【正文】 比較。和全部Lasergene的應用程序一樣，MegAlign也提供整合的BLAST查找功能?？梢愿鶕?jù)隊列(aligment)的結(jié)果制作進化樹（Phylogenetic trees），并且，有關(guān)序列距離的數(shù)據(jù)和殘基替代可以容易地作成表格。 MegAlign的使用方法MegAlign提供6列隊(aligment)方法，進行DNA和蛋白質(zhì)序列的配對和多序列比較(multiple aligment)。l 單擊保存（蘋果計算機）或同意（視窗）。保存退出l 從編輯菜單（EDIT MENU），選保存地圖（Save Map）。l 線性化環(huán)形序列（Linearize Sequence）。l 編輯用于翻譯的遺傳密碼（Genetic Codes and Edit Selected Code）。顯示選擇MapDraw’s OPTIONS MENU提供各種指令允許你做下面的事情：l 選擇1個或3個字母的編碼。方法是點擊調(diào)色板工具中Zoom In（有＋的圖標），接著，單擊分析界面。你能調(diào)整最小的ORF長度，定義上游啟動子和距上游啟動子的距離，選定后單擊同意即可。方法見EditSeq。ORF圖l 從MAP MENU，選ORF Map打開右邊顯示的六讀框的開放讀框窗口。在窗口內(nèi)點擊任何位置，圖形大小將顯示為那末大。l 通過OPTIONS MENU的Drawing Size調(diào)整圖畫的大小。l 從MAP MENU，選擇Circular Illustration，打開左邊的窗口。如果已經(jīng)應用，則Don’t Cut Here過瀘器應該在過瀘器一覽表的左邊的窗口里，而其他的過濾器在右邊。如果你想在環(huán)形序列上進行酶切位點限制，那末，我們前面提到的Don’t Cut Here filter完全可以做到這一點。l 你可以按照“GeneQuest”上的方法在序列上添加新Feature，并作注釋。l 打開酶編輯窗（如左），雙擊任意一個酶的名字。顯示酶信息內(nèi)切酶編輯器（Enzyme Editor）使你能夠查看內(nèi)切酶的各種相關(guān)信息，包括其名字，識別序列，isoschisomers，種類，價格，銷售公司和有效性等詳細的信息。（點擊Must Cut Here工具——剪刀樣圖標——序列上將展示所有切割選定區(qū)的酶切位點。單擊選中。 Sequence。我們將用這個方法再次重復上面的操作。l 按上面的方法把兩個過濾器都去除。l 把Apo I過濾器拖回，放在And旁，單擊Apply再次應用Apo I過濾器，序列上的酶切位點數(shù)目又立即減少了。l 為了除掉Apo I過濾器，點擊選中它，從左窗口拖到右邊的窗口，單擊應用即可。l 從Map Document，單擊過瀘器調(diào)色板工具（在窗左上的漏斗圖標）打開過瀘器一覽表（如下）。我們手動過濾器包括頻率過瀘器的單一切點的內(nèi)容，所以他自動的覆蓋了頻率過瀘器的結(jié)果。l 注意到現(xiàn)在線性的minimap僅僅由Apo I酶切位點和histone特點構(gòu)成。在這我們把過瀘器叫做“Apo I.”。l 把Apo I從右邊的窗口拖進左邊的窗口。l 從ENZYME MENU，選New Filter——然后Manual Pick。兩個酶切位點對我們來說都是理想的。l 滾動到窗口的最頂端。l 在屏幕的左上單擊種類調(diào)色板工具（Sort），接著選擇Sort by Cuts Close to Selection。當我們打開它的時候，這個特點和序列一起輸入。l 滾動窗口，直到你看到大的向右的箭頭，上寫“histone”。l 從MAP MENU選Linear Minimapp。我們還可以設(shè)定一些更嚴緊的命令進行限制。你將注意到在圖上酶切位點的數(shù)目現(xiàn)在大大地減少了。l 在過瀘器名字框中，輸入“Twocutsmax.”。l 在Min和Max對應的框中輸入數(shù)字1和2，其他的參數(shù)不變。頻率過瀘器應用首先讓我們用頻率過瀘器來刪除任何可以兩次切割我們序列的酶。在隨后的一部分中，我們學習使用手動選擇過瀘器的方法。這過瀘器也可以根據(jù)位點復雜性、價錢和來源進行歸類。 Complexity）是根據(jù)酶切位點種類歸類的酶切位點。我們將在本節(jié)的下一部分中使用這個過瀘器型?？寺≡囼炛校梢允褂眠@個過濾器尋找互補末端。MapDraw內(nèi)置的過瀘器如下：l Overhang過瀘器是根據(jù)一套你定義的Overhang準則歸類的酶切位點。在你自定義過瀘器之前，所有酶切位點都會用于序列分析。l 雙擊打開TETHIS21（見下）。l 從文件菜單選擇New打開右邊的對話框。新酶切圖制作我們以組氨酸DNA序列“TETHIS21MA”（蘋果計算機）和“”（視窗）為例。MapDraw工具能使你規(guī)劃酶切位點和克隆實驗，產(chǎn)生詳細，充分地結(jié)果概括。另外， 你可以用手工選任何酶切位點的結(jié)合。MapDraw也以自動展示從GenBank輸入序列的features。