醫(yī)學(xué)專業(yè)生物信息學(xué)第9章-wenkub.com
2024-12-28 03:37 本頁(yè)面
【正文】 ? 試述蛋白質(zhì)組學(xué)理論與技術(shù)對(duì)臨床醫(yī)學(xué)的意義。 ? 名詞解釋： MALDI TOF MS， 肽質(zhì)量指紋譜， 蛋白質(zhì)翻譯后修飾 ? 鑒定蛋白質(zhì)翻譯后修飾的重要方法是 （ A）雙向電泳 （ B）質(zhì)譜 （ C） 蛋白質(zhì)芯片技術(shù) ? 蛋白質(zhì)組學(xué)的主要研究領(lǐng)域和目標(biāo)是什么？ ? 簡(jiǎn)述雙向電泳的基本原理及操作步驟。 ? 依肽段質(zhì)譜信息進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)查詢和蛋白質(zhì)鑒定的常用軟件有： PepSea、 Sequest、 PeptIdent/ MultiIdent等。 六、蛋白質(zhì)組學(xué)分析軟件與數(shù)據(jù)庫(kù) （一）常用的蛋白質(zhì)組分析工具 1. 蛋白質(zhì)表達(dá)分布圖數(shù)據(jù)庫(kù) 2. 蛋白質(zhì)組圖譜自動(dòng)識(shí)別軟件包 3. 其他常用方法（如多序列對(duì)位排列和結(jié)構(gòu)排列等） 六、蛋白質(zhì)組學(xué)分析軟件與數(shù)據(jù)庫(kù) （二）蛋白質(zhì)組學(xué)分析相關(guān)軟件 大規(guī)模蛋白質(zhì)組分析過程主要包括：樣品制備、圖像分析、蛋白質(zhì)成分的分析與鑒定，其分析的關(guān)鍵技術(shù)蛋白質(zhì)鑒定包括有圖像分析、微量測(cè)序、肽段氨基酸組分分析和質(zhì)譜分析等。 五、 Rosentta Stone方法 （二） Rosetta Stone方法的基本分析步驟 1. 建立一個(gè)輸入文件，里面包括待查蛋白質(zhì)序列； 2. 建立一個(gè)可供 BLAST搜索的數(shù)據(jù)庫(kù)，并對(duì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行格式化； 3. 運(yùn)行本地 BLAST進(jìn)行分析，并對(duì) BLAST出來的結(jié)果進(jìn)行分析； 4. 識(shí)別 Rosetta Stone序列及預(yù)測(cè)蛋白間的功能關(guān)聯(lián)。 五、 Rosentta Stone方法 羅塞塔石碑 (Rosetta Stone)是1799年在埃及羅塞塔發(fā)掘出的刻有古埃及文字及希臘文的石碑 。 ? 酵母雙雜交系統(tǒng)是鑒定及分析蛋白質(zhì) 蛋白質(zhì)間相互作用的最常用及最有效的工具之一，此技術(shù)現(xiàn)已逐漸推廣到了如信號(hào)傳導(dǎo)、細(xì)胞周期調(diào)控及基因表達(dá)調(diào)控等多個(gè)研究領(lǐng)域。 3. 芯片表面的化學(xué)成分：化學(xué)表面芯片和生物表面芯片。 （二）蛋白質(zhì)芯片的基本原理與特點(diǎn) 蛋白質(zhì)芯片包括固定有保持天然活性的蛋白質(zhì)、能與蛋白質(zhì)特異性結(jié)合的 DNA和 RNA、糖類、合成多肽及其他能夠從復(fù)雜蛋白質(zhì)混合物中特異性地捕獲目的蛋白的小分子物質(zhì)的微陣列。 ? 電噴霧電離質(zhì)譜測(cè)定蛋白質(zhì)和多其他子質(zhì)量 ? 液相色譜 電噴霧質(zhì)譜法鑒定 2DE蛋白質(zhì) 二、蛋白質(zhì)組質(zhì)譜分析技術(shù) 二、蛋白質(zhì)組質(zhì)譜分析技術(shù) （五）串聯(lián)質(zhì)譜（ MS/MS） 串聯(lián)質(zhì)譜法可選擇性分析混合物中的某個(gè)組分而不必將各組分分開。 ? 