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petsc并行程序設計方法(ppt133)-流程管理-文庫吧資料

2024-08-26 01:11本頁面
  

【正文】 設置預條件子的復合類型 PCCompositeSetType ( PC pc, PCCompositeType type ), 其中第二個參數(shù)為 PC_COMPOSITE_ADDITIVE或 PC_ COMPOSITE_MULTIPLICATIVE PCCompositeSetUseTrue: 設置為真實殘差的范數(shù)類型 63 PCCompositeGetPC: 設置單個預條件子的類型參數(shù) PCCompositeGetPC ( PC pc, int count, PC ?subtype ) PCSLESGetSLES: 將解法器設置為預條件子 PCSLESSetUserTrue: 將解法器算子設置為預條件子 64 MGSetLevels: 設置多重網(wǎng)格預條件子的優(yōu)化級別 MGSetType: 設置多重網(wǎng)格預條件子的類型 MGSetCycles: 設置 Wcycle參數(shù) MGSetNumberSmoothUp: 設置向前平滑參數(shù) MGSetNumberSmoothDown: 設置向后平滑參數(shù) MGGetCoarseSolve: 設置粗網(wǎng)格求解器 MGGetSmoother: 設置平滑算子 MGGetSmootherUp: 設置向前平滑算子 MGGetSmootherDown: 設置向后平滑算子 MGSetInterpolate: 設置插值算子 65 MGSetRestriction: 設置約束條件 MGSetResidual: 設置多重網(wǎng)格預條件子的殘差 MGSetRhs: 設置多重網(wǎng)格預條件子的右邊向量 MGSetX: 設置多重網(wǎng)格預條件子的解向量 MGSetR: 設置多重網(wǎng)格預條件子的殘差 66 奇異方程求解 MatNullSpaceCreate: 創(chuàng)建一個零子空間對象 MatNullSpaceCreate ( MPI_Comm, PetscTruth hasconstants, int dim, Vec ?basis, MatNullSpace ?nsp ) PCNullSpaceAttach: 設置一個零子空間對象 PCNullSpaceAttach ( PC pc, MatNullSpace nsp ) 67 非線性方程解法器( SNES) SNES 非線性解法器基于 牛頓迭代法 ( 線性搜索 和 信賴域方法 ),并依賴線性解法器 SLES 實現(xiàn)。 47 KSPSetType: 設置 Krylov子空間方法的求解類型 KSPSetType( KSP ksp, KSPType method ) 其中第二個參數(shù)為 Krylov子空間方法的類型,包括: Richardson 方法 KSPRICHARDSON 切比雪夫方法 KSPCHEBYCHEV 共扼梯度法 KSPCG 廣義最小殘差法 KSPGMRES 共扼轉置擬最小殘差法 KSPTCQMR 雙共扼梯度平方法 KSPBCGS 48 經(jīng)典 GramSchmidt方法 KSPCGS 無轉置擬最小殘差法 KSPTFQMR 共扼殘差法 KSPCR 最小二乘 QR分解方法 KSPLSQR 雙共扼梯度法 KSPBICG 無迭代直接求解方法 KSPPREONLY 49 KSPRichardsonSetScale: 設置 Richardson 方法的阻尼系數(shù) KSPRichardsonSetScale ( KSP ksp, double damping_factor ) KSPChebychevSetEigenvalues: 設置切比雪夫方法的參數(shù) KSPChebychevSetEigenvalues ( KSP ksp, double emax, double emin ), 默認值 emax =, emin =,沒有描述 KSPGMRESSetRestart: 設置廣義最小殘差法的迭代步數(shù) KSPGMRESSetRestart ( KSP ksp, int max_steps ) KSPGMRESSetOrthogonalization: 設置為經(jīng)典的 GramSchmidt方法(其計算性能好,但數(shù)值穩(wěn)定性差) 50 KSPCGSetType: 設置共扼梯度方法中的算子對稱類型 KSPCGSetType ( KSP ksp, KSPCGType KSP_CG_SYM METRIC ) KSPSetInitialGuessNonzero: 設置一個非零的初始猜值 KSPSetInitialGuessNonzero( KSP ksp, PetscTruth flg ) KSPSetPreconditionerSide: 設置為右預條件子 KSPSetPreconditionerSide(KSP ksp, PCSide PC_RIGHT) 51 KSPSetNormType: 設置為真實殘差的范數(shù)類型 KSPSetNormType( KSP ksp, KSP_UNPRECONDITIONED_ NORM) ,其中大多數(shù)方法默認為預處理后的殘差范數(shù) KSPSetTolerances: 設置最大誤差界和最大迭代步數(shù) KSPSetTolerances ( KSP ksp, double rtol, double atol, double dtol, int maxits ) 其中從第二個參數(shù)起依次為相對誤差(默認值為 rtol =105)、絕對誤差(默認值為 atol = 1050)、相對誤差比率 (默認值為 dtol =105 )和最大迭代步數(shù)(默認值為 maxits =105)。因此 , PETSc為用戶提供了構造 預條件子 的 用戶程序接口 。 預處理技術 是改善 矩陣特征值分布 和這類方法 收斂性質(zhì) 的最有效手段。 