【正文】 準的遺傳密碼轉(zhuǎn)換成Ciliate Macronuclear密碼 。l 單擊“Ciliate Macronuclear”就實現(xiàn)了遺傳密碼的轉(zhuǎn)換，EditSeq現(xiàn)在使用的就是Ciliate Macronuclear的遺傳密碼。遺傳密碼的編輯這一節(jié)中我們修改Ciliate Macronuclear的遺傳密碼。這將打開右面的窗口，窗口顯示遺傳密碼是怎樣翻譯DNA和RNA序列的。l 編輯時，單擊任何要編輯的密碼，從其目前的位置拖到新氨基酸對應(yīng)的位置則可。第二的遺傳密碼窗就會被打開，可以進行起始密碼子選擇。如要去除，只需單擊它即可。序列的反向互補及反向轉(zhuǎn)換下面的步驟可以用于反向測定的序列的正確輸入。l 從GOODIES MENU菜單，選反向互補序列（Reverse Complement），或者把序列顛倒過來（Reverse Sequence）命令，則被選定的序列就被翻轉(zhuǎn)互補或翻轉(zhuǎn)過來了。注意為了進行BLAST查找必須保證因特網(wǎng)的連接。l 選定序，或者從EDIT菜單中選擇Select All。BLAST對話框就會出現(xiàn)。l 單擊OK開始查找。上邊的部分是按可能性的順序顯示檢索到的序列的名字，下面的部分顯示上面部分選定序列與提交序列（上邊序列）比較的具體結(jié)果。一般來說，更主要的score和更低的expectation提示較好的相似性。下面我們從用“Create Document”鈕來打開評分最高的5序列開始：l 單擊Create Document。l 在左上角有一個下拉菜單顯示默認（default）。并在右面的文本框中寫入5。如果EditSeq提示至少2序列是同一個，請點擊OK。下面我們用“Batch Save”鈕將310序列保存為EditSeq文件：l 選定從頂端起第3個序列。小的灰色的對話框出現(xiàn)。并在右面的文本框中寫入8。l 選定你要保存序列的位置。l 單擊OK保存序列，文件擴展為“.seq”。如果EditSeq提示至少2序列是同一個，請點擊OK。最后我們可以使用“Launch Browser”鈕查看序列的詳細信息l 選定序列。l 你的網(wǎng)絡(luò)瀏覽器將打開右面的窗口。l 選定序列的一部分。l 從GOODIES MENU菜單，選DNA Statistics。序列校讀在我們學習保存和輸出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校讀功能這功能能幫助你校正測序膠中的錯讀。l 單擊校對發(fā)音圖標（序列窗口底部張開的嘴），或者從SPEECH MENU，選ProofRead Sequence。（注：如果你聽不見任何聲音，檢查你的計算機的喇叭是否已經(jīng)打開。l 要停止校讀，點擊圖標（手），或者從SPEECH MENU菜單，選擇ProofRead Sequence。從文件菜單，選New中的New DNA，或者New Protein。l 如果你輸入非法字符，計算機會發(fā)出警告。l 選定保存位置。l 單擊保存則可。l 選定保存位置。l 給sequence(s)命名。以FASTA格式保存序列：l 從文件菜單，選Export（1個序列），或者Export All As One（多個序列）。EditSeq僅僅將寫入的序列保存為FASTA格式。l 選FASTA格式。l 單擊保存則可。通過應(yīng)用“methods”到序列，序列的feature可以以圖形的形式展示出來。和其它的Lasergene應(yīng)用程序一樣，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez尋找功能。其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改為DNASTAR格式。另外，你還可以在Entrez數(shù)據(jù)庫進行序列查找和輸入。電話：（608）2587420，傳真：（608）2587439，電子信件：support，或者經(jīng).打開已有分析文件在這一節(jié)中，我們將對已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“Nematode R01H10.”進行操作。l 在蘋果計算機上，從Show菜單中選擇GeneQuestDocument文件。l 用文件管理系統(tǒng)打開名為“Demo Sequences.”的文件夾。GeneQuest的DNA分析方法打開GeneQuest文件后，下一步是選擇應(yīng)用方法。打開序列后，你會發(fā)現(xiàn)只有幾種方法應(yīng)用后的結(jié)果展示在窗口內(nèi)。l Title——給文件取名。l Sequence——顯示文件中的序列。l PatternsSignal——轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點數(shù)據(jù)庫。l RepeatsInverted Repeats——尋找反向重復序列。