MapDraw的使用方法根據(jù)實驗設(shè)計，分析和實驗結(jié)果的展示需要的不同，MapDraw可以制作6種類的酶切圖。l 單擊保存。l 選定文件的保存位置。l 新窗口即顯示酶切片段在electrophoretic的分離情況（如圖）。l 從SITES amp。剛打開酶一覽表時，所有的酶都被選中了，在空白處單擊一下去除選定。l 單擊圖標左邊的藍色三角形，打開內(nèi)切酶一覽表。序列酶切，模仿agarose凝膠電泳判定大小：l 打開方法簾（method curtain）。如果你做選擇以EditSeq打開文件，Entrez序列將在主窗口中顯示。單擊同意（視窗），或者保存（蘋果計算機）。l 從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單，選擇用GeneQuest或者EditSeq打開（Open with GeneQuest/Open with EditSeq）。l 雙擊任何Entrez Results窗口里的序列，就可以查看其詳細信息。l 單擊查找。l 用鼠標從右面再拖入一個檢索框（New Term）。l 在文本框中敲入“visual pigment.”。在這一節(jié)中，我們將檢索與狨視覺色素（visual pigment in marmosets）序列有關(guān)的序列，然后學習GeneQuest或EditSeq是如何打開其中的一個序列的。Entrez Database檢索GeneQuest允許你在因特網(wǎng)或企業(yè)內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)的Entez數(shù)據(jù)庫上進行檢索。直到你能清楚地查看序列。垂直的豎線顯示BLAST結(jié)果的位置。單擊保存。保存對話窗將打開。（如果我們使用blastp或blastx，則相當于Gene FindingProtein Finder）l 在BLAST結(jié)果窗口中選擇一個檢索結(jié)果。BLAST結(jié)果窗最上邊的4鈕被用來打開，或者保存檢索到的序列，或者讓你了解更多的有關(guān)信息。s網(wǎng)點。上邊的部分是按可能性的順序顯示檢索到的序列的名字，下面的部分顯示上面部分選定序列與提交序列（上邊序列）比較的具體結(jié)果。l 單擊同意開始查找。會出現(xiàn)左面的BLAST對話框。注意此時選定的僅僅是外顯子部分（exons），內(nèi)含子部分被自動去除。l 單擊范圍選擇器調(diào)色板工具（箭圖標）。注意必須保證您的計算機與因特網(wǎng)相連。BLAST ORF需要你首先選擇序列的ORF，然后他就可以自動翻譯，在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中進行檢索。BLAST檢索GeneQuest為你的序列在因特網(wǎng)或企業(yè)內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫上進行相似性檢索提供2不同的方法。l 然后點擊名為“——CDS.”的feature，再點擊連接（鏈圖標）。l 單擊調(diào)色板工具（箭圖標）。一個圖形化展示的“Info region”就會出現(xiàn)在分析窗口的底部。l 點擊Style按鈕進入最后的Feature Editor窗口，選擇字型，大小和顏色，以及你喜歡圖型用于新建的feature。l 點擊Description按鈕進入新的Feature Editor窗口。 FEATURES MENU選擇New Featur，打開一個Feature Editor對話框（如右圖）l 你打開Feature Editor時，首先進入Location設(shè)定。l 然后點擊選定26414257的Informative Region。這些Features 可以象任何別的方法那樣拖到分析界面上顯示。注意任何你除掉的方法都是能從Methods menu菜單再一次被使用。另外，你可以用類似的指令進行操作：Line Weight、 Fill Color and Fill Pattern。從OPTIONS MENU菜單選擇Line Color，打開彩色選擇子菜單。結(jié)果展示優(yōu)化l 組合或移動展示的結(jié)果：單擊位于GeneQuest窗口左側(cè)的調(diào)色板工具中的的選擇器（手圖標），在分析界面中可以隨意拖動任何展示的結(jié)果到任何位置。分析界面上就會出現(xiàn)根據(jù)此參數(shù)計算得到的結(jié)果。l 雙擊方法簾中任何一個結(jié)果，將打開一個參數(shù)對話框。l 重復前面的操作，在方法簾中加入一個新的Bent DNA Bending Index，并把它拖如分析界面。序列中可能會折疊的區(qū)域就會以小盒子的形式顯示出來。l 點擊白顏色的位置去除對圖標的選擇。如果圖標前有數(shù)字表明該方法已經(jīng)使用，數(shù)字表示應用的次數(shù)。在方法簾的頂端，點擊More Methods打開一個下拉菜單，其中尤可以用于分析的所有方法，點擊Bent DNA Bending Index method，該方法就進入了方法簾。