44 基本用法 SLESCreate: 創(chuàng)建一個線性方程求解環(huán)境 SLESSetOperators: 設置求解算子(矩陣) SLESSetOperators ( SLES sles, Mat Amat, Mat PCmat, Mat structure flag) , 其中“ flag”取“ SAME_NONZERO_PATERN”、“ DIFFERENT_NONZERO_PATERN” 或 “ SAME_PRECO NDITIONER”之一。 SLES求解線性方程組 A x = b (1. ) 其中解算子 A 是 n n 維非奇異矩陣, x 是 n 維右端向量, b為 n 維解向量。 38 ISCreatGeneral: 創(chuàng)建一個索引集排序 ISCreatGeneral( MPI_Comm, int n, int ?indices, IS ?is) ISCreatStride: 創(chuàng)建一個具有跨度的索引集排序 ISCreatStride( MPI_Comm, int n, int first, int stride, IS ?is) ISDestroy: 釋放一個索引集排序 ISGetSize: 獲得一個索引集排序的數(shù)據(jù)規(guī)模的大小 ISStrideGetInfo: 獲得一個含跨度的索引集排序信息 ISStrideGetInfo ( IS, is, int ?first, int ?stride ) 39 ISGetIndices: 獲得一個索引集排序的所有索引列表 ISRestoreIndices: 釋放一個索引集列表的存儲空間 ISCreatBlock: 創(chuàng)建一個塊索引集排序 ISCreatBlock( MPI_Comm, int bs, int n, int ?indices, IS ?is) ISBlockGetIndices: 獲得一個塊索引集排序的所有索引列表 ISBlockGetSize: 獲得一個塊索引集排序的數(shù)據(jù)規(guī)模的大小 ISBlockGetBlockSize: 獲得一個塊索引集排序的塊規(guī)模大小 ISBlock: 沒有描述 40 VecScatterCreat: 創(chuàng)建 一個向量與向量之間的 分發(fā) VecScatterCreat( Vec x, IS ix, Vec y, IS iy, Vec Scatter ?ctx) VecScatterBegin: 啟動一個向量與向量之間的分發(fā) VecScatterEnd: 完成一個向量與向量之間的分發(fā) VecScatterDestroy: 釋放一個向量與向量之間的分發(fā) VecCreatGhost: 創(chuàng)建一個含偽邊界點的 PETSc 向量對象 VecCreatGhost( MPI_Comm, int n, int N, int nghost, int ?gh osts, Vec ?vv) 41 VecCreatGhostWithArray: 創(chuàng)建一個含偽邊界點的 PETSc 向量對象和數(shù)組 VecCreatGhostWithArray( MPI_Comm, int n, int N, int ngho st, int ?ghosts, PetscScalar ?array, Vec ?vv) VecGhostGetLocalForm: 獲得一個含偽邊界點向量的局部 訪問權 VecGhostRestoreLocalForm: 釋放一個含偽邊界點向量的 局部訪問權 VecGhostUpdateBegin: 啟動一個含偽邊界點向量的更新 VecGhostUpdateEnd: 完成一個含偽邊界點向量的更新 42 ? 線性方程解法器( SLES) ? 非線性解法器( SNES) ? 時間步進解法器( TS) 43 線性方程解法器( SLES) SLES 構成了 PETSc 最 核心的部分 。 一系列數(shù)據(jù)操作對象的集合 ,專門用來管理 無結構網(wǎng)格 向量的 分發(fā) 、 聚集 、局部和全局之間的映像 、邊界點的 通信 等基本操作。另外, PETSc提供了對并行圖形劃分軟件 ParMETIS的 接口 。 MatCreateShell: 創(chuàng)建一個虛擬的矩陣對象 MatCreateShell ( MPI_Comm, int m, int n, int M, int N, void ?ctx, Mat ?mat) 34 UserMult:用戶編寫的矩陣向量乘積程序 MatShellSetOperation: 將一個用戶程序封裝到一個虛擬的 矩陣對象中 MatShellSetOperation ( Mat mat, MatOperation MATOP_MU LT, (void(?)(void))int(?UserMult)(Mat, Vec, Vec)) 35 矩陣對象的劃分 對于許多 無結構網(wǎng)格 的 PDE求解, 格點 在各進程中的 分布 對計算性能 具有非常重要的影響。 33 “無矩陣”運算 “無矩陣”運算 ( MatrixFree Matrices), 指不通過 顯式存儲 整個矩陣而是 通過向量運算來實現(xiàn)矩陣的各種操作和運算的方法。 PETSc還為用戶提供了的單純依賴向量來實現(xiàn)矩陣各種運算(或 無矩陣運算 )的程序接口。 PETSc的矩陣運算和操作包括矩陣的 創(chuàng)建 、 插值 、 聚集 、各種 算術運算 和 釋放 。與向量對象不同,一個 PETSc 的矩陣對象首先是在 局部(各個進程)數(shù)據(jù)填充 完成之后再對其進行 全局聚集 ,然后再由 PETSc對象統(tǒng)一管理和實現(xiàn)矩陣的各種運算和操作。在 PETSc學習過程中, 用戶要特別注意 向量 (Vector)和 數(shù)組 ( Array)兩個概念 ,前者著重強調(diào)獨立于數(shù)組數(shù)值和存儲之外的 邏輯結構或排序上的抽象 ,而后者著重強調(diào) 數(shù)組元素的訪問和數(shù)值改寫 。 DA自動管理數(shù)據(jù)在局部進程之間的 劃分 、 消息傳遞 和 讀寫 。 20 向量對象的排序 PETSc排序 與 應用排序 之間的差異主要來源于兩個原因 : 局部序號 和 全局序號 的不同;不同 區(qū)域分解方法 之間的差異。 DAVecRestoreArray(DA da, Vec g
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