【正文】 luzzati圖估計(jì)原子坐標(biāo)誤差 ， 一般 2A分辨率結(jié)構(gòu) R因子在 20％ ， 原子坐標(biāo)平均誤差約在 －。 ， 差值電子密度沒有突出的峰需要解釋的 Rfree rms， 鍵長 、 鍵角 3176。 分子動力學(xué)方法就是為了在修正過程中避免分子進(jìn)入錯誤的局部能量極小狀態(tài) 。 另外，在極小函數(shù)內(nèi)也可包括有關(guān)的能量項(xiàng)，這些能量項(xiàng)也與鍵長、鍵角有關(guān) 。 Restrained允許立體化學(xué)參數(shù)在標(biāo)準(zhǔn)值范圍附近變化。 這就減少了待修正的參數(shù) 。 因此 ， 要盡可能的增加觀察值的數(shù)量 ， 減少待修正的參數(shù) ，于 是 產(chǎn) 生 了 立 體 化 學(xué) 制 約 的 修 正 方 法constrained和 restrained。用 R因子表示 R＝ (Σ ||Fo||Fc||) / (Σ |Fo|) 大分子一般 R在 20％ 以下就可以了 小分子結(jié)構(gòu)修正中普遍使用的最小二乘法在大分子結(jié)構(gòu)修正的早期遇到了麻煩 。 高分辨率的圖 ， 建立分子精細(xì)模型尋找水分子 。 中等分辨率的圖上 ， 可以跟蹤肽鏈走向 。 分子平均對非晶體學(xué)對稱性高的病毒結(jié)構(gòu)特別有用 。 4用 Fourier反變換 ， 從電子密度圖得出新的相角 。 把各分子內(nèi)對應(yīng)點(diǎn)的電子密度平均 。 比實(shí)際分子邊界略小 ， 因?yàn)槭芊肿佣逊e環(huán)境影響 ， 分子表面略有不同 ， 但又要盡可能多的包括蛋白質(zhì)分子的密度 。 1用分子置換法的自身 Patterson函數(shù)得到非晶體學(xué)對稱性 。 流程圖 如果不對稱單位內(nèi)有多個(gè)分子 ， 則可利用非晶體學(xué)對稱性對多個(gè)分子進(jìn)行分子平均 。（也即原子位置可以是（ xyz）也可以是（ x,y,z）） 每個(gè)波長的 ⊿ f， f’’是原子吸收系數(shù)的函數(shù)，原子吸收系數(shù)可從實(shí)驗(yàn)測得。 用 |FA|2作系數(shù)計(jì)算 Patterson圖，解出重原子 A位置，然后由 A的位置計(jì)算 φ A，再從 (φ BAφ A)值和 φ A得到 φ BA。 一個(gè) λ 對這三個(gè)未知數(shù)給出二套等式 ， 所以原則上用兩個(gè)不同波長可以解出每一反射的 FBA， |FA|和 (φ BAφ A)。 Hg1（ 峰高 ） Hg2 (1) 錯誤構(gòu)型 342 616 (2) 正確構(gòu)型 501 1036 Se代甲硫氨酸 ， 每 Se就可成功應(yīng)用此法 。 |FPH2|－ |FP|＋一套相角 |FPH2|－ |FP|＋另一套相角 正確的絕對構(gòu)型會在第二個(gè)重原子衍生物的重原子位置顯示最高的峰 。 以上節(jié)為例作一說明 。 先在正確的右手坐標(biāo)系中確定 F(hkl)和 F(h,k,l)， 然后分別用兩套坐標(biāo) (即一為 xiyizi另一為 xi,yi,zi)計(jì)算Fc(hkl)和 Fc(h,k,l)， 最后比較 Fc（ h） /Fc（ h） ， Fo（ h）/Fo（ h） 大于 1或小于 1， 若兩者一致 ， 則所選絕對構(gòu)型是正確的 。 另外 ， R值的搜索也可確定平移向量 。一般取分子最小徑線＋積分半徑＋分辨率 積分半徑：分子線度 6080%， 分子直徑 7580%在計(jì)算交叉旋轉(zhuǎn)函數(shù)時(shí)一般用尤拉角坐標(biāo)系θ 1， θ 2， θ 3 在計(jì)算自身旋轉(zhuǎn)函數(shù)時(shí)一般用球極坐標(biāo)系 (φ ,ψ ,κ ) 當(dāng)分子取向決定后 ， 就要找到分子在晶胞中的確切位置 ， 平移函數(shù)的計(jì)算就是為了確定分子在晶胞中的位置 。 如何避免交叉向量峰 ？ 模型晶胞的選取：模型晶胞越大 ， 則它的分子間 Patterson向量峰離原點(diǎn)越遠(yuǎn) ， 因此 ， 在一定的積分半徑范圍內(nèi) ， 分子間的交叉向量峰越少 ， 但計(jì)算工作量加大 。 自身向量峰即一個(gè)分子內(nèi)的原子間向量峰 ， 這是最能反映分子本身結(jié)構(gòu)特點(diǎn)的向量峰 。 如果 P1， P2都是目標(biāo)晶胞的 Patterson函數(shù) ， 則稱為自身旋轉(zhuǎn)函數(shù) 。 