【正文】 子標記 ,對親本和作圖群體進行標記基因型的分析 ,為構建遺傳圖譜收集必要的數(shù)據(jù)。 167。 無論是傳統(tǒng)的遺傳作圖，還是現(xiàn)代的分子遺傳圖譜的構建，都需要有作圖群體。 ?多點雜交 確定多個位點的相對位置與排序。 所以測交便于分析子代個體基因型的分離比。 ? DNA轉移： 不發(fā)生減數(shù)分裂的生物，如細菌、酵母。 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 不同模式生物的連鎖分析方法 ?有性雜交實驗： 可進行遺傳學實驗的材料，如老鼠、果蠅、水稻等。 ? 性別之間也表現(xiàn)重組率的差異。 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 遺傳圖的偏離與造成遺傳圖偏離的原因 ? 重組熱點 （ rebination hot spot): 染色體上某些比其他位點有更高交 換頻率的位點。 圖譜構建 167。 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 果蠅的突變體 : 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 根據(jù)連鎖分析的結果 ， 借助重組率可以繪制遺傳圖譜 ， 確定遺傳標記之間的遺傳距離和排列順序 ， 形成比較完整的連鎖群 ， 并由各連鎖群構成基因組的遺傳圖譜 。 遺傳作圖的理論基礎 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 傳統(tǒng)遺傳圖 傳統(tǒng)遺傳圖中的遺傳標記主要是形態(tài)學標記。 167。 ? 因此重組率可以成為測量兩個基因之間相對距離的尺度。 2 遺傳學圖譜 167。 重組型配子數(shù) 重組率 (%) = ———————— x 100 配子總數(shù) 1905年創(chuàng)立了連鎖分析，為遺傳作圖奠定了實驗基礎。 遺傳標記之間的遺傳關系主要是通過連鎖關系來反映 。 2 遺傳學圖譜 167。 摩爾根用減數(shù)分裂時染色體的行為解釋了同一染色體上的基因部分連鎖的現(xiàn)象。但事實上同一染色體上的完全連鎖的想象只有極少數(shù)。 2 遺傳學圖譜 167。 ?非等位基因自由組合 基因 A的等位基因遺傳與基因 B的等位基因遺傳相互獨立。因此，遺傳作圖中 “ 遺傳 ” 二字，既是手段，也是目的。 遺傳作圖 (Geic mapping) 即遺傳圖譜的構建。 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 幾種分子標記特點的比較 標記類型 帶型 等位基因數(shù) 穩(wěn)定性 技術難度 費用 RFLP 共顯性 中 高 難 高 SSLP 共顯性 多 高 易 低 SNP 共顯性 中 高 易 高 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 167。當探針與靶DNA雜交時，兩個末端被分開，從而使熒光染料發(fā)出信號。這個探針的兩個末端可以形成堿基配對，并且兩個末端分別用熒光染料和猝滅復合物標記。 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 2）液相雜交技術 ?在微量滴定板的孔中進行。在適當?shù)臈l件下一個寡核苷酸只有在與另一個核酸分子形成完全的堿基配對結構時才能與其雜交。 原理： DNA芯片技術以寡核苷酸雜交為基礎。 思考： 為什么 SNP限制了其在人類基因作圖上的應用價值 ？ 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 SNP (single nucleotide polymorphism,單核苷酸多態(tài)性 ) 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 SNP的一些特點 1) 理論上同一堿基位臵 SNP等位型式最多為 4，但多數(shù)為 2； 2) 直接從 STS (sequencetagged site)測序中可尋找到SNP； 3) 數(shù)量極大 , 人類基因組平均每 1 kb 含有一個 SNP. 估計共有 300萬個 SNP； 4) SNP與人類易感性疾病有關 , 涉及藥物基因組學； 5) 編碼區(qū) SNP主要分布在密碼子的第 3個堿基位臵。 優(yōu)點： 數(shù)量極大； 可實行快速自動化檢測。 2 遺傳學圖譜 167。 每條泳道顯示了每個人的遺傳圖，沒有任何兩個人的遺傳圖相同。 PCR產(chǎn)物用藍色和綠色熒光標記。 3) 同一凝膠電泳可顯示不同多態(tài)性片段 , 表現(xiàn)為共顯性； 4）有多種等位形式。 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 SSR的特點 1) 染色體上的位臵相對固定 。因此根據(jù)微衛(wèi)星序列的差異可以建立每個人的遺傳檔案（ geic profile)，應用于法醫(yī)鑒定。 由于微衛(wèi)星座位具有豐富的等位基因，因此微衛(wèi)星標記是一類比較理想的分子標記。 例如 ， 在水稻中 ， RFLP座位的等位基因數(shù)為 24個 ， 而微衛(wèi)星的等位基因數(shù)為 225個 。 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 1400 1200 1000 800 600 400 200 0 CATG/GTAC CTTT/GAAA ATC/TAG GATA/CTAT TGG/ACC CAG/GTC TCT/CTC CGG/GCC ATT/TAA TTG/AAC GT/CA GA/CT SSR motif Estimated number of SSR in the rice genome 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 在微衛(wèi)星 DNA中 ， 簡單序列的重復次數(shù)在同一物種的不同品種或不同個體中存在著較大的差異 。哺乳動物基因組中微衛(wèi)星的豐度約為植物基因組的 5倍。在 水稻 基因組中， 最豐富的微衛(wèi)星 是 (GA)n和 (GT)n。在 人類 基因組中， 最豐富的微衛(wèi)星 是 (A)n、(AC)n、 (AAAN)n、 (AAN)n和 (AG)n。 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 由于重復單位的不同，微衛(wèi)星存在著多種不同的類型。微衛(wèi)星序列在整個基因組中分布均勻，而且密度高； 2）小衛(wèi)星不適用于 PCR分型，因為它的重復單位較長，可以形成 20kb長的聚集區(qū)，而微衛(wèi)星區(qū)較短，通常小于 150bp，用 PCR擴增時反應快又精確。 微衛(wèi)星序列（ microsatellite） 又稱簡單序列重復（ simple sequence repeat， SSR），或稱短串聯(lián)重復（ short tandem repeat， STR），是一類由幾個（一般 24個）核苷酸為重復單位組成的長達幾十個核苷酸的串聯(lián)重復序列。 遺傳作圖的標記 小衛(wèi)星序列（ minisatellite)又稱為可變數(shù)目的串聯(lián)重復（ variable number of tandem repeat,VNTR)。 基因組學