【正文】 ?根據(jù) 的數(shù)據(jù)。 ?實際分析時一般每次只分析單個位點； ?不同引物退火溫度不同，需要探索。 ? 僅需微量組織， 適合 PCR分析 半自動化 。 ? 多數(shù) SSR增減重復序列頻率高，在品種間具 廣泛位點變異 。 ? 數(shù)量豐富 ，在整個基因組均勻隨機分布。 SSR的主要功能 : ?編碼氨基酸； ?染色體末端的 SSR，有保護 DNA完整性、避免降解、融合及丟失的功能； ?提高或降低臨近基因轉(zhuǎn)錄速率； ?基因重組的熱點，是基因變異的來源； ?部分 SSR可產(chǎn)生轉(zhuǎn)錄啟動復合物或活化染色體。 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 四、 SSR的功能 長期以來一直認為 SSR是轉(zhuǎn)錄啞區(qū)，沒有明確的生理功能。 研究還發(fā)現(xiàn)，單核苷酸及二核苷酸重復類型的 SSR主要位于非編碼區(qū)，而有部分三核苷酸類型位于編碼區(qū)。 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 另外在植物中也發(fā)現(xiàn)一些三核苷酸和四核苷酸的重復，其中最常見的是 (AAG)n、 (AAT)n。 不同物種中微衛(wèi)星出現(xiàn)的頻率變化是非常大的： 如在主要的農(nóng)作物中兩種最普遍的二核苷酸重復單位(AC)n和 (GA)n，但在水稻、小麥、玉米、煙草中的數(shù)量分布頻率是不同的。 ?不同物種其重復序列間隔不同： 哺乳動物中約為植物的 56倍；植物中平均 SSR；雙子葉植物 SSR數(shù)量大于單子葉植物，核 DNA SSR數(shù)量多于細胞質(zhì) DNA。 ?…… TTCAGCTAGCTCAGCAGCAGCAGCAGCAGAGCTTGC…… ?…… AAGTCGATCGAGTCGTCGTCGTCGTCGTCTCGAACG…… ? SSR標記技術(shù)的原理 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 ? 不同材料間重復次數(shù)的不同 ， 導致了 SSR長度的高度變異性。目前微衛(wèi)星 DNA已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了２萬余個位點。多態(tài)性好、重復好、共顯性標記 SSR（ Simple sequence Repeat ） = microsatellite= STR (Short Tandem Repeat,） 一、引 言 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 二、 SSR標記技術(shù)的原理 ?SSR即微衛(wèi)星 DNA (Microsatellite DNA) 標記； ?屬高度重復序列，重復單元 1~6 bp， 如 (CA)n、(AT)、 (GGC)n等重復，重復區(qū)大多幾十 ~幾百 bp，分散在基因組中，大多不存在于編碼序列內(nèi)，具有較高的多態(tài)性。 ? Minin Satellite DNA: 1570 bp ? Microsatellite DNA： 一類由幾個核苷酸（一般 16個，基序很短）為重復單位串聯(lián)而成的 DNA序列。 ? RAPD、 APPCR和 DAF共同缺點： 對反應(yīng)條件非常敏感，重復性差。 ?與 RAPD不同的是 : 引物濃度更高，引物長度更短（一般 5－ 8個堿基），且往往用聚丙烯酰胺凝膠電泳，通常會產(chǎn)生非常復雜的帶型，譜帶信息比RAPDs大得多。另外，此方法在雜合體中僅可辨別長度多態(tài)性。 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 ?特點： AP— PCR方法不需預知序列資料，而且檢測的基因組樣本是任意的，還能夠用于檢測近等基因系 (或同類系 )中的多態(tài)性。 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 ?結(jié)果分析： 通常采用變性 聚丙烯酞胺凝膠電泳或高分辨率的瓊脂糖膠 分析 PCR產(chǎn)物，最終反應(yīng)結(jié)果與RAPD類似。 ? 濃度較高 ? PCR反應(yīng) 分為兩個階段： ? 首先寡核昔酸引物在 低嚴謹條件 下與模板 DNA退火，此時發(fā)生了一些合成，以便穩(wěn)定模板與引物之間相互作用。 1,2,3,4,5,6,7— plasmid DNAs of OPT15/1100， OPF03/1700， OPF03/1198， OPG18/943，OPG18/972， OPE09/1900 and OPD10/1248 clones cut with EcoR I respectively 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 OPF03/1198 