【正文】 62 63 64 65 66 67 。 BLAST結(jié)果中的得分是對(duì)一種對(duì)相似性的統(tǒng)計(jì)說(shuō)明。 61 ? BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)NCBI采用的一套對(duì)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)或 DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似性比較的分析工具 (當(dāng)然很多其它生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)都提供了BLAST檢索入口 )。你可以打開(kāi)網(wǎng)頁(yè) SRS數(shù)據(jù)庫(kù)查尋系統(tǒng)。 SRS可以直接從 LION公司的網(wǎng)頁(yè)上查到這些數(shù)據(jù)庫(kù)的名稱(chēng)，并知道它們分別安裝在何處。 由歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)，最初是為核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)EMBL和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù) SwissProt的查詢(xún)開(kāi)發(fā)的。 ? BioMagResBank數(shù)據(jù)庫(kù)： NMR實(shí)驗(yàn)的分子 ? MMDB分子模型數(shù)據(jù)庫(kù)： MMDB（ The Molecular Modeling Database）隸屬于 NCBI大旗下的分子模型數(shù)據(jù)庫(kù)，包含有超過(guò) 28 000個(gè)的蛋白質(zhì)和核酸三維結(jié)構(gòu)。 ? Pfam : The Pfam protein families database,是蛋白質(zhì)多重序列比對(duì)及隱馬爾可夫模型的一個(gè)大的集合，包含蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域或蛋白保守區(qū)的多重比對(duì)資訊，該資料庫(kù)提供了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、多重比對(duì)、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域構(gòu)建和物種分布等資訊。 目前， PDB提供了一系列的研究生物大分子結(jié)構(gòu)以及結(jié)構(gòu)與功能，序列，疾病關(guān)系的資源和工具。 1971年創(chuàng)建 ,1998年 10月 1日 RCSB（ The Research Collaboratory for Structural Bioinformatics）成為 PDB新的管家，至 2022年 3月 12日共收錄有 35460個(gè)結(jié)構(gòu)。另外， NRDB數(shù)據(jù)庫(kù)也被作為 NCBI提供的 BLAST服務(wù)的默認(rèn)數(shù)據(jù)庫(kù)。由于 NRDB是通過(guò)簡(jiǎn)單的比較方法生成的，因此就會(huì)帶來(lái)一些問(wèn)題：例如，一些相同蛋白質(zhì)的相關(guān)重復(fù)信息仍然保留在數(shù)據(jù)庫(kù)中，在 SWISSPROT數(shù)據(jù)庫(kù)中的一些錯(cuò)誤序列仍然被引入 NRDB數(shù)據(jù)庫(kù)，以及眾多序列與已存在的序列片段重復(fù)等。因此該數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)較完全的，包含最新信息的數(shù)據(jù)庫(kù)。 52 NRDB OWL MIPSX SP+TrEMBL PDB SWISSPROT PIR GenPept SWISSPROT PIR GenBank NRL3D PIR14 MIPSOwn MIPSTrn MIPSH PIRMOD NRL3D SWISSPROT EMTrans GBTrans Kabat PseqIP SWISSPROT TrEMBL 53 ? NRDB： NRDB(非冗余數(shù)據(jù)庫(kù) )是由 NCBI創(chuàng)建的。 MIPSX數(shù)據(jù)庫(kù)按照表 中所列的上述數(shù)據(jù)庫(kù)的順序賦予優(yōu)先級(jí)，并將這些數(shù)據(jù)庫(kù)中和數(shù)據(jù)庫(kù)間的重復(fù)序列刪除，只保留該序列的一個(gè)相關(guān)信息。 51 ? MIPSX:是一個(gè)由 Martinsried的 MaxPlanck研究所創(chuàng)建的合成數(shù)據(jù)庫(kù) (Mewes et al., 1998)。盡管如此，OWL數(shù)據(jù)庫(kù)仍然有許多與 NRDB相同的問(wèn)題，即在該數(shù)據(jù)庫(kù)中仍然有一些錯(cuò)誤的序列和對(duì) GenBank中不正確序列的重翻譯。