dna序列的k-merindex問題數(shù)模論文-資料下載頁
2025-06-26 17:31本頁面
【正文】 { $hash = 0。 $len = strlen($K_mer)。 for ($i=0。 $i $len。 $i++) { $ch = substr($K_mer,$i,1)。 switch ($ch) { case 39。A39。: $hash = $hash+0*pow(4, $len1$i)。 break。 case 39。T39。: $hash = $hash+1*pow(4, $len1$i)。 break。 case 39。G39。: $hash = $hash+2*pow(4, $len1$i)。 break。 case 39。C39。: $hash = $hash+3*pow(4, $len1$i)。 break。 default: break。 } } return $hash。 } function MYHash($str) {//BKDRHash哈希算法 $seed = 131。 // 31 131 1313 13131 131313 etc.. $hash = 0。 $t = strlen($str)。 for($i = 0。 $i $t。 $i++) { $hash = ((floatval($hash * $seed) amp。 0x7FFFFFFF) + ord($str[$i])) amp。 0x7FFFFFFF。 } return floor(($hash amp。 0x7FFFFFFF)%100000019)。//將原算法改進(jìn)以下，降低ｈａｓｈ值的大小 } function initFile() { for ($i=0。 $i $thissumFile。 $i++) { $fileName = 39。/var//html/DNAfile/39。.$i.39。.txt39。 $NewFile = fopen($fileName,39。w39。)。 //初始化文件每行先預(yù)留１０行 for ($j=0。 $j 101。 $j++) { //fputs($NewFile,$j)。 fputs($NewFile,\n)。 } fclose($NewFile)。 } } function fileAdd($fileNumber,$add) {//在運(yùn)行中增加行數(shù) $fileName = 39。/var//html/DNAfile/39。.$fileNumber.39。.txt39。 $NewFile = fopen($fileName,39。a39。)。 for ($j=0。 $j $add。 $j++) { //fputs($NewFile,$j)。 fputs($NewFile,\n)。 } fclose($NewFile)。 } function indexK_low($str) { $hashKey1 = $thisstrToHash($str)。 $fileNumber = $hashKey1%$thissumFile。 $Y = floor($hashKey1/$thissumFile)。 $fileName = 39。/var//html/DNAfile/39。.$fileNumber.39。.txt39。 $NewFile = fopen($fileName,39。r39。)。 $j = 0。 echo $str。 echo br。 while (!feof($NewFile)) { $position = fgets($NewFile, $thisHZJS)。 if ($j==$Y) { echo $position.39。39。 } $j++。 } fclose($NewFile)。 } function indexK_high($str) { $hashKey1 = $thisMYHash($str)。 $fileNumber = $hashKey1%$thissumFile。 $Y = floor($hashKey1/$thissumFile)。 $fileName = 39。/var//html/DNAfile/39。.$fileNumber.39。.txt39。 echo $str。 echo br。 $NewFile = fopen($fileName,39。r39。)。 for ($j=0。 $j = $Y。 $j++) { $position = fgets($NewFile, $thisHZJS)。 } fclose($NewFile)。 $len = strlen($str)。 preg_match_all(/[^\s ]+/s,$position,$arr)。// 這里除了匹配 空格，還匹配中文全角的空格 \s后面直接加上就是了 $arr = $arr[0]。 if ( count($arr) == 1) { echo $arr[0]。 exit()。 } foreach ($arr as $key = $value) { if (strlen($value) 20) {//判斷為含有Ｋmer信息 $str2 = substr($value, strlen($value) $len, $len)。 if(strcmp($str, $str2) == 0) { echo $str2。 echo br。 } }else{ echo $arr[0]。 } } }}?18
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