l RepeatsDirect Repeats——尋找正向重復序列。分別顯示正義連和反義連的尋找結(jié)果。顯示結(jié)果為全部6個讀框。l Coding Prediction Borodovsky——用Borodovsky’s Markov方法來識別潛在的基因編碼區(qū)，并以圖形方式展示。讀框的啟始和中止點分別展示。l Base ContentsBase Distribution——序列上4種堿基、A+T和G+C的頻率、分布，以及AT和gc分布區(qū)域。用分析方法操作調(diào)用新的GeneQuest方法的步驟是：從More Methods中選擇方法，加入方法簾（method curtain），待方法運行完畢后，選擇性的拖取結(jié)果放入分析界面（assay surface）即可（見右圖）。l 從ANALYSIS MENU選擇Show Available Methods可以打開方法簾，也可以通過拖動分析界面左上角的小環(huán)的打開方法簾。l 你將注意到方法簾沒有Bent DNA Bending Index method。l 若查看方法簾中的方法是否已經(jīng)被應(yīng)用，點擊其右邊的三角形。因為我們還沒有應(yīng)用Bent DNA Bending Index，所以點擊三角形，會發(fā)現(xiàn)圖標前沒有數(shù)字。l 單擊選定“Bend Region,”，將其拖到分析界面，釋放鼠標。方法參數(shù)改變下面我們改變方法的參數(shù)，然后將分析結(jié)果與參數(shù)改變前的結(jié)果進行比較?，F(xiàn)在你應(yīng)該有2個完全一樣的折疊區(qū)分析結(jié)果。l 改變弧長度參數(shù)為30，單擊OK。（注：如果你再次拖入新的方法時，參數(shù)的改變會自動應(yīng)用到新的方法上）。l 改變方法格式：單擊目的選擇器（手圖標），可以選擇分析界面上的任何方法。選定顏色后，方法題目和結(jié)果顯示都將變成那個顏色。l 去除方法：單擊選擇方法簾中顯示的方法，用退位或刪除鍵去除應(yīng)用的方法即可。注釋Features 當你用Genbank輸入序列時，序列中標注的Features會自動轉(zhuǎn)換為圖形命令顯示在方法簾中。GeneQuest也允許你為你的DNA序列制作新Features：l 單擊位于GeneQuest窗口的左側(cè)的調(diào)色板工具（箭圖標）。l 點擊調(diào)色板工具（鉛筆圖標），或者從SITES amp。點擊“Info region”進入Title box，點擊“Segment A”進入Segment Name box，接著，在對話框的底部選擇標題和區(qū)段名字的位置。如果你愿意，可以在note中對Feature做標注，在key種選擇Feature的種類。l 點擊OK關(guān)閉Feature Editor窗口。下面我們把新建的feature與另外一個feature整合起來。選定你剛做好的feature，單擊工具調(diào)色板工具上的（鏈圖標）。l 這樣你的“Info region”featur將繼續(xù)作為沒有聯(lián)系的方法而存在，但是。BLAST Selection指令允許你使用序列的任何一部分進行檢索。在這一節(jié)中，我們用BLAST在NCBI上檢索與Nematode R01H10相似的序列。否則，跳過這一部分。l 如同在右邊被顯示的那樣，單擊任何“”的feature。l 從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單，選BLAST Selection。l 不做參數(shù)改變，這樣，程序是blastn，數(shù)據(jù)庫是nr。尋找結(jié)果顯示為兩部分（如下）。有關(guān)score和expectation的詳細的信息在NCBI39。一般來說，更主要的score和更低的expectation提示較好的相似性?！癙ut In Document”按鈕相當于Gene Finding DNA Finder，在打開序列中尋找檢索到的序列。l 單擊Put In Document。l 選定保存位置，并命名。l 你選的序列將象應(yīng)用方法那樣以短的垂直的豎線自動出現(xiàn)在分析界面的底部。l 可以選擇Zoom in/OUT來放大或縮小視野。l 其他按鈕與EditSeq中介紹的功能相同。檢索到的結(jié)果可以輸入GeneQuest（或者EditSeq），或者保存為序列文件。l 從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單（NET SEARCH MENU)，選擇新正文查找（New Text Search）來打開Entrez Query窗口（如右）。l 從默認為“All Fields”的下拉菜單中選擇“Text Word.”。l 在文本框中敲入“Callithrix”，從“New Fields”菜單中選“Organism”。查找結(jié)果出現(xiàn)于Entrez Results窗口（如下）。