【正文】 與表型有關的基因可以通過確定具有突變表型的生物體中哪個基因是失活的而被鑒別出來。這是通過將與目的 mRNA序列匹配的小雙鏈 RNA分子導入細胞中完成的。 免疫細胞化學 該方法使用一種感興趣蛋白質特異性抗體，這樣就會結合到這種蛋白質而不是其他蛋白質上。 對酵母基因組序列進行初步標注后，有兩個重要的問題： ？ 100個密碼子，所以不能通過最初分析鑒定出來？酵母基因組中長度大于或等于 100個密碼子的 ORF只有 6274個，但長度大于或等于 15個密碼子的 ORF有 100000多個，它們中的大多數(shù)表現(xiàn)出的密碼子選擇模式與真正的酵母基因無差別，因此發(fā)現(xiàn)新的小基因的潛力是很大的。 現(xiàn)在，大約有 55%的酵母基因已經(jīng)通過一種或多種實驗方法明確了它們的功能。可以用不同的方法實現(xiàn)基因失活 ： a 用有缺陷的基因進行同源重組 b 將轉座子插入到基因中 c RNA干擾 。 這些篩選方法中最成功的方法是條形碼刪除策略。這些酵母基因及其同源基因稱作孤兒家族。大多數(shù)控制基因表達的調節(jié)信號位于 ORF上游的 DNA區(qū)域內，現(xiàn)在報道基因就應該表現(xiàn)出與待測基因相同的表達模式了。因此，通過將培養(yǎng)物接種到含有遺傳霉素的瓊脂培養(yǎng)基中來篩選攜帶替換基因的細胞。另一個果蠅蛋白 homeless及人類 A激酶錨定蛋白（ AKAP149）中發(fā)現(xiàn)了此結構域，它在 RNA代謝中發(fā)揮一定的作用。有 76%的一致，如星號所示。同源基因通常具有相同的或很類似的功能。5 解讀基因組序列 弄清楚： ?么 (查找基因 ) ? ?其一 ， 根據(jù)已知的序列人工判讀或計算機分析尋找與基因有關的序列 （ 如：序列篩查定位基因 ） ?其二 ， 實驗研究 ， 看其能否表達基因產(chǎn)物及其對表型的影響 ， 既實驗分析 ?細菌 DNA的簡單 ORF掃描 ?高等真核生物 DNA的 ORF掃描 ?功能性 RNA定位基因 ?同源性搜索和比較基因組學 ?自動標注基因組序列 ?所有編碼蛋白質的基因含有可讀框 (open reading frames ORF)：是由可編碼氨基酸的密碼子組成 ?ORF起始于起始密碼子（一般是 ATG）終止于終止密碼子（ TAA,TAG,TGA） ?每個 DNA序列有 6種可讀框 ?如果 DNA序列 CG堿基含量占 50%則 TAA， TAG， TGA每一個將平均每 64bp出現(xiàn)一次 ?如果 GC含量大于 50%那么含 A和 T堿基的終止密碼子出現(xiàn)的頻率會相對比較少，但是預期每 100—200bp還會出現(xiàn)一次 ?尋找 ORF的方式是將 100個密碼子作為一個基因長度的下限 簡單的 ORF應用于細菌 DNA序列的掃描可以成功的定位大多數(shù)基因，因為細菌基因間距非常小重疊基因較少，而且細菌基因內無內含子， ORF連續(xù)。 Eg：人類和黑猩猩的肌紅蛋白基因是同源基因。 把序列翻譯成氨基酸，一致性就降低到 28%。除了含有 tudor結構域外，這些蛋白質并不相似。所產(chǎn)生的克隆缺少靶基因的活性，可以通過檢查它們的表型獲得此基因功能的一些提示。因此，就可以通過檢測生物體內報道基因的信號來確定表達模式。 30%，在數(shù)據(jù)庫中沒有同源基因。 這是基本缺失盒系統(tǒng)的改進形式，它們的區(qū)別是缺失盒同時還含兩個 20個核苷酸的“條形碼”序列，每種缺失的序列是不同的，因此可作為特異突變體的標簽。 ，而且可以通過報道基因的表達或免疫細胞化學確定蛋白質的細胞定位。這就表明，一群突變的酵母株可以混合在一起，每種酵母株含有一種不同的失活基因，就可以在單次實驗中篩選它們的表型。另外的大約總數(shù)的 23%像基因但