解讀基因組序列ppt課件-展示頁(yè)
2025-05-21 03:19本頁(yè)面
【正文】 A做起始材料進(jìn)行特殊類(lèi)型的 PCR 逆轉(zhuǎn)錄 PCR（ reverse transcriptase PCR,RTPCR）快速擴(kuò)增 cDNA末端 ?其他的轉(zhuǎn)錄物準(zhǔn)確作圖的方法包括異源雙鏈分析（ heteroduplex analysis） ?外顯子捕獲（ exon trapping） ：將一特殊類(lèi)型載體導(dǎo)入合適的真核細(xì)胞系中。 大多數(shù)基因定位的試驗(yàn)方法依賴(lài)于檢測(cè)由基因轉(zhuǎn)錄成的 RNA分子。 ?外顯子 —— 內(nèi)含子邊界 ：因?yàn)橛刑囟ǖ男蛄刑卣鞫鴧^(qū)分開(kāi) ?上游調(diào)控序列 ：調(diào)控序列有明顯特點(diǎn)，可用來(lái)定位基因起始區(qū) ?搜尋編碼 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的特征堿基序列 ?搜尋 DNA編碼莖環(huán)或發(fā)夾結(jié)構(gòu)的程序 ?搜索與功能 RNA基因相關(guān)的調(diào)控序列 ?搜尋 緊湊的較小基因組中 蛋白質(zhì)編碼基因間的空位置 ?同源性搜索：查詢(xún) DNA數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)判斷所檢測(cè)序列是否與已知基因的序列相同或者是相似 ?比較基因組學(xué) ： 當(dāng)相關(guān)基因組進(jìn)行比較時(shí)，同源基因由于它們的序列相似性很高就容易被鑒別出來(lái)，而在第二個(gè)基因組中沒(méi)有明確同源物的任何ORF都可以很肯定的認(rèn)為 不是基因 計(jì)算機(jī)方法從序列分析開(kāi)始，運(yùn)用能掃描 ORF、外顯子 內(nèi)含子邊界及上游調(diào)控區(qū)并能在數(shù)據(jù)庫(kù)中檢測(cè)同源基因 ORF的程序進(jìn)行序列分析 。5 解讀基因組序列 弄清楚： ?么 (查找基因 ) ? ?其一 ， 根據(jù)已知的序列人工判讀或計(jì)算機(jī)分析尋找與基因有關(guān)的序列 （ 如：序列篩查定位基因 ） ?其二 ， 實(shí)驗(yàn)研究 ， 看其能否表達(dá)基因產(chǎn)物及其對(duì)表型的影響 ， 既實(shí)驗(yàn)分析 ?細(xì)菌 DNA的簡(jiǎn)單 ORF掃描 ?高等真核生物 DNA的 ORF掃描 ?功能性 RNA定位基因 ?同源性搜索和比較基因組學(xué) ?自動(dòng)標(biāo)注基因組序列 ?所有編碼蛋白質(zhì)的基因含有可讀框 (open reading frames ORF)：是由可編碼氨基酸的密碼子組成 ?ORF起始于起始密碼子（一般是 ATG）終止于終止密碼子（ TAA,TAG,TGA） ?每個(gè) DNA序列有 6種可讀框 ?如果 DNA序列 CG堿基含量占 50%則 TAA， TAG， TGA每一個(gè)將平均每 64bp出現(xiàn)一次 ?如果 GC含量大于 50%那么含 A和 T堿基的終止密碼子出現(xiàn)的頻率會(huì)相對(duì)比較少，但是預(yù)期每 100—200bp還會(huì)出現(xiàn)一次 ?尋找 ORF的方式是將 100個(gè)密碼子作為一個(gè)基因長(zhǎng)度的下限 簡(jiǎn)單的 ORF應(yīng)用于細(xì)菌 DNA序列的掃描可以成功的定位大多數(shù)基因，因?yàn)榧?xì)菌基因間距非常小重疊基因較少，而且細(xì)菌基因內(nèi)無(wú)內(nèi)含子， ORF連續(xù)。 基因無(wú)內(nèi)含子 ORF連續(xù) ?高等真核生物基因之間間隔太大發(fā)現(xiàn)家 ORF的概率增加 ?高等真核生物基因內(nèi)有內(nèi)含子導(dǎo)致 ORF不連續(xù)，外顯子小于 100個(gè)密碼子 因此高等真核生物基因不會(huì)以長(zhǎng) ORF形式出現(xiàn)在基因組序列中 ,ORF無(wú)法掃描 內(nèi)含子的基因圖 ?密碼子偏倚：特定生物體的基因中并不是所有密碼子使用頻率都相等，真正外顯子有所偏倚。 這些程序同時(shí)也用于尋找重復(fù)序列及功能 RNA基因的特意性特 征，而后信息整合分析。 ?雜交試驗(yàn)可以判斷某一片段是否含有轉(zhuǎn)錄序列 ?cDNA測(cè)序有助于在 DNA片段中進(jìn)行基因作圖 ?精確定位轉(zhuǎn)錄物末端 ?可以準(zhǔn)確定位外顯子 —— 內(nèi)含子邊界 如果用標(biāo)記的基因組片段與細(xì)胞 RNA進(jìn)行northern雜交，就可以檢測(cè)到那個(gè)片段上的基因所轉(zhuǎn)錄出的 RNA。根據(jù)已知的小基因序列確定出插入的外顯子其實(shí)和終止核苷酸的位置，從而準(zhǔn)確描述外顯子 確定單個(gè)基因的功能 一旦一個(gè)新基因在基因組序列中獲得定位，就要
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