【導讀】動動脈粥樣硬化是由多因素所致的血管炎癥性疾病，細胞是動脈粥樣硬化早期的重要事件。實驗報道，動脈粥樣硬化病變部位的趨化。和激活有關的蛋白質(zhì)。到目前為止已發(fā)現(xiàn)50多種，按照NH2-半胱氨酸基序的不。同，可將趨化因子分為4個亞家族，即C、CC、CXC和CX3C。趨化因子受體是GPCR. 7個疏水的跨膜結構的受體。它廣泛表達于各類淋巴細胞、內(nèi)皮細胞、神經(jīng)元等。物，應用于動脈粥樣硬化的治療將有著誘人的前景?；|(zhì)細胞衍生因子-1α（stromalcell-derivedfactor-1alpha,SDF-1. 析有重要的意義。海量生物原始數(shù)據(jù)進行基因組序列注釋，以作為科研的實驗依據(jù)。簇，從而可以用同一簇中的已知基因注釋未知基因。從核酸和蛋白質(zhì)兩個方面對SDF-1α進行詳盡的。核酸分析方面主要分析其核酸序列的基本性質(zhì)，如限制性酶切。位點，基因組在染色體上的定位。性質(zhì)，包括氨基酸組成、分子量、等電點、親疏水性、蛋白酶切位點、信號肽，系，重點研究其趨化功能相應的分子結構。

　　

【正文】 I ILE38:B 9 7/7 I 32 V VAL39:B 9 7/7 V 33 A ALA40:B 9 7/7 A 34 R ARG41:B 9 7/7 R 35 L LEU42:B 9 7/7 L 36 K LYS43:B 9 7/7 K 37 N ASN44:B 1 7/7 H,N,S 38 N ASN45:B 9 7/7 N 39 N ASN46:B 1 7/7 G,N 利用生物信息學方法對基質(zhì)細胞衍生因子 1（ SDF1）進行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 29 頁 共 45 頁 40 R ARG47:B 1 7/7 K,R 41 Q GLN48:B 9 7/7 Q 42 V VAL49:B 1 7/7 I,V 43 C CYS50:B 9 7/7 C 44 I ILE51:B 1 7/7 I,L 45 D ASP52:B 9 7/7 D 46 P PRO53:B 9 7/7 P 47 K LYS54:B 9 7/7 K 48 L LEU55:B 1 7/7 L,T 49 K LYS56:B 9 7/7 K 50 W TRP57:B 9 7/7 W 51 I ILE58:B 9 7/7 I 52 Q GLN59:B 9 7/7 Q 53 E GLU60:B 9 7/7 E 54 Y TYR61:B 9 7/7 Y 55 L LEU62:B 9 7/7 L 56 E GLU63:B 1 7/7 D,E 57 K LYS64:B 9 7/7 K ⑹ SDF1A 鏈與 B鏈之間的相互作用 SDF1的 A 鏈和 B鏈之間在非活性條件下可以形成二聚體，兩條鏈之間之間的相互作用圖見下圖 313。 Key: Salt bridges Disulphide bonds Hydrogen bonds Nonbonded contacts Interface statistics 利用生物信息學方法對基質(zhì)細胞衍生因子 1（ SDF1）進行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 30 頁 共 45 頁 Chain No. of interface residues Interface area (197。2) No. of salt bridges No. of disulphide bonds No. of hydrogen bonds No. of nonbonded contacts 16 785 11 111 16 760 圖 313 SDF1A 鏈與 B 鏈之間的相互作用。 可見 2條鏈分別各有 16 個殘基參與鏈間相互作用， A 鏈上的作用面積為785A2， B 鏈上的作用面積為 760A2，在兩條鏈之間有 11 對氫鍵， 111 對其它非共價鍵，沒有鹽鍵和二硫鍵。 ⑺ SDF1α A鏈的配基 SO42 利用生物信息學方法對基質(zhì)細胞衍生因子 1（ SDF1）進行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 31 頁 共 45 頁 圖 314 SDF1α A鏈的配基作用空間位置及位點 圖 314 所示 SDF1α A 鏈 分子中心裂口里面部分有陰離子結合位點清晰可見。其主要又是通過 Ala 和 Arg 上的帶正電荷 N＋ 與 SO42－ 的兩個帶負電荷的氧原子通過靜電引力形成的。以下示其 167 各 氨基酸所帶電荷分布數(shù)據(jù)。 利用生物信息學方法對基質(zhì)細胞衍生因子 1（ SDF1）進行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 32 頁 共 45 頁 CHARGE of unknown from 1 to 67: window 5 Position Charge Position Charge 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 利用生物信息學方法對基質(zhì)細胞衍生因子 1（ SDF1）進行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 33 頁 共 45 頁 55 56 57 58 59 60 61 62 63 ⑻ 分子同源性分析 從 Pubmed 中蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中分別獲得人的 MIP MIP MIP MIP4（ MIP指巨噬細胞炎性趨化蛋白）、 MDC（巨噬細胞炎性趨化因子）、 PARC（肺和活化調(diào)節(jié)趨化因子）、 RANTES（調(diào)節(jié)和活化 T細胞表達與分泌）、 SDF1all（基質(zhì)細胞衍生因子全長）、 SDF1α（基質(zhì)細胞衍生因子α A 鏈）、 TARC（胸腺調(diào)節(jié)活化趨化因子）、 MCP MCP4（ MCP 指單核細胞趨化蛋白）、 ITAC（干擾素誘導 T 趨化因子）、 IL8（白介素 8）、 IP EBI MIF、 fractalkine、 SRPSOX、IAMIP 共 19 個趨化因子的蛋白質(zhì)序列， 進入 Bioedit 的 sequence 分析目錄下作多序列比對，比對結果如圖 315。