常用分子生物學(xué)軟件入門(mén)介紹-資料下載頁(yè)
2025-08-22 20:45本頁(yè)面
【正文】 DB文件?？梢詫讉€(gè)蛋白疊加起來(lái)用來(lái)分析結(jié)構(gòu)類(lèi)似性，比較活性位點(diǎn)或其它有關(guān)位點(diǎn)。通過(guò)菜單操作與直觀(guān)的圖形，可以很容易獲得氫鍵、角度、原子距離、氨基酸突變等數(shù)據(jù)。該軟件與SwissModel服務(wù)器（蛋白立體結(jié)構(gòu)構(gòu)建服務(wù)器）緊密關(guān)聯(lián)，可以從軟件直接連到SwissModel服務(wù)器進(jìn)行理論蛋白立體結(jié)構(gòu)構(gòu)建。而且，該軟件可以調(diào)用POVRay軟件（見(jiàn)上）生成質(zhì)量非常高的蛋白圖像。 Molmol主要用來(lái)進(jìn)行各種分子文件的轉(zhuǎn)換，支持30種主要分子格式，也可以用來(lái)進(jìn)行3維分子的簡(jiǎn)單顯示。可將PDB格式輸出為POV格式后，用POVRAY進(jìn)行渲染，生成非常漂亮的三維圖形。演示版只支持樣板文件與原子數(shù)小于20的分子文件格式的轉(zhuǎn)換。不知是否有取巧的辦法。 十、生物顯微圖像分析 ScionImage 是一個(gè)優(yōu)秀的免費(fèi)圖像處理與分析工具。是非常流行的蘋(píng)果機(jī)上的NIH（NationalInstitutesofHealth)Image的WINDOWS版，用來(lái)顯示編輯分析各種圖像。讀取格式為T(mén)IFF與BMP格式,是一個(gè)專(zhuān)業(yè)圖像分析軟件，適用與于科學(xué)處理，這點(diǎn)從研發(fā)單位便可看出。生物學(xué)工作者處理圖像必備。 SigmaScanPro 是一個(gè)有力的圖像分析軟件30天全功能演示版，進(jìn)行數(shù)字圖像的分析處理，可以很容易地將圖像進(jìn)行分析，得出科學(xué)結(jié)論。 ImageProPlusVersion MediaCybernetics公司的專(zhuān)業(yè)產(chǎn)品，不僅可以進(jìn)行顯微分析，還可也進(jìn)行其他科學(xué)分析。 十一、數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)類(lèi)軟件 SAS世界排名第一，專(zhuān)業(yè)性極強(qiáng)，能做各種統(tǒng)計(jì)，是FDA唯一批準(zhǔn)有效的統(tǒng)計(jì)軟件。但人機(jī)對(duì)話(huà)不方便，主要是類(lèi)似DOS下的命令操作，稍有改進(jìn)，鼠標(biāo)操作性較好，若今后能進(jìn)一步改進(jìn)操作的話(huà)，其應(yīng)用將大大廣泛。是專(zhuān)業(yè)統(tǒng)計(jì)人員的首選軟件。 SPSS，世界排名第二，其特點(diǎn)：功能強(qiáng)大，易于操作，簡(jiǎn)單明了，人機(jī)對(duì)話(huà)方便，數(shù)據(jù)庫(kù)接口豐富，最新SPSS可以讀出SAS數(shù)據(jù)，是業(yè)余人員的首選。最新版本糾正以往的不穩(wěn)定、運(yùn)行速度慢的缺點(diǎn)。，主要原因是SPSS公司將原有的內(nèi)核全部更換了。但SPSS分為不同版本，如basic版、standard版和advance版。許多復(fù)雜的統(tǒng)計(jì)功能只在advance版中才出現(xiàn)，如復(fù)雜多元相關(guān)、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計(jì)，而前兩版中許多復(fù)雜統(tǒng)計(jì)并沒(méi)有（可能為了便于安裝使用吧，standard約110M150M,而高級(jí)版本則幾百M(fèi)。象SAS完成安裝則達(dá)6張CD！因而絕大多數(shù)人不可能使用它全部功能。因而常規(guī)建議是SPSS+，一個(gè)作圖，而且二者數(shù)據(jù)可以通用，效果很好！在我的主頁(yè)的站點(diǎn)導(dǎo)航 statisitic：，運(yùn)行速度最快，模塊化操作，不同統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)有不同界面風(fēng)格，使用方便，目前國(guó)內(nèi)有很多用戶(hù)。但其知名度在前二者之下，對(duì)一般用戶(hù)可以考慮選用。 Origin是一個(gè)非常有名并且易于使用的科學(xué)用途數(shù)據(jù)繪圖與數(shù)據(jù)分析處理工具軟件，各種期刊上的統(tǒng)計(jì)圖，幾乎都是出自他的手筆。 