rna及rna二級結(jié)構(gòu)的理論知識(編輯修改稿)
2025-08-31 18:42 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 排列組合而構(gòu)成的。：目前，關(guān)于RNA二級結(jié)構(gòu)的研究依然是RNA分子結(jié)構(gòu)領(lǐng)域當中的重點和難點。其第一個原因是RNA二級結(jié)構(gòu)是RNA分子從一級結(jié)構(gòu)到三級結(jié)構(gòu)跨越必不可少的橋梁。第二個原因是通過弄清RNA二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測結(jié)果，就可以在大范圍內(nèi)確定RNA三級結(jié)構(gòu)的問題。并且，當研究者的意見都歸于一致時，在RNA分子結(jié)構(gòu)當中，對于各個組成方面所具有的生物學意義與其堿基序列的組成相比意義更大，這個對比對非編碼的RNA或者DNA同樣適用。此外，RNA的分子結(jié)構(gòu)還有一個相似性的特點，就是在各同源RNA當中，通常它的二級結(jié)構(gòu)都是不自覺接受或相像；但是相似存在這個特性幾乎不會出現(xiàn)在一級結(jié)構(gòu)上。并且，RNA的同源性和保守型特征都是建立在二級結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上而不是一級結(jié)構(gòu)的保守序列上的。因此，當對某種RNA基本情況有所了解后，研究者就可根據(jù)給出的RNA二級結(jié)構(gòu)問題做出相對準確的預(yù)測。簡單來說，就是通過用計算機手段和有關(guān)數(shù)學方法，對給定的RNA分子堿基序列按照一些方法來計算，從而最大可能地來測出該RNA分子多具備的二級結(jié)構(gòu)。 RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測方法的發(fā)展Von et al第一次大概算出了有關(guān)二級結(jié)構(gòu)的能量，他通過研究小分子和利用外推法來預(yù)測最穩(wěn)定的大分子結(jié)構(gòu)。這個預(yù)測包括了雙鏈區(qū)里堆疊堿基對有關(guān)的穩(wěn)態(tài)能量跟未配對區(qū)域不穩(wěn)定的影響，帕帕和麥克馬洪研發(fā)的程序能夠列出tRNA序列里所有有可能的螺旋區(qū)。他們采用改良版的威士頓克里克堿基配對原則，利用排列組合適當?shù)穆菪玫剿锌赡艿亩壗Y(jié)構(gòu)，且測算了任何一個可能結(jié)構(gòu)的全部自由能。斯洛伐克設(shè)計出一種能夠使合適的雙鏈區(qū)相加就獲得能量最適合結(jié)構(gòu)的方法。馬丁內(nèi)斯列出了可能雙鏈區(qū)，并利用計算波磁慢函數(shù)給出之前所指區(qū)域在它平衡常量里的比例，這里的△G是這些區(qū)域里的自由能，r為氣體常數(shù)，t是溫度。用蒙特 卡洛的辦法折疊RNA分子，這個方法當中的每個起始區(qū)域都是經(jīng)一個加權(quán)集合里任意選擇的，這跟用余吉不思取樣的辦法是差不多的。假設(shè)每一個可能的雙鏈區(qū)用袋子里的彈珠來表示。每
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