解讀基因組序列ppt課件(參考版)
2025-05-15 03:19本頁面
【正文】 ，而且可以通過報(bào)道基因的表達(dá)或免疫細(xì)胞化學(xué)確定蛋白質(zhì)的細(xì)胞定位。 。 包括：通過逆轉(zhuǎn)錄 PCR或異源雙鏈分析進(jìn)行 cDNA測(cè)序和轉(zhuǎn)錄物作圖。 同源性分析對(duì)基因進(jìn)行定位，同源性分析將第二種基因組中存在同源基因作為推測(cè)待測(cè)基因組中的假定基因是真正基因的依據(jù)。 以計(jì)算機(jī)為基礎(chǔ)的定位方法： ，可嘗試尋找 ORF進(jìn)行定位。只剩下 500個(gè) ORF被認(rèn)為是真正基因，但功能未定，另外 300個(gè)有疑問的 ORF可能不是真正的基因。明確功能的基因有 1500多個(gè)，比基因組序列剛被測(cè)通過時(shí)的情況好得多。這就表明，一群突變的酵母株可以混合在一起，每種酵母株含有一種不同的失活基因，就可以在單次實(shí)驗(yàn)中篩選它們的表型。 這是基本缺失盒系統(tǒng)的改進(jìn)形式，它們的區(qū)別是缺失盒同時(shí)還含兩個(gè) 20個(gè)核苷酸的“條形碼”序列，每種缺失的序列是不同的，因此可作為特異突變體的標(biāo)簽。若同時(shí)進(jìn)行許多平行實(shí)驗(yàn)，需要大規(guī)模的篩選策略。 Ty家族，這就將轉(zhuǎn)座子標(biāo)記技術(shù)用作基因失活。 2 確定酵母基因的功能 釀酒酵母有兩大特征可幫助確定其基因組中未知的基因功能。被激活后，克隆顯藍(lán)色。 像用來通過失活基因進(jìn)行功能分析一樣，也用來鑒定真正基因的 ORF。 可以用前面介紹的三種方法來篩選酵母基因： 利用相關(guān)酵母物種的一組基因組序列，來評(píng)價(jià)許多小 ORF的真實(shí)性。另外的大約總數(shù)的 23%像基因但是唯一的，被稱為單一孤兒。 30%，在數(shù)據(jù)庫中沒有同源基因。因此同源性分析不能幫助確定這些酵母基因的功能。其中有一半很明確是功能基因的同源基因，另一半沒有明顯的相似性，包括許多相似性僅限于個(gè)別結(jié)構(gòu)域的基因。最初的分析將 100個(gè)密碼子設(shè)為可能存在基因的最小長(zhǎng)度，鑒別出 6274個(gè) ORF,其中大約 30%的 ORF是已知真正的基因。因此，一種假設(shè)認(rèn)為目的蛋白質(zhì)參與電子輸送和氧化磷酸化，因?yàn)檫@些是線粒體內(nèi)膜的主要生化功能。 圖 免疫細(xì)胞化學(xué) 用紅色熒光標(biāo)記物標(biāo)記的抗體處理細(xì)胞?？贵w進(jìn)行了標(biāo)記，這樣它在細(xì)胞中的位置以及目的蛋白質(zhì)在細(xì)胞中的位置就可以被觀察到。結(jié)果是報(bào)告基因受到通常能表明待測(cè)基因表達(dá)模式的調(diào)控序列的調(diào)控序列的調(diào)節(jié)。因此，就可以通過檢測(cè)生物體內(nèi)報(bào)道基因的信號(hào)來確定表達(dá)模式。這可以通過用報(bào)道基因的 ORF替代待測(cè)基因的 ORF來實(shí)現(xiàn)（如圖 ）。 誘變后如何尋找突變基因→ 標(biāo)記基因（可能改變環(huán)境） → 為了保證被研究基因活性的變化是由引入基因的特異突變改造的，而不是由于基因組中插入與目的基因緊靠的標(biāo)記基因后造成環(huán)境的間接效果，運(yùn)用的兩步基因替換法（如圖） 時(shí)空表達(dá) ?報(bào)道基因（ reporter gene）就可能確定生物體內(nèi)的基因表達(dá)模式。應(yīng)用 cDNA而不用基因的基因組拷貝是因?yàn)榍罢卟缓袃?nèi)含子，因而比較短并且更易于在試管中操作。載體必須含有高活性啟動(dòng)子，以便每個(gè)拷貝的待測(cè)基因能被轉(zhuǎn)變成大量 mRNA，再次確保合成盡可能多大的蛋白質(zhì)（如圖 ） 圖 通過基因過表達(dá)進(jìn)行功能分析 目的是確定被研究的基因過表達(dá)是否影響轉(zhuǎn)基因小鼠的表型。 過表達(dá)一個(gè)基因，必須運(yùn)用一種特殊類型的克隆載體，設(shè)計(jì)此類載體以保證被克隆的基因能合成盡可能多的蛋白質(zhì)。 雙鏈 RNA被打斷成小分子來誘導(dǎo) mRNA的降解（如圖） 圖 RNA干擾 雙鏈 RNA分子被 Dicer核酸酶切割成 21~25bp的“小干擾 RNA” （ siRNA）。（更適合用于整體研究基因組的功能） ?RNA干擾或 RNAi是一種完全不同的基因失活方法，它并不打斷基因本身，
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