf(x, y, choices=c(1, 2), knots=10, family=gaussian, col=red, thinplate = TRUE, add = FALSE, display = sites, w = weights(x), main, nlevels = 10, levels, labcex = , ...) ordihull(ord, groups, display = sites, draw = c(lines,polygon), , ...) ordispider(ord, groups, display=sites, w = weights(ord, display), , ...) x:cca或 rda的結(jié)果， y:需要繪圖的因子 。 plot(,type=p,display=sites) with(gtsdata,points(,dis=sites, cex=sqrt(QUESER),pch=16,col=4)) with(gtsdata,ordihull(,dis=sites, QUESER0,show=T)) with(gtsdata,ordispider(,QUESER0, show=T,w=QUESER,col=4)) with(gtsdata,ordisurf(, QUESER,add=T) 排序結(jié)果的比較： procrustes(X, Y, scale = TRUE, symmetric = FALSE, scores = sites, ...) protest(X, Y, scores = sites, permutations = 1000, strata, ...) x,y: 兩個(gè)排序結(jié)果； 排序結(jié)果的比較： =cca(gtsdata,gtsenv)。 procrustes(,scores=“sp”)。 致謝 本課件基于米湘成博士 R培訓(xùn) ppt基礎(chǔ)上修改，在此表示致謝！ 持之以恒 =R的高手！
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