以上的軟件過(guò)于強(qiáng)大，下面是一些小巧易用的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)作圖，更適合生物學(xué)的數(shù)據(jù)分析： GraphPadPrism著名的數(shù)據(jù)處理軟件,用來(lái)進(jìn)行生物學(xué)統(tǒng)計(jì)、曲線(xiàn)擬合以及作圖。短小而功能齊全。 SigmaPlot2002著名的繪圖和數(shù)據(jù)分析軟件包可以根據(jù)各種數(shù)據(jù)，繪制精確的兩維或三維曲線(xiàn)，可以自由定制各數(shù)據(jù)軸的特性，并能進(jìn)行數(shù)據(jù)的各種統(tǒng)計(jì)分析。進(jìn)行一般的生物類(lèi)數(shù)據(jù)處理作圖，功能足以。 Simstat一個(gè)易于使用的智能統(tǒng)計(jì)軟件尤其適合對(duì)統(tǒng)計(jì)知識(shí)了解不多的人使用，它具有一個(gè)“專(zhuān)家系統(tǒng)”，引導(dǎo)你對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析?？膳cSigmaPlot結(jié)合生成高質(zhì)量數(shù)據(jù)圖。 CurveExpertELISA標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)擬合、及其它各種有關(guān)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析，都可以應(yīng)用CurveExpert進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。它使用非常方便，可以說(shuō)是實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)處理的圣手，并且可以生成漂亮的曲線(xiàn)應(yīng)用到論文之中。十二、文獻(xiàn)管理 referenceManager ,同時(shí)保存查找的資料為本地文件。資料內(nèi)容和記錄分上下兩個(gè)屏幕，如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時(shí)敲鍵盤(pán)就可以到相應(yīng)的全文文章和摘要?？梢灾苯釉赪ORD中查找資料，并插入引用。在文章中對(duì)引用的文獻(xiàn)可以格式化，引用的參考資料格式有很強(qiáng)的用戶(hù)自定義功能，可以符合各種雜志對(duì)引用格式的要求，引用時(shí)不用多窗口切換. 專(zhuān)業(yè)參考文獻(xiàn)查詢(xún)軟件，可在線(xiàn)查找Ineternet上的各種文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)，將查找到的資料保存入本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)，并自動(dòng)生成格式化的參考文獻(xiàn)清單插入各種文字處理軟件。 十三、進(jìn)化樹(shù)分析 Phylip 最為通用的進(jìn)化樹(shù)分析軟件。主要包括五個(gè)方面的功能軟件：i，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)的分析軟件。ii，序列數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)變成距離數(shù)據(jù)后，對(duì)距離數(shù)據(jù)分析的軟件。iii，對(duì)基因頻率和連續(xù)的元素分析的軟件。iv，把序列的每個(gè)堿基/氨基酸獨(dú)立看待（堿基/氨基酸只有0和1的狀態(tài)）時(shí)，對(duì)序列進(jìn)行分析的軟件。v，按照DOLLO簡(jiǎn)約性算法對(duì)序列進(jìn)行分析的軟件。vi，繪制和修改進(jìn)化樹(shù)的軟件。 PUZZLE 核酸序列、蛋白序列相似性分析及進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建工具。根據(jù)序列數(shù)據(jù)的最大相似性構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)，一個(gè)軟件，并且對(duì)樹(shù)進(jìn)行bootstrap評(píng)估?？蓪?duì)大量數(shù)據(jù)進(jìn)行快速分析構(gòu)建，程序還包含數(shù)個(gè)統(tǒng)計(jì)測(cè)試。 Paup 一種功能強(qiáng)大的商業(yè)版系統(tǒng)進(jìn)化分析軟件，據(jù)稱(chēng)價(jià)值數(shù)千美金。
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