在合成 OWL數(shù)據(jù)庫(kù)的過(guò)程中，考慮到每個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)所包含序列信息的情況，賦予它們不同的優(yōu)先級(jí)， SWISSPROT數(shù)據(jù)庫(kù)具有最高的優(yōu)先權(quán)。 50 ? OWL: 是一個(gè)非冗余的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，現(xiàn)存于Leeds大學(xué)，是由 Leeds大學(xué)和 Warrington的Daresbury實(shí)驗(yàn)室合作開(kāi)發(fā)的 (Bleasby et al., 1994)。 47 48 49 ? NRL－ 3D：該數(shù)據(jù)庫(kù)的序列是從三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù) PDB中提取出來(lái)。與 TrEMBL類(lèi)似， GenPept是由GenBank翻譯得到的蛋白質(zhì)序列。 SPTrEMBL中的條目最終將歸并到 SwissProt數(shù)據(jù)庫(kù)中。該數(shù)據(jù)庫(kù)采用 SwissProt數(shù)據(jù)庫(kù)格式，包含 EMBL數(shù)據(jù)庫(kù)中所有編碼序列的翻譯。 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù) TrEMBL是從 EMBL中的 cDNA序列翻譯得到的。瑞士生物信息研究所下屬的蛋白質(zhì)分析專(zhuān)家系統(tǒng) (Expert Protein Analysis System,，簡(jiǎn)稱(chēng) ExPASy)的 Web服務(wù)器除了開(kāi)發(fā)和維護(hù) SwissProt數(shù)據(jù)庫(kù)外，也是國(guó)際上蛋白質(zhì)組和蛋白質(zhì)分子模型研究的中心，為用戶(hù)提供大量蛋白質(zhì)信息資源。 而 PIR4中則包括了其它各種渠道獲得的序列，既未驗(yàn)證，也無(wú)注釋。 PIR數(shù)據(jù)庫(kù)按照數(shù)據(jù)的性質(zhì)和注釋層次分四個(gè)不同部分，分別為 PIR PIR PIR3和 PIR4。 41 42 43 44 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù) 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)種類(lèi)和特點(diǎn) 名稱(chēng) 維護(hù) 單位 注釋 冗余度 數(shù)據(jù)量 更新 PIR NCBI、 JIPID、 MIPS 部分完善 較大 較大 較慢Swiss –Prot EBI、 SIB 完善 小 不大 較慢 NRl3D NCBI 完善 小 小 較慢 TrEMBL EBI、 SIB 不完善 大 大 快 GenPep NCBI 不完善 大 大 快 NRDB EBI 一般 小 大 較快 OWL HGMP 一般 小 大 較慢 45 PIR： 1984年， “蛋白質(zhì)信息資源 ”(Protein Information Resource，簡(jiǎn)稱(chēng) PIR)計(jì)劃正式啟動(dòng)，蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)PIR也因此而誕生。根據(jù)協(xié)議，這三個(gè)數(shù)據(jù)中心各自搜集世界各國(guó)有關(guān)實(shí)驗(yàn)室和測(cè)序機(jī)構(gòu)所發(fā)布的序列數(shù)據(jù)，并通過(guò)計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)每天都將新發(fā)現(xiàn)或更新過(guò)的數(shù)據(jù)進(jìn)行交換，以保證這三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)序列信息的完整性。 34 35 二、 研究?jī)?nèi)容 ? 生物信息的收集、存儲(chǔ)和管理 ? 基因組序列信息的提取和分析 序列的注釋和比對(duì)：兩個(gè)序列的比對(duì)： BLAST和 FASTA；多序列比對(duì)： ClustW 序列的拼接 基因區(qū)域的預(yù)測(cè)：外元、啟動(dòng)子、拼接位點(diǎn) 基因的電子克??；拼接 EST序列 非編碼區(qū)分析和 DNA語(yǔ)言的研究 分子進(jìn)化和比較基因組學(xué) ? 功能基因組的相關(guān)信息分析 ? 生物大分子結(jié)構(gòu)模擬和藥物設(shè)計(jì) ? 生物信息分析的技術(shù)和方法 36 ? 一級(jí)序列數(shù)據(jù)庫(kù) ： 來(lái)自序列測(cè)定 核酸 ： Genbank、 EMBL、 DDBJ