如果你想在GeneQuest或EditSeq里打開其中的一個序列：l 從Entrez Results窗，單擊你想打開的序列。l 選定文件保存的位置，并給文件取名。如果你選擇以GeneQuest打開文件，GeneQuest將打開文件并且將其默認的方法自動應(yīng)用到序列上。GeneQuest的其他特點以RNA折疊形式查看序列的一部分：l 選定目的序列，在ANALYSIS MENURNA菜單中選擇Fold as RNA命令。l 從More Methods中選擇Enzymes Restriction Map 加入方法簾。注意方法簾僅僅顯示那些最少切割一次DNA序列的酶。l 選定特定的酶，拖入分析界面，即可以看見該酶的酶切位點在序列上的位置。 FEATURES MENU菜單選澤Agarose Gel Simulation。保存分析文件l 從文件菜單，選保存。給文件命名。l 你所應(yīng)用和展示的所有信息都會被保存。從簡單的線性圖到有注釋的環(huán)形圖，在展示限制性酶切位點的同時，還可以同時展示序列的feature，六個讀框及其翻譯結(jié)果。你可以按照位置、酶切頻率等來排列你的酶切位點。酶切位點過瀘器（filters）也可以使用Boolean operators聯(lián)合使用。和全部Lasergene應(yīng)用程序一樣，MapDraw也提供整合的BLAST查找功能。首先我們尋找能夠切割組氨酸DNA序列的酶切位點。l 打開“Demo Sequences.”文件夾。過濾器類型過瀘器（filter）是你定義的可以使用的酶切位點的集合。你可以用和／或來組合過瀘器。這些準則包括3’和5’端突出，與別的酶切位點互補以及兼并的末端突出。l 頻率（Frequency）過瀘器是指根據(jù)出現(xiàn)于指定的范圍序列上的頻率歸類的酶切位點。l 種類和復雜性過瀘器（Class amp。這些種類包括：I型（隨機）把II型（明確），或者I型+II型。l 手動選擇過瀘器（Manual Pick）允許你按需要選定酶切位點。l Must Cut Here/Don’t Cut Here調(diào)色板工具也是一種過濾器，隨后進行闡述。l 從ENZYME MENU，選New Filter，然后Frequency打開參數(shù)對話框。這個設(shè)定將我們序列中切割多于兩次的位點自動刪除。l 單擊Apply將過瀘器用于序列分析——然后OK退出參數(shù)對話框。應(yīng)用手動過瀘器雖然減少了大約3分之2的位點，但是還有100以上的酶存在?？匆豢次覀兊拿甘欠衲苷R地用來切割TETHIS21序列的編碼區(qū)。打開的窗口顯示每個限制酶切割位點的位置。“Histone”是在最初的Genbank入口被注釋的序列特點。l 單擊選定它。酶切位點即刻分類，這樣，距特點最近而且超出選定范圍的酶切位點將會排在最上面。你將注意到，在histone基因的左和右有2酶切位點：Acs I和Apo I。現(xiàn)在我們將制作僅僅包括Apo I酶切位點的Manual Pick filter。打開酶切位點過瀘器編輯器。給過瀘器取名。l 點擊Apply——然后OK，就保存并應(yīng)用“Apo I.”過瀘器了。使用過瀘器一覽表現(xiàn)在我們已經(jīng)應(yīng)用了2個過瀘器：一個叫做“Twocutsmax”的頻率過瀘器和叫做“Apo I.”的手動過濾器，MapDraw會自動把兩個過瀘器的結(jié)果用“AND,”聯(lián)合起來應(yīng)用，這樣，展示的結(jié)果需要滿足兩個標準：切割一或兩次，用Apo I切割。下述過瀘器一覽表允許我們隨意編輯、組合各個過瀘器。當前應(yīng)用的所有過瀘器都出現(xiàn)于窗口的左邊。現(xiàn)在由于只有Twocutsmax過瀘器被應(yīng)用，所以序列上的酶切位點數(shù)目立即增加了。（如果把Apo I過濾器拖回，放在Or旁，單擊Apply再次應(yīng)用Apo I過濾器，序列上的酶切位點數(shù)目不會改變，因為Apo I過濾器是Twocutsmax過瀘器的一部分）。使用Must Cut Here / Don’t Cut Here調(diào)色板工具Must Cut Here / Don’t Cut Here工具是另一種酶切位點過濾限制方法。l 從MAP MENU，選Site amp。l 向下滾動，直到你看在大的向右指的箭頭，上寫“histone”。點擊Don’t Cut Here調(diào)色板工具（紅色園圈起的剪刀樣圖標），去除所有切割選定區(qū)的酶切位點。）這樣，僅僅剩下那些不切割選定區(qū)的位點。你對這些信息可以進行添加或刪除操作。l 箭頭顯示酶識別序列和切割位點。環(huán)形展示你可以以環(huán)形圖展示環(huán)形或線性序列，但是，如果序列是線性的，MapDraw會提示你。l 通過點擊過濾器調(diào)色板工具檢查當前是否只有Don’t Cut Here過瀘器應(yīng)用。如果這不是這樣，請進行調(diào)整。（如果此時有太多的酶切位點，你可以加入其他的過瀘器）。2條紅線相會的角是你可以