R(α ,β ,γ )＝ ∫ vP1(X)P2([C]X)dX P1是已知分子結(jié)構(gòu)的模型晶胞的 Patterson函數(shù) P2是待測分子的晶胞的 Patterson函數(shù) 這是交叉旋轉(zhuǎn)函數(shù) ， 就是將兩個(gè) Patterson矢量峰疊合 ，當(dāng)兩個(gè)分子取向一致時(shí)兩個(gè) Patterson函數(shù)的乘積就會得到最大值 ， 形成高峰 。 由于目標(biāo)分子結(jié)構(gòu)并不知道 ， 所以不可能用相應(yīng)原子的坐標(biāo)去疊合 ， 只能用分子的某些特性去疊合 。 殘基不同則可用 ALA或 GLY取代 。 模型分子的選取 ， 根據(jù)氨基酸序例比較 ， 同源性越高得到正確解的可能性越大 。 空間兩個(gè)相同的分子 X2， X1， 一定可以通過旋轉(zhuǎn)和平移使兩個(gè)分子重合 。 的間隔計(jì)算該相角的幾率，最終確定同晶置換相角。 如果有初步的蛋白質(zhì)相角 α P, 則用 ∑ W[FPH(obs) FPH(calc)]2 為極小值 ,FPH(calc)=| FP(calc) + FH(calc)| 按照一定的間隔（如 30176。 1 有好的 FH(obs)則可用簡單的最小二乘法修正 ， 即令 ∑ W[FH(obs)FH(calc)]2為極小值 。 聯(lián)合差值 （ Matthews加和 ） |FH|2=|FP|2+|FPH|2–2|FP| |FPH|{1[(f’/f’’)( FPH(+) FPH())/2|FP|]}1/2 由于各衍生物在確定重原子位置時(shí)所取的坐標(biāo)原點(diǎn)不同 ，它們對相角會有影響 ， 解決辦法 1 用第一個(gè)重原子衍生物得到母體蛋白的初步相角 ， 然后用差值 Fourier方法確定第二個(gè)重原子衍生物的重原子位置 ， 此時(shí)所得的第二個(gè)衍生物中重原子位置與第一個(gè)衍生物有相同的原點(diǎn) 。 同晶差貢獻(xiàn)小的衍射點(diǎn)則反常差貢獻(xiàn)就大 。 想象為只有重原子在蛋白質(zhì)分子晶胞內(nèi) 。 自由巰基常是 Hg試劑的結(jié)合位點(diǎn) ， His也常是重原子的配體 ， Met中 S常和 Pt試劑結(jié)合 ， 鑭系錒系的金屬離子與 Glu， Asp 重原子衍生物鑒定 同晶度好 強(qiáng)度變化明顯且衍射強(qiáng)度的平均變化不隨分辨率提高而增加 ， 結(jié)合位點(diǎn)少而每個(gè)結(jié)合位點(diǎn)占有率高 由于大分子和小分子的明顯差別 ， 不能用小分子的傳統(tǒng) Patterson法測定大分子中重原子的位置 。 一般步驟： 1用浸泡法制備重原子衍生物 2收集母體和重原子衍生物的衍射數(shù)據(jù) 3確定重原子位置 4修正重原子參數(shù) 5計(jì)算相角及電子密度圖 基本上靠運(yùn)氣和經(jīng)驗(yàn) 。 設(shè) 法 解 得 Fh ＝|Fh|exp(iα h)有了 |Fp|、 |Fph|、 |Fh|及 α h理論上可以得到二個(gè) Fp的解 ， 如果有兩個(gè)以上的重原子衍生物 ， 即有 |Fph1|、 |Fph2|就有可能得唯一的 Fp了 。 決定晶體所屬的空間群 。 Scalepack不僅可以比例合并從一個(gè)晶體來的衍射數(shù)據(jù) ， 也可有其它的應(yīng)用 。 因此 ， 要選擇一幅畫面作為參考 ， 計(jì)算每一幅畫面的比例因子 k和 B因子 ， 用 k因子 B因子校正後 ， 把 Denzo輸出的所有 “ .x”文件中的等效點(diǎn)進(jìn)行平均和合并；并用全部數(shù)據(jù)對晶胞參數(shù) ， 晶體取向 ， 鑲嵌度進(jìn)行更精確的修正 。得到一系列的 “ .x”文件 ， 供 Scalepack程序用 。 修正結(jié)果好的話 κ 2值應(yīng)接近 1或在 2以下 。 預(yù)測點(diǎn)的形狀和大小是否與實(shí)際點(diǎn)吻合 ， 可通過 Image Window窗口考察 ，并改變橢球長短軸的值使兩者更好的吻合 。 第三步調(diào)節(jié)鑲嵌度和點(diǎn)的形狀和大小 ， 以求得衍射點(diǎn)的積分強(qiáng)度 。 注意有些參數(shù)是高度相關(guān)的 ， 不要同時(shí)修正 ， 除非你有高質(zhì)量高分辨率的數(shù)據(jù) 。 第二步用 Fit命令修正有關(guān)的參數(shù) 。 并輸出 14種格子和晶胞參數(shù)