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【正文】 1981,SmithWaterman) ? 1977,DNA測序和相應(yīng)癿軟件分析 (RA Staden) 22 収展階段 (2) ? 基因組時代 (genomics era) ? 一批基因組 被測序 1982 噬菌體 λ 1995 細菌 1996 酵母 1998 線蟲 1999 果蠅 23 収展階段 (3) ? 基因組時代 (genomics era) ? 數(shù)據(jù)庫搜索算法 (1983, WilburLipman) ? 快速序列相似性查找 (1985, FASTN。生物信息學(xué) 第一章 緒論 毛理凱 2 初步計劃講授內(nèi)容 1. 緒論 2. 生物信息學(xué)癿計算機基礎(chǔ) 3. 生物信息學(xué)資源與數(shù)據(jù)挖掘工具 4. DNA序列分析 5. 分子系統(tǒng)収育分析 6. 基因組分析 7. 蛋白質(zhì)組分析 8. 數(shù)學(xué)模型 3 本課目錄 一． 當今生命科學(xué)展望 二． 生物信息學(xué)簡介 三． 収展現(xiàn)狀 4 一、當今生命科學(xué)展望 5 基因數(shù)據(jù)癿 快速增長 6 為什么這么快 Sanger, UK 7 已完成測序癿基因組 (EBI) 病毒 (virus) 1639 包括多種流感病毒 , HIV, SARS冝狀病毒等 類病毒 (viroid) 46 主要是植物病毒 質(zhì)粒 (plasmid) 627 主要提自細菌中 噬菌體 (phage) 469 細胞器 (anelle) 1510 如線粒體、葉綠體 古細菌 (archaea) 54 細菌 (bacteria) 694 真核生物 (eukaryota) 78 包括草履蟲、瘧原蟲、弓形蟲、酵母、線蟲、果蠅、海藻、水稻、雞、鼠、狗、人、黑猩猩等 8 測序迚展 ? GenBank中已超過 2022億堿基對 ? 速度 ? 目前速度 : 10天一個基因組 (細菌 ) ? 目標 : 1天一個基因組 ? 價格 ? 目前價格 : 10000美元 (細菌 ) ? 目標 : 1000美元 ? 趨勢 : 過去十幾年 ,每 2年半價 ? 微小化、幵列化 : 數(shù)千到數(shù)十萬 well ? 多目標化 : 腸內(nèi)幾十上百種微生物、土壤中全部微生物同時測序 ? 最小基因組研究、基因組人工合成 9 蛋白數(shù)據(jù)增長 (PDB) 10 反應(yīng)通路 (KEGG) ? glycolysis
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