系統(tǒng)發(fā)育摘paml學(xué)習筆記蝸牛(參考版)
2025-07-02 16:57本頁面
【正文】 通常選擇M3與Model B進行LRT檢測，自由度df=2；。通過對null Model 以及其衍生模型的LRT檢驗，驗證是否存在positive sites的假說，若positive sites存在，則通過NEB或者BEB法檢驗這些位點的后驗概率。為完成上述目標，我們可以根據(jù)已知的結(jié)構(gòu)域和功能域的信息，將氨基酸位點分成若干具有獨立omega值的小位點合集。因此，計算整個支系的平均omega值往往很難檢測到positive selection。 鑒定適應(yīng)性進化的氨基酸位點（Identification of amino acid sites under positive selection）從蛋白質(zhì)進化的角度而言，為了維持蛋白質(zhì)功能的穩(wěn)定性，其平均非同義替換的數(shù)量往往較少。圖2 ECPEDN基因家族系統(tǒng)發(fā)育樹Fig 2 The phylogenetic tree of ECPEDN gene family本分析共設(shè)置了四個ratio Model，分別為one ratio Model， two ratio Model， three ratio Model and four ratio Model。但EDN是一種有效地抗病毒藥物通過有效地核酸降解。ECP，即嗜酸性粒細胞衍生神經(jīng)毒素，EDN，即嗜酸性粒細胞陽離子蛋白。(3) three ratio model with four ratio model: 揭示基因家族中兩個旁系同源分支之間的選擇壓力是否發(fā)生變化。即ω0≠ω1≠ω2≠ω3。ω0≠ω1≠ω2=ω3。ω0=ω1=ω2=ω3；(2)Two ratio model, 復(fù)制事件之前的omega值和復(fù)制事件之后的omega值不相等。鑒于這一問題，本文提出了用于檢測基因復(fù)制后適應(yīng)性進化的最大似然法，旨在完成以下目標：（1）同一個基因進化歷史中不時間點的選擇壓力；（2）這些選擇壓力是否不同。1. 選擇壓力支系特異性檢驗（Detecting lineage specific changes in selective pressure）若基因家族的分化是通過正選擇作用推動的，則在復(fù)制事件之后，會立刻出現(xiàn)非同義替換速率大于同義替換速率的現(xiàn)象。另外，在Model C中，其ω1是一個定值，而在Model D中，ω1則是一個自由變化的參數(shù)。Model B通常與site Model中的M3進行顯著性比較，對應(yīng)的df值為2Model C與site Model中的M1a進行比較，對應(yīng)的df值為3.Model D通常與site Model中的M3進行比較，若樹文件為無根樹，則df=1，若樹文件為有根樹，則df=2.就Model的提出理念而言，Model A and Model B側(cè)重于尋找在進化過程中受正選擇作用的點，而Model D則與之不同，其不再局限于正選擇作用，而是涉及到多種選擇作用(divergent selective pressures)。因此，alternative Model and null Model之間的顯著性水平檢測可以直接用來檢測foreground Branch中的positive selection 位點）在Branch site Model中，Model A還可以與site Model中的M1a進行顯著性水平比較。The parison of Model A and null Model 對應(yīng)的df值為1；（注：在null Model中omega值的設(shè)定是ω2=1，這便限定了在null Model中，background中的sites均處于negative selection，foreground Branch 中的sites均處于neutral selection。注意Model D 需要ncatG參數(shù)設(shè)置位點的類型（以omega值進行分類），可以使用的ncatG值有2或者3，在ModelA，ModelB and ModelC中，ncatG的取值是被自動忽略的。該model主要用于檢測前景枝中正選擇作用對部分位點的影響。圖2 site model下的control file 截圖Fig2 The fig of control file under site modelSite model 計算的control file與Branch model中大致相似，但在site model中應(yīng)當注意，model=0是一個恒定值，Nssites命令可以設(shè)置不同的模型參數(shù)。因此，可以直接將NEB result忽略，但值得注意的是，BEB只能在M2a和M8 model下運行。CODEML程序中常見的計算后驗概率的方法有BEB和NEB。Likelihood ratio test如question3所示，即對兩個模型進行顯著性水平比較。在涉及到positive selection 的文章中，對于這兩個model的比較并不常見，而且說明書中也并未給出明確的比對結(jié)果意義。M1 and M2 以及M7 and M8是用于正選擇作用的檢測，The
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