perl語言在生物信息學(xué)中的應(yīng)用-wenkub.com
2025-07-23 08:36 本頁面
【正文】 $string =~ tr/\t //d；刪除 tab和空格； $string =~ tr/09/ /cs；把數(shù)字間的其它字符替換為一個(gè)空格。 ? $string =~ tr/abc/def/。 now $string = abc456def。 now $string = 0abcabc1 s/pattern/replace/，將字符串中與 pattern匹配的部分換成 replace。 替換操作符的選項(xiàng)： g,i,m,o,s,x,e e 替換字符串作為表達(dá)式。 例 2。 $amp。 /(?i)[az]+/=/[az]+/i (?)取消貪婪 a12b38b /a.*b/ 全部匹配，當(dāng) /a(.*?)b/時(shí)匹配 a12b。格式清晰 /\d{2} ([\W]) \d{2} \1 \d{2}/x等價(jià)于 /\d{2}([\W])\d{2}\1\d{2}/。 $line = STDIN。 /a.*bc/s匹配字符串 axxxxx \nxxxxbc，但 /a.*bc/則不匹配該字符串。a b c39。從此位置開始搜索匹配 匹配選項(xiàng) i 忽略模式中的大小寫 ： /de/i 匹配 de,dE,De和 DE。 print ($match\n)。 匹配選項(xiàng) g 匹配所有可能的模式 ，根據(jù)懶惰規(guī)則不加 g只匹配一處。 當(dāng)匹配失敗， $1的內(nèi)容不確定，可能是從前匹配的內(nèi)容。 now $decimalpart = 11 $totalpart = $amp。 $string = This string contains the number .。，包含不在括號(hào)中的。 只在本次匹配可用 。注意： /\bdef/可匹配 $defghi，因?yàn)閱卧~包括字母數(shù)字下劃線 ， $并不被看作是單詞的部分。 } else { print (I don39。 定界 ： ^ 或 \A 僅匹配字符串首 $ 或 \Z 僅匹配字符串尾 \b 匹配單詞邊界 \B 單詞內(nèi)部匹配 /^def/只匹配行以 def打頭的字符串， /def$/只匹配以 def結(jié)尾的字符串，結(jié)合起來的 /^def$/只匹配字符串 def ^$和 \A,\Z在多行匹配時(shí)用法不同。斜線的表示為 /\\/。} else {print ($number is not a legal integer.\n)。不是單個(gè)字符。 ^表示除其之外的所有字符，如： /d[^deE]f/匹配 d加非 d,e,E字符加 f的字符串 模式匹配之二：選擇 ?[] 匹配一組字符中的任一個(gè)。與前一字符結(jié)合，可不出現(xiàn)字符。如 /d[eE]+/，匹配 de,dee,dE,dEE,deE,dEe。 split(/abc/,$line)根據(jù)模式匹配分割字符串。 } else { print (That was not very polite!\n)。 !~不匹配為真，匹配為假。同 sysread 文件測(cè)試 –op expr if( e “file1”),print STDERR (“file1\n”)。這是函數(shù)的特點(diǎn)。 F文件句柄，后面為空格，省略 F為 STDOUT。}所有文件都讀完才輸出 eof。}} 讀取 file1到末尾時(shí)，下一循環(huán)打開下一文件。文件結(jié)束返回真。＜＞讀打開的文件中的所有行。所以可以省略。＠ ARGV一旦賦值，原值丟失。含回車。為行分隔符，遇到它則為一行結(jié)束，行包含 $/。 m為命令。把文件 F的輸出 (print F $a)作為｜后的輸入。 文件不存在則打開失敗 ? 只寫： open(F, “filename”)。 ? STDOUT：屏幕，顯示屏。 ? delete 關(guān)聯(lián)數(shù)組的順序 foreach $w(sort keys(%hash)) 按照字符串排序 或者 foreach $w(sort {$a=$b} keys(%hash)) 數(shù)值排序 文件 ? 存放于磁盤，用于讀寫訪問，訪問前必須先打開文件，結(jié)束時(shí)關(guān)閉文件 open(HANDLE, “filename”) || die $!。 ? %h1=(%h2, ‘k’, ‘v’) ? 函數(shù)的返回： %h=split()。 ? a=%h。 關(guān)聯(lián)數(shù)組：哈希 /散列 ? 關(guān)聯(lián)數(shù)組的表示： %h=(1,’a’,2,’b’)。 ? 該數(shù)組的元素為兩個(gè)數(shù)組 ? 子數(shù)組訪問： {$aoa[0]}?(1,2,3) ? 子數(shù)組元素列表： {$aoa[0]}[0,1,2] ? 子數(shù)組元素訪問： $aoa[0][0] a=(1,2,3)。 ? a=(‘a(chǎn)’,’b’,’c’)。 ? split(/分隔符 /, 分割串 , 長(zhǎng)度 ) 分隔符：缺省為空格，可省略 分割串：缺省為 $_，可省略 長(zhǎng)度：可省略，缺省為全部分割 $s=“a,b,c”。 在數(shù)組頭部添加元素，返回新數(shù)組長(zhǎng)度 ? push(a,$a)。 數(shù)組操作函數(shù) ? sort：缺省按字母排序 $a, $b表示數(shù)組元素， _代表數(shù)組本身 ? reverse a。 ? b=(1,2,3)。 數(shù)組的第一個(gè)元素 $a[0] ? 打印數(shù)組： print a。 ? ($a,$b,$c,$d)=a。 ? ($x, $y, $z)=a。 ? 超出數(shù)組大小的元素賦值： $a[5]=6。 ? b=(2,3)。 ? $!：內(nèi)部變量 ， 包含錯(cuò)誤代碼。print $a。 ? print $a until ($a==0) ? 用 ||， amp。 相關(guān)函數(shù) ? length()：字符串長(zhǎng)度 ? uc, lc, ucfirst, lcfirst：改變大小寫函數(shù) ? substr, index, pos：字符串函數(shù) ? sin等三角函數(shù) ? rand(), srand()：隨機(jī)發(fā)生函數(shù) $lastchar = chop($str) 截去最后一個(gè)字符 $result = chomp($str) 截去末尾的行分隔符（通常為 ”\n”），行分隔符由 $/定義 控制結(jié)構(gòu) ? if(condition1){} elsif(condition2){}else{} ? unless(){} ? until(){} ? do{} until() ? while(){} ? do {} whi
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