可見 與臨近的 IL fractalkine、 MDC、 TARC具有較高的同源性， SDF1也因此被稱為 IL8 樣因子，有趣的是 SDF1 的功能也存在與 IL8 很多相似之處。 Fractalkine 是細胞黏附不依賴于整合素（ integrin）的新途徑， SDF1α A 鏈與 fractalkine 的較高的同源性提示其不但具有趨化活性，可能具有黏附分子的活性，這一點也可能是本項研究的 1個新的發(fā)現(xiàn)，但尚需相關的實驗支持和驗證。對這 19 種趨化因子的親疏水分析結果表明，這些趨化因子的親疏水性基本一致（圖 316），這進一步從分子水平證實了結構與功能的相互聯(lián)系性，即結構與功能相適應。 利用生物信息學方法對基質(zhì)細胞衍生因子 1（ SDF1）進行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 34 頁 共 45 頁 M C P 1M C P 4M I P 4M I P 1 2M I P 1R A N T E SM I P 3E B I 1T A R CM D Cf r a c t a l k i nS D F 1 a l p h aS D F 1 a l lI L 8I P 1 0I T A CS R P S O XI A M 1 PM I F100% 6 5 % 6 4 % 5 1 % 4 4 % 4 1 % 3 6 % 3 0 % 2 9 % 2 9 % 2 8 % 2 4 % 2 3 % 1 9 % 1 9 % 1 6 % 1 5 % 1 4 %100% 0%80% 60% 40% 20% 圖 3151 人種趨 化因子的多重序列比對同源性比較 利用生物信息學方法對基質(zhì)細胞衍生因子 1（ SDF1）進行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 35 頁 共 45 頁 21MCP1 21MCP4 19MIP4 20MIP12 21MIP1 28MIP3 20RANTES 1SDF1alpha 22SDF1all 25MDC 25TARC 21EBI1 27IL8 21IP10 27ITAC 36MIFConsensus.......................................................................................MKLCVTVLSLLMLVAAFCSPA...................MKVSVAALSCLMLVTALGSQARVTKDAE............MKVSAAALAVILIATALCAP.........................................K..................MNAKVVVVLVLVLTALCLSDGK..................MARLQTALLVVLVLLAVALQATEAG..............MAPLKMLALVTLLLGASLQHIHAAR....................MALLLALSLLVLWTSPAPTLS.............MTSKLAVALLAAFLISAALCEGAVLPR................MNQTAILICCLIFLTLSGIQG................MSVKGMAIALAVILCATVVQGFPMFKR...MPMFIVNTNVPRASVPDGFLSELTLAQATGKPPQ....AAAAAAAAAGAAAAAAAALLLLLLLVLLLLLLLLLLLLLILVLLFILLLVLMMLVLLLLLAAAAAAAAAA 48MCP1 48MCP4 44MIP4 47MIP12 48MIP1 68MIP3 47RANTES 23SDF1alpha 44SDF1all 49MDC 47TARC 43EBI1 49IL8 45IP10 45ITAC 73MIFConsensus.............LAQPDAINAPVTCCYNFTNRKISVQRL.............LAQPDALNVPSTCCFTFSSKKISLQRL...........................FSASLAADTPTACCFSYTSRQIPQNFI.............LSAPMGSDPPTACCFSYTARKLPRNFVTEFMMSKLPLENPVLLDRFHATSADCCISYTPRSIPCSLL.............ASASPYSSDTTPCCFAYIARPLPRAHI..................PVSLSYRCPCRFFESHVARANV..................PVSLSYRCPCRFFESHVARANV................PYGANMEDSVCCRDYVRYRLPLRV..................GTNVGRECCLEYFKGAIPLRKL..................GTNDAEDCCLSVTQKPIPGYIV.........