【正文】 平面： Shift＋鼠標(biāo)右鍵。 最后一項“移動剪切平面”有點(diǎn)不容易理解，需要多試幾次。今天沒時間了，明天還要出遠(yuǎn)門，就學(xué)到這里吧，用下面這個圖作為結(jié)束，其實就是用cartoon的形式顯示了上面的那個蛋白質(zhì)，不過還比較難看。就像Linux一樣，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 當(dāng)你開始用Pymol來完成一個項目時，你也許想會讓Pymol自動保存你所有輸入過的命令，以方便日后你再次讀取并修改。但是你也可以自己定義該項目的名字（如test）： Pymol load , test 下面說說如何來操作你新建的對象。使用這2個命令可以讓Pymol以不同的方式顯示蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。好了，如果我們想把一個蛋白質(zhì)分子去掉，那么只要把“鏈”A－E或者F－J去掉即可： Pymol hide ribbon, chain f+g+h+i+j 上面的東東還可以這樣完成： Pymol select test, chain f+g+h+i+jPymol hide ribbon, test 上面的第一句命令的作用是選擇“鏈”F－J，并命名為test，然后在第二句命令中隱藏它。并且你在右邊的控制面板里面也可以看到你選定的目標(biāo)，并可以對其進(jìn)行操作。 * ( ) 39。預(yù)定義的顏色名字可以在外部GUI窗口的Settings － Colors中找到： Pymol color colornamePymol color colorname, selectionexpression 比如我們可以： Pymol color red, ss hPymol color yellow, ss sPymol color green, ss l+ 其中“ss”代表secondary structure，“h”代表Helix，“s”代表Beta sheet，l+代表Loop和所以其他結(jié)構(gòu)。 Pymol disable selectionname 使用鼠標(biāo)通常是改變圖像視角的最方便的辦法，不過命令如zoom，orient等等有時候使用起來也是很有用的，它們提供了另一種改變圖像視角的辦法。如果不加任何“action”，則默認(rèn)為recall： Pymol view v1, storePymol view v1, recallPymol view v1 說了這么多，最后說說如何保存文件吧。 1. 使用log_open命令把你所有使用過的命令記錄為一個文本文檔： Pymol log_open scriptfilename 這樣以后當(dāng)你再次調(diào)用該文檔時，Pymol將執(zhí)行上面的所有命令： Pymol scriptfilename 不過注意，如果你想記錄當(dāng)前視角，則必須使用get_view命令。你可以隨時編輯該文檔。 2. 如果你想下次打開Pymol時直接回到當(dāng)前所在的狀態(tài)，那么你可以選擇外部GUI窗口里面的File － Save Session，創(chuàng)建一個會話文件（.pse）。 什么時候需要創(chuàng)建會話文件呢？比如當(dāng)你在某時有多個選擇時，你可以保存當(dāng)前狀態(tài)，然后一一嘗試這些選擇，不滿意時只需要重新打開該會話文件即可。希望開發(fā)者能趕快加入該功能，那么這個會話文件好像就沒什么大用了，呵呵。在這之前你可以使用ray命令來優(yōu)化你的圖像，它可以使你的圖像具有三維的反射及陰影特效： Pymol rayPymol pngyour_path/image_name 最后就用該命令導(dǎo)出的圖片結(jié)束這次筆記吧?，F(xiàn)在來具體說說Pymol命令的語法，還有在選擇操作目標(biāo)應(yīng)該如果表達(dá)。 從上次講的一些例子中不難看出，Pymol的命令都是由關(guān)鍵詞（keyword）加上一些變量（argument）組成，格式如下： Pymol keyword argument 其中關(guān)鍵詞（keyword）當(dāng)然是必須的，而變量則不是必須的，比如退出命令quit就不需要附加變量： Pymol quit 當(dāng)然更多的命令通常是需要加變量的，比如放大命令zoom，但是你會發(fā)現(xiàn)即使你不加任何變量該命令也可以被執(zhí)行，這是因為Pymol的許多命令有一個默認(rèn)變量，下面兩個命令的作用是一樣的，其中的目標(biāo)選擇all就是zoom的默認(rèn)變量： Pymol zoomPymol zoom all還有些命令可以帶多個參數(shù)，比如加色命令color，它的用法如下： Pymol color colornamePymol color colorname, selectionexpression 第一個color雖然只帶一個變量colorname，但其實它包含了第二個默認(rèn)變量all，所以它的作用是把整個結(jié)構(gòu)變成colorname的顏色。要注意的是，如果一個命令帶多個變量，則這些變量之間必須用逗號,隔開。另一些則不一樣，比如selectionexpression，它可以很簡單，也可以非常的復(fù)雜。 選擇表達(dá)（selectionexpression）表示的實際就是一些被選中的部分，它們可以是一些個原子，一些個Helix，一些個Beta sheet，或者它們的混合物。名字可以由大小寫字母，數(shù)字以及下劃線[_]組成，但是因避免使用下列符號： ! $ % ^ amp。 [ ] { } \ | ~ ` ? / 選擇表達(dá)由所謂的selector加上identifier組成，其中selector定義了某類屬性，而identifier則在該類屬性下需要被選擇的部分。整個語句的作用就是選擇上訴的原子并命名為test，這樣我們可以在后面繼續(xù)使用它。這些操作子被列于下表中： Operator簡寫效果與例子not s1! s1選擇原子但不包括s1中的Pymol select sidechains, ! bbs1 and s2s1 amp。 farfrm_tens1 or s2s1 | s2選擇s1或者s2中的原子（也就是包含全部的s1和s2原子）Pymol select all_prot, bb | sidechains1 in s2s1 in s2選擇s1中的那些原子，其identifiers (name, resi, resn, chain, segi)　全部符合s2中對應(yīng)的原子Pymol select same_atom, pept in prots1 like s2s1 l. s2選擇s1中的那些原子，其identifiers (name, resi)符合s2中對應(yīng)的原子Pymol select similar_atom, pept like prots1 gap Xs1 gap X選擇那些原子，其van der Waals半徑至少和s1的van der Waals半徑相差XPymol select farfrm_ten, resi 10 gap 5s1 around Xs1 a. X選擇以s1中任何原子為中心，X為半徑，所包括的所有原子Pymol select near_ten, resi 10 around 5s1 expand Xs1 e. X選擇以s1中任何原子為中心，X為半徑，然后把s1擴(kuò)展至該新的范圍所包含的所有原子Pymol select near_ten_x, near10 expand 3s1 within X of s2s1 w. X of s2選擇以s2為中心，X為半徑，并包含在s1中的原子Pymol select bbnearten, bb w. 4 of resi 10byres s1br. s1把選擇擴(kuò)展到全部residuePymol select plete_res, br. bbnear10byobject s1bo. s1把選擇擴(kuò)展到全部objectPymol select near_obj, bo. near_resneighbor s1nbr. s1選擇直接和s1相連的原子Pymol select vicinos, nbr. resi 10這些邏輯選擇還可以組合使用。 好了，目標(biāo)選擇就