rna及rna二級結構的理論知識-資料下載頁
2025-08-04 18:42本頁面
【正文】 NA二級結構的表示RNA二級結構的表示方法很多，如半圓表示、圓形表示、點陣表示。山峰表示。正多邊形表示等，其中以正多邊形表示最為直觀形象，便于分子生物學家觀察，研究RNA二級結構特征，但是利用這種方法來比較不同的結構是較為困難的，因為利用這種表示方式時，常導致許多結構的重疊，為此，人們不得不借助于旋轉的辦法來克服重疊現象，這樣以來，即使是對同一結構，可能由于在不同的地方旋轉或在同一地方旋轉的角度不同而導致結構形狀的變化。目前，再現結構對結構進行比較的最好方法是樹狀表示方法，這種方法是從圖論的角度來考慮的，與上述方法不同，在RNA二級結構中，每個配對堿基用一個點表示，然后用一條有向線段將點按順序連接起來，便可獲得RNA二級結構的樹狀表示，在這種顯示中，環(huán)區(qū)堿基等信息將被丟失。最小自由能RNA的二級結構被劃分為莖區(qū)，外環(huán)，凸環(huán)，內環(huán)，發(fā)卡環(huán)以及多分枝環(huán)等。Zuker，Turner等人詳細地給出了各個部分結構的能量計算方法，到目前為止，有些能量值還在不斷地被修正和補充。其中較有影響的軟件Mfold采用的就是最近鄰能量規(guī)則，也被稱為環(huán)依賴的能量規(guī)則。環(huán)依賴的能量規(guī)則在如下三個方面做了約定：（1） 二級結構中不允許訊在一個堿基和兩個以上堿基同時配對的情形。（2） 發(fā)卡環(huán)的長度必須大于等于3。（3） 二級結構中不允許訊在假結，即任意兩莖區(qū)之間只能是嵌套關系或順次關系。假結和三堿基配對的情形的能量，由于目前實驗手段的限制，和數據不足兩方面的原因而無法給出其準確的能量計算公式。如果單堿基r或者堿基對I’.k’滿足條件ii’(k’)k，pi’(k’)qk，則成r或I’.k’。值得注意的是對于長度為n的RNA序列，如果添加假想的第0個堿基和第（n+1）個堿基到當前結構中后，且嘉定兩堿基形成配對，則對于任意的RNA序列均可得到一致的封閉的二級結構。一個環(huán)可能包含0,1或多個堿基對。K環(huán)表示一個環(huán)包含（k1）個堿基對。Ls和Ld分別表示一個環(huán)中的單堿基個數和配對的堿基個數
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