方法簾中包括已經(jīng)用于分析的全部方法。在本節(jié)中，我們使用Bent DNA Bending Index方法進行分析。l Bent DNA Bending Index——DNA折疊預測。l Coding Prediction—Local Compositional Complexity——根據(jù)Shannon信息學原理尋找有基因編碼提示信息的區(qū)域。l Coding Prediction Starts Stops ORFs——根據(jù)指定的ORFs的最小長度，尋找可能的開放讀框，可以選擇是否需要起始密碼子。l EnzymesRestriction Map——用DNASTAR酶目錄中的酶分析打開的序列，并以圖形方式展示。l Gene Finding Protein Finder——在打開的蛋白質(zhì)序列中尋找指定DNA序列的翻譯序列。l Gene Finding DNA Finder————在打開的DNA序列中尋找指定DNA序列。l RepeatsDyad Repeats——尋找Dyad重復和palindromes。l PatternsTypeIn Patterns——使用鍵盤輸入運算所需的Pattern參數(shù)。l PatternsMatrix——方法的運算參數(shù)。l Ruler——在文件中加入標尺。在下一部分中，我們將學習如何把其它方法用于我們序列的分析。應用方法后，結(jié)果的圖形顯示可以幫助你了解序列上感興趣的features。雙擊Nematode R01H10，就可以打開下面的窗口。在Windows上，從文件類型菜單(Files of Type)的中選擇GeneQuest Documents。l 從文件菜單，選擇Open打開一個和右邊相似的窗口。如果在使用這軟件中需要幫助，可以和DNASTAR聯(lián)絡(luò)。如果你知道Genbank序列的登錄號或名稱，你可以直接打開序列。GeneQuest能直接打開DNASTAR，ABI和GenBank文件。你可以在序列上注釋任何你發(fā)現(xiàn)的feature。GeneQuest的使用方法GeneQuest可以幫助你發(fā)現(xiàn)和注釋DNA序列中的基因，并幫助您操作生物學所關(guān)心的DNA的其他feature：包括ORFS、拼接點連接，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合為點、重復序列、限制性內(nèi)且酶酶切位點等。l 給sequence(s)命名。l 選定保存位置。當使用Export All As One的時候，如果DNA和蛋白質(zhì)文件同時存在，激活窗口的序列類型與你保存的類型是一致的。l 單擊保存則可。l 為sequence(s)選格式。以GenBank或GCG格式保存序列：l 從文件菜單，選Export。l 給序列命名。然后，我們將序列保存為EditSeq文件：l 從文件菜單，選Save。l 將序列寫入出現(xiàn)的窗口。序列的保存與輸出首先創(chuàng)建一個用于保存的序列。）l 要改變音聲readback的速度，從SPEECH MENU菜單，選擇Faster or Slower。l 電子的音聲就會開始朗讀所選的序列。l 選定序列。就會出現(xiàn)右面的窗口，顯示序列信息。如果你倒是希望全選序列，從EDIT MENU菜單，選擇Select All。序列信息查看現(xiàn)在我們要使用EditSeq菜單指令查看有關(guān)打開的TETHIS21序列的信息。l 選擇Launch Browser。l 除非你收到錯誤信息，否則可以認為你的序列已經(jīng)成功下載。在下載過程期間，EditSeq自動查對重復的序列。單擊OK回到灰色的對話框。l 點擊Set Location，顯示文件夾對話框。l 單擊下拉菜單，選Next。單擊Batch Save。EditSeq將從因特網(wǎng)數(shù)據(jù)庫下在單一的序列，并分別打開一個單獨的EditSeq窗口。l 單擊OK，EditSeq自動查對多余序列。單擊下拉菜單，選頂端（Top）。一個小的對話框出現(xiàn)。l BLAST結(jié)果窗最上邊的3鈕被用來打開，或者保存檢索到的序列，或者讓你了解更多的有關(guān)信息。有關(guān)“score”和“expectation”的詳細的信息在NCBI’s網(wǎng)點————可以找到。l 尋找結(jié)果顯示為兩部分（如下）。l 程序默認為blastn，數(shù)據(jù)庫默認是nr，參數(shù)轉(zhuǎn)換請參照幫助。l 從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單（NET SEARCH MENU），選擇BLAST查找。如果你沒有連接因特網(wǎng)，跳過這部分，繼續(xù)下一部分。BLAST檢索下面我們將在NCBI的BLAST服務(wù)器上對TETHIS21序列進行相似性比較。l 選定序列。如不保存，則單擊取消；如