自 20世紀(jì)初產(chǎn)生起，質(zhì)譜已成為連接蛋白質(zhì)與基因的重要技術(shù)，是蛋白質(zhì)組研究中發(fā)展最快，也最具活力和潛力的技術(shù) 。 三、蛋白質(zhì)分析軟件與數(shù)據(jù)庫(kù) 第三節(jié) 蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)的獲取與分析 一、二維凝膠電泳分析技術(shù) 二、蛋白質(zhì)組質(zhì)譜分析技術(shù) 三、蛋白質(zhì)芯片分析技術(shù) 四、酵母雙雜交系統(tǒng) 五、 Rosentta Stone方法 六、蛋白質(zhì)組學(xué)分析軟件與數(shù)據(jù)庫(kù) 一、二維凝膠電泳分析技術(shù) 二維凝膠電泳 (twodimensional electrophoresis， 2DE) 是目前所有電泳技術(shù)中分辨率最高、信息最多的技術(shù) （一）二維凝膠電泳技術(shù)的定義及特點(diǎn) ? 第一向是等電聚焦 (isoelectric focusing， IEF)，蛋白質(zhì)沿 pH梯度分離至各自的等電點(diǎn)。 三、蛋白質(zhì)分析軟件與數(shù)據(jù)庫(kù) （六）常用蛋白質(zhì)一次序列數(shù)據(jù)庫(kù)有 PIR、SwissProt、 NRL3D、 TrEMBL、 GenPept等 （七）蛋白質(zhì)二次序列數(shù)據(jù)庫(kù)是由一級(jí)序列數(shù)據(jù)庫(kù)整合而來的復(fù)合數(shù)據(jù)庫(kù) ? 將一次數(shù)據(jù)庫(kù)整合起來構(gòu)建成復(fù)合數(shù)據(jù)庫(kù)或二次數(shù)據(jù)庫(kù)，更有利于生物學(xué)家的使用。 ? 確定序列特性，如疏水性、跨膜螺旋和前導(dǎo)序列等。 三、蛋白質(zhì)分析軟件與數(shù)據(jù)庫(kù) （三）蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)是最復(fù)雜和最困難的預(yù)測(cè)技術(shù) ? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)最終是要從蛋白質(zhì)的氨基酸序列預(yù)測(cè)出其三維空間結(jié)構(gòu)。 ? 相關(guān)工具有： Compute pI/Mw， PeptideMass，TGREASE， SAPS等。 二、蛋白質(zhì)的定位、修飾 蛋白質(zhì)的相互作用 ? 蛋白質(zhì)的分析通常是指對(duì)未知或已知蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)及功能的預(yù)測(cè)與解析。 ? 細(xì)胞各種重要的生理過程，包括信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞對(duì)外界環(huán)境及內(nèi)環(huán)境變化的反應(yīng)等，都是以蛋白之間相互作用為紐帶，并形成網(wǎng)絡(luò)。 ? 常用的數(shù)據(jù)庫(kù)搜索法有 SEQUEST、 Mascot、X!Tandem、 MSAlign等。 ? 常見的蛋白質(zhì)翻譯后修飾類型：磷酸化、糖基化、甲基化、泛素化、脂基化等。 二、蛋白質(zhì)的定位、修飾 2. 蛋白質(zhì)在細(xì)胞內(nèi)合成后的轉(zhuǎn)運(yùn)與定位有兩種機(jī)制 翻譯后轉(zhuǎn)運(yùn)（ posttranslational translocation） 共翻譯轉(zhuǎn)運(yùn)（ cot
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