【正文】 label_outline_color, [colorname, [selection]] 字體，pymol內(nèi)置了12種字體，編號從5－16。15號和16號字體是unicode的： Pymol set label_font_id, 5 字體大小，如果為正值，則單位就是正常的px。你也可以用負值，則單位是197。： Pymol set label_size, Pymol set label_size, 4 設(shè)置label位置，用下列命令可以設(shè)置label離默認位置的三維偏移值，在需要給spheres加標簽的時候有用： Pymol set label_position, (x,y,z)最后說說怎樣用單個字母標注氨基酸。首先在$HOME/.pymolrc中加入： start $HOME/.pymolrc modificationsingle ={39。VAL39。:39。V39。, 39。ILE39。:39。I39。, 39。LEU39。:39。L39。, 39。GLU39。:39。E39。, 39。GLN39。:39。Q39。, \39。ASP39。:39。D39。, 39。ASN39。:39。N39。, 39。HIS39。:39。H39。, 39。TRP39。:39。W39。, 39。PHE39。:39。F39。, 39。TYR39。:39。Y39。, \39。ARG39。:39。R39。, 39。LYS39。:39。K39。, 39。SER39。:39。S39。, 39。THR39。:39。T39。, 39。MET39。:39。M39。, 39。ALA39。:39。A39。, \39。GLY39。:39。G39。, 39。PRO39。:39。P39。, 39。CYS39。:39。C39。} end modification 用法，用single[resn]代替resn： Pymol label n. CG and i. 230+246, single[resn] 下面是改進過的圖片： 是不是看起來好多了，下面是具體的代碼，其中關(guān)于電子密度圖的設(shè)置請見下一節(jié)： Pymol select near, resi 139+229+230+233+246+499+519+520Pymol as cartoon, proPymol 鼠標操作：顯示near的sidechainPymol set_color grey1, [224,224,224]Pymol set cartoon_color, grey1Pymol set cartoon_transparency, Pymol set cartoon_fancy_helices, 1Pymol label n. CB and near, (%s%s) % (single[resn], resi)Pymol 進入Editing模式，按住ctrl+鼠標右鍵移動label到合適位置Pymol set cartoon_transparency, Pymol set label_font_id, 13Pymol set label_size, 26Pymol bg_color whitePymol 進入measurement模式測量我們所需要的距離Pymol set dash_length, Pymol set dash_radius, Pymol set dash_gap, Pymol set dash_color, greyPymol學(xué)習(xí)筆記（八）：在pymol中導(dǎo)入電子密度圖假設(shè)我們已經(jīng)有了一個蛋白質(zhì)的pdb文件()和mtz()文件，這樣我們就可以用fft(Fast Fourier Transform)命令生成electron density map，以便在pymol中導(dǎo)入。 fft的命令格式如下： fft HKLIN XYZIN MAPOUT 回車后進入fft環(huán)境，還需要指定一些參數(shù)： LABIN F1=FWT PHI=PHWTGRID SAMPLE 5END 上訴第2句“GRID...”用來指定生成電子密度圖的精細程度。默認值是3，表示生成的“網(wǎng)格”大小是最大分辨率的三分之一，以此類推?；剀囍箅娮用芏葓D就搞定了， 然后就可以在pymol中導(dǎo)入了。，然后電子密度圖： 首先說明一下，該pdb文件中A鏈是蛋白質(zhì)，B鏈是UDPGlucose。 Pymol load , proPymol load 你會發(fā)現(xiàn)，還看不見density。打開Wizard Density，怎么樣，看見了吧。按住ctrl鍵和鼠標右鍵可以移動density，或者點擊Density Map Wizard中的Next Res.和Previous Res.。 不過顯示全部的density map并不是我們的目的，因為這樣顯的很亂，也看不到什么細節(jié)。下面的例子是僅僅顯示UDPGlucose的電子密度圖。 Pymol remove resn HOHPymol select upg, chain bPymol as cartoon, proPymol as stick, upgPymol orient, upgPymol isomesh upgd, 2fofc, , upg, carve=Pymol set stick_radius, Pymol set mesh_radius, 讓電子密度圖的網(wǎng)格細一點，好看 效果圖如下： 上訴命令中，其余設(shè)置請見上一節(jié)label，和顯示電子密度相關(guān)的就是isomesh了，它的用法如下： Pymol isomesh name, map, level [,(selection) [,buffer [,state [,carve ]]]] 167。 name: 給這個mesh isosurface隨便起個名字。167。 map: 就是剛才load的那個2fofc。167。 level: 輪廓值，越大輪廓越細。167。 selection: 要表達的對象167。 buffer: 沒用過167。 state: 沒用過167。 carve: 以selection中的任何原子為中心，半徑為該值，所包含的全部原子，畫出他們的densityOK!搞定。 什么是結(jié)構(gòu)生物學(xué)結(jié)構(gòu)生物學(xué)（Structural biology）是生物領(lǐng)域里面相對較新的一個分支。它主要以生物化學(xué)和生物物理學(xué)方法來研究生物大分子，特別是蛋白質(zhì)和核酸，的三維結(jié)構(gòu)，以及與結(jié)構(gòu)相對應(yīng)的功能。因為幾乎所有的細胞內(nèi)的生命活動都是通過生物大分子來完成的，并且這些大分子完成這些功能的前提是它們必須具有特定的三維結(jié)構(gòu)，因此，對于生物化學(xué)家們，這是一個非常具有吸引力的領(lǐng)域。 該領(lǐng)域通常被認為開始于20世紀50年代，Max Perutzhe和Sir John Cowdery Kendrew于1959年各自利用X射線晶體學(xué)方法解析了肌紅蛋白（Myoglobin）的三維結(jié)構(gòu)，一種在肌肉中運輸氧氣的蛋白。他們因此分享了1962年的諾貝爾化學(xué)獎，并由此揭開了結(jié)構(gòu)生物學(xué)的序幕。截止到2008年10月28日，（蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫）登記在案。 目前用于研究生物大分子結(jié)構(gòu)的常用方法有X射線晶體學(xué)（Xray crystallography）、核磁共振（NMR）、電子顯微學(xué)（electron microscopy）、冷凍電子顯微學(xué)（electron cryomicroscopy = cryoEM）、超快激光光譜（ultra fast laser spectroscopy）、雙偏振極化干涉（Dual Polarisation Interferometry）以及圓二色譜（circular dichroism）等。當中又以X射線晶體學(xué)和核磁共振最為常用。 圖一：肌紅蛋白（Myoglobin）的三維結(jié)構(gòu)，世界上第一個由X射線晶體學(xué)解出的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，該蛋白在肌肉中傳輸氧氣。圖二：藍細菌（Cyanobacterium）的光系統(tǒng)II（Photosystem II）的三維結(jié)構(gòu)，該蛋白位于細胞膜內(nèi)，用以吸收光能參與光合作用。