蛋白質(zhì)分子設(shè)計(jì)-在線瀏覽
2025-03-06 03:43本頁(yè)面
【正文】 白質(zhì)合成定位突變 分離、純化及表征 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 從數(shù)據(jù)庫(kù)輸入 蛋白質(zhì)分子設(shè)計(jì)大致涉及的幾個(gè)重要方面 ? 蛋白質(zhì)來(lái)源：真菌、細(xì)胞、動(dòng)物蛋白質(zhì)和植物蛋白質(zhì) ? 篩選以及純化蛋白質(zhì)需要測(cè)定它們的序列、三維結(jié)構(gòu)、穩(wěn)定性、催化活性等 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的判斷 目前 PDB(Protein Data Bank)已收集數(shù)以萬(wàn)計(jì)個(gè)蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)，但是通常蛋白質(zhì)序列的數(shù)目比蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的數(shù)目大 100倍。 對(duì)于已知三維結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)：根據(jù) PDB中三維結(jié)構(gòu)對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行設(shè)計(jì) 對(duì)于位置三維結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)：如果 PDB中沒(méi)有收錄又未見(jiàn)文獻(xiàn)報(bào)道，我們需要通過(guò)蛋白質(zhì) X射線晶體學(xué)及 NMR方法測(cè)定蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，或者通過(guò)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的方法構(gòu)建該蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)模型 ? 計(jì)算機(jī)模擬技術(shù)在蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)循環(huán)中占有重要位置。一些新技術(shù)，如 PCR及自動(dòng)化技術(shù)的發(fā)展使各種類型的基因工程變得快速、容易 二、蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)原理 ① 內(nèi)核假設(shè)。在大多數(shù)情況，內(nèi)核由氫鍵連接的二級(jí)結(jié)構(gòu)單元組成 ②所有蛋白質(zhì)內(nèi)部都是密堆積 (很少有空穴大到可以結(jié)合一個(gè)水分子或惰性氣體 )，并且沒(méi)有重疊。其余形成圍繞金屬中心的氫鍵網(wǎng)絡(luò)，這涉及與蛋白質(zhì)主鏈、側(cè)鏈或水分子的相互作用 ⑦ 最優(yōu)的氨基酸側(cè)鏈幾何排列 ⑧ 結(jié)構(gòu)及功能的專一性。結(jié)果表明 23％的突變體保留了酶的活性 ? Mathews及其合作者在溶菌酶內(nèi)核中替換多至 10個(gè)殘基。根據(jù)所希望的結(jié)構(gòu)及功能設(shè)計(jì)蛋白 質(zhì)或多肽的氨基酸序列 蛋白質(zhì)的全新設(shè)計(jì) ? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的從頭設(shè)計(jì) ? 蛋白質(zhì)功能的從頭設(shè)計(jì) ? 取得的進(jìn)展：血紅素結(jié)合蛋白、 氧化還原活性蛋白質(zhì)、 DNA結(jié)合蛋白 基于蛋白質(zhì)的高分子材料 ? 中心問(wèn)題：設(shè)計(jì)一個(gè)具有穩(wěn)定及獨(dú)特的三維結(jié)構(gòu) 的序列 ? 克服的障礙：線性聚合鏈的構(gòu)象熵 ? 采取的策略： 1）使相互作用的強(qiáng)度與數(shù)目達(dá)到
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