CCTGATCACCTCCTCCTGTGAGCACAATGATCCACAGTTTTTGAATGCTACCATGCTTCACTAGATTTGTCTATAAATATATATATCTCACCTTAGTGAAGCAAAACACAAAGCTGATAGGTAACATGTAAAAGCTTTGTACTCATCTAATAGAGTAAATTACATCCACGGTACATCAACTTGGCAGGTAGATGTAATTTGGTGCAATAACTTGAGAAATAATCATTTACAACAACTTAATAGGTATGTGCAATTTAGTATAAGAATTTTATAAGTGATCCTATAAATACAACAACTTGCAAGTTAGGTACGATTTTCATAGAACAAATAAAAAGGTTATGCGGCAACTTAATTATTTGGAGCATTTTTTATATAAATTCATTTTTAAGTACTTATTTTGACAATATACTATCATGGATTTGTATAAGTATATTTATATTTTTATCCTAATAACTAATAATTAAAAGTCAATTAATCCGGATATAGAAATTATTATATTTTGGTTGATATTTGAGAAGGTGAAGAAAACTAAAAAAGTTCTTAAAGTAAATTAGATGTAAATTGTACTACATAAGTTTTAAAGATTAAATTCAATATTATAAGATAATATCCGTATGATTATTATGTAATGGCATATTGACATCGAGAAAAAAAACTCACCTAGCATATGCTTAGCCTAGTTGATGCACAAAAATACTAAATTGTTAAGTTCTTGTACTAAAACGCACCTACTTGTCAAGTTATTGCACTCGGACGTTTAATTCTCAAGTTCTTGCACTATATCGCACCAATCTGCCAAGTTGTTATACCATGGGTGCAATTTACTCACAATAATATAACAACTTTTAGCATTCAGGATTTATCCTAAAACATGACAACTTCTCTACCAACATTCTCTTCCCAACTTCACTAAAAAAATTCTCTTTCCAACCAGTCACAACCTTCCACCATTCACTTTTTCCACCGTCATCTACTTTTTAACCAATCACAGCATCTTCCAATTTAATTCCACCTACTTTTTTAATAACCATATCCAACTGTAAAACTTCTTATATTCTGTGGCAGAGGTAGTAGCAATTTGCACACCTTTCACAAGTGTACATACGCAACCATCAACCTTTTGGTTCAGCATCCCTAGCCCTTGCAATCACCCTAGGCCTCCTCTTCTTGGTTACTGTCAATGGTTGTGGTGATCAGG 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 OPD10/1248 GGTCTACACCTTATTATTGCACACTATTCAAATTTAGTTTTGGACTGTGATTCTGTTTAGCATAAGTTTTGCATAGGACTTGTAAAGGTCATTTAAGTTCTGGTCCTTGTTTTCACACGGAATTTATGGAGCTAGGATTGTCGACGTTTGATGTCTCGACTACGGTATTTGGACAGTATGGGGATCGTCGGTGCTAGGATATACGCGAGACTAAGGTAAAAGAGATGGAGATAGGGATTTTTATACAGGTTCGGGCCCCTAAGTGGTCAAGTAATAACCCTACATCCTGTTGGCCGGAGCCGGAGTTGCTTTTATTCACCATAATCACACCAGTACAATATGTGGGTAGCCTATCTAACTGTTGTCGACATGGCGGTCTGAAGGTCTGACTCGTAGTCGACAACAGGGTAGCCTTCCTCCTCGAATCCGTGTCCGGCGAGATCAGAGATAGCGCTTTCGTATCTCCCGACAGTATCCGGAGACACCGTAGGGGAATAGCCATGCCTATCCCTGAAGTCGATATCCGGCGGCGTGTCTTGGCGTATGTAGGCTTGTATGTTGTGGCTTCTGGTGGGTGTATGTTGATTCTCCCTGGTGGGTGTCCTGTGTCCCCTCTCCTCCTAGGGGGGCTTGTATTTATACCCATAGGTTGTCCCCTTGTCCAAGTAGAACTAGGGAAACCAATATGGATACAATCCGAGTAGTCCTTGTCGTTTCCATGTAGAACTCTGGTTGTCTTTACTTATCCGGAACTCCCTCGAGGTCAGTTTCCGTATAAGACATGGTATGTGGTGGATCCTGCCAAGGTTTAGTCAACTACTATTAGGGATGTGGTATGCATAACCATGACAGTGGCCCCCGACTTCAATGCAAATGAACGAGTTCATATTCTCAACCGCAGACTTCGGAGGAACTGTTATTGAGCTCACGTGACCGTTCTTGGTGAGTTTAGAGATAACGTTAGACTTCCTTTGTCAGCCTCGTGCGGGCACCGAAAGGGTTTGTCAAAGTCAATCTCTGATGTCAACCAAGGAAGTACATAGCGTACGACTAAGTCTCCCGTCTTGCCGTAATCGAGAATTTGGATTGAAGTCAAGAAATTCTATCTCGGCGGGTACACCATTTCTTCATTCCGTATTCCTTGTCGAGATCCAGCAACCGTTCTCGAGCGTTCGAGAAGGCGTAAAGTCTGCGACGGAGCCTTGTCGACATTTGTCGTACTCGCCTTAGTCGATCTTGGTGTAGACC 基因組學 杭州師范大學生命與環(huán)境科學學院 向太和 OPG18/972 和 OPG18/943 OPG18/972 GGCTCATGTGCATGCATGCTTACTGTGTAACCGATCAGTTCATATTTATCTTTTTTTTTAAAAACACACACACACACACAAATACC 86 OPG18/943 GGCTCATGTGCATGCATGCTTACTGTGTAACCGATCA