[理學(xué)]第十講腫瘤基因組和基因芯片-資料下載頁
2025-02-21 12:43本頁面
【正文】 enoptimized primer assays for a thoroughly researched panel of relevant, pathway or diseasefocused genes. PCR Arrays can also be customized to contain a panel of genes tailored to your specific research interests. 比較基因組雜交芯片 CGH array 雜合性缺失（ loss of heterozygosity） ? 雜合性指同源染色體中不同等位基因存在于一個或多個基因位點中的現(xiàn)象；野生型拷貝或等位基因發(fā)生缺失就稱為雜合性缺失（ LOH）， LOH通常是由染色體缺失或重組引起。絕大多數(shù)人類腫瘤都存在非隨機(jī)性的染色體片段丟失。雜合性缺失在腫瘤細(xì)胞中是一種非常常見的 DNA變異。 ? 腫瘤中存在基因的擴(kuò)增 ? 通過比較腫瘤組織與體細(xì)胞組織中野生型和突變 DNA的比值可以檢測 LOH以及基因的擴(kuò)增； 比較基因組雜交（ parative genomic hybridization， CGH ） ? 一種分子細(xì)胞遺傳學(xué)技術(shù)，能夠通過一個簡單的雜交反應(yīng)檢測出整個基因組 DNA拷貝數(shù)改變。主要原理是 采用經(jīng)過熒光標(biāo)記的腫瘤基因組 DNA和正?；蚪M DNA為探針，與正常人中期染色體標(biāo)本進(jìn)行原位雜交，根據(jù)兩種探針熒光信號的強(qiáng)度差異找出基因組中 DNA的增加或缺失區(qū)域。 DNA Extraction amp。 Label Hyb Metaphase Chromosome Scan Image aCGH (Array Comparative Genomic Hybridization) ?比較基因組雜交（簡稱 CGH）的方法被用來監(jiān)測染色體基因組的改變。 CGH最突出的優(yōu)點在于：通過一次實驗就能完成對整個基因組中所有遺傳物質(zhì)增加或丟失的分析，實驗所使用的 DNA可以是從新鮮凍存的組織中提取的，也可以提取自福爾馬林固定石蠟包埋的保存材料。 ?CGH主要用于腫瘤細(xì)胞染色體 DNA片段的缺失和增加的檢測 ,同時對其它與染色體拷貝數(shù)變化有關(guān)的疾病也能進(jìn)行分析和檢測，如小兒自閉癥，先天性發(fā)育遲緩等一系列遺傳病癥。 ? Array CGH就是一種新的用于檢測腫瘤細(xì)胞染色體拷貝數(shù)變化的技術(shù)，該項技術(shù)能夠通過一個簡單的雜交反應(yīng)檢測出整個基因組 DNA拷貝數(shù)改變。主要原理是采用經(jīng)過不同顏色熒光標(biāo)記的腫瘤基因組DNA和正常基因組 DNA與芯片上結(jié)合的覆蓋全部人類基因組的寡核苷酸探針雜交，根據(jù)雜交后兩種探針熒光信號的強(qiáng)度差異找出基因組中 DNA的增加或缺失區(qū)域。 ? aCGH的特點 : 高通量（覆蓋人類全基因組的探針設(shè)計，包括針對基因外顯子、內(nèi)含子和基因間序列的探針，一張芯片上探針的數(shù)量接近 24萬個探針），高分辨率（ 24萬個探針的平均分辯率在 ,對目前較為了解的基因來說，可以檢測到這些具體的基因的單個拷貝數(shù)的變化 Agilent， Nimblegen分辨率為 6KB）。 利用基因芯片并行檢測前列腺癌 染色體畸變和基因表達(dá)譜 ? 研究所用 48例前列腺癌樣本和 10例正常樣本（ 9例前列腺組織和 1例腎臟組織）由北京大學(xué)附屬第一醫(yī)院提供 表達(dá)譜分析 25例前列腺癌樣本和 3例正常前列腺組織進(jìn)行了表達(dá)譜芯片實驗，以混合的人類胚胎組織為通用參照。運(yùn)用平均 ratio值（ R ≥ or R ≤ ）和非參數(shù) t檢驗（ p ≤ ）雙重標(biāo)準(zhǔn)篩選前列腺癌差異表達(dá)基因，并對差異表達(dá)基因進(jìn)行 EASE分析。 arrayCGH 18例前列腺癌樣本和 1例腎臟組織（正常對照）進(jìn)行了 arrayCGH實驗。運(yùn)用ACE算法分析實驗數(shù)據(jù)，尋找前列腺癌染色體擴(kuò)增和缺失。 整合分析 11例前列腺癌樣本同時進(jìn)行了表達(dá)譜和 CGH實驗。 芯片類型：博星基因芯片有限公司的 8000點的基因芯片（ cDNA芯片） ? 整合分析 11例前列腺癌樣本同時進(jìn)行了表達(dá)譜和 CGH實驗。我們對這 11個樣本的每個樣本計算了余弦相關(guān)系數(shù)以考察 CGH和表達(dá)譜的一致性。 為了尋找表達(dá)受到染色體畸變影響的基因，挑選處于染色體擴(kuò)增區(qū)（在 ≥ 10% 的 18例前列腺癌）的表達(dá)上調(diào)（在 25例前列腺癌）的基因和處于染色體缺失區(qū)（在 ≥ 10% 的 18例前列腺癌）的表達(dá)下調(diào)（在 25例前列腺癌）的基因。 對每個挑選出來的基因計算了 Jackknife相關(guān)系數(shù)來評估其表達(dá)水平和 DNA拷貝數(shù)的關(guān)系。 ? 53個基因表達(dá)可能受到染色體畸變影響 ? 本研究發(fā)現(xiàn)的常見染色體畸變區(qū)域大部分在以前的研究中報道過，但是與前人的研究結(jié)果相比也存在畸變區(qū)域和畸變頻率方面的一些差異。究其原因，可能有如下幾個方面：①運(yùn)用不同的實驗手段、不同的分析算法和不同的判斷標(biāo)準(zhǔn)都有可能造成研究報道之間的差異；②前列腺癌存在種族差異。 ? 發(fā)現(xiàn)新的染色體畸變，如 。 ? 染色體畸變是一個很重要的癌變機(jī)制，可能導(dǎo)致位于其上的原癌基因激活或者抑癌基因丟失。 ? 我們的研究發(fā)現(xiàn)基因表達(dá)水平和染色體拷貝數(shù)呈弱的正相關(guān)。余弦相關(guān)是線性相關(guān)，考慮到DNA， mRNA和蛋白質(zhì)之間復(fù)雜的相互作用，我們不能夠期待 CGH和表達(dá)譜呈現(xiàn)一種強(qiáng)的正相關(guān)。 ? 我們推測染色體拷貝數(shù)變化不是影響基因表達(dá)水平的主導(dǎo)因素。很多其它的機(jī)制如 DNA突變、表觀遺傳學(xué)變化、 RNA干擾等都在調(diào)控基因表達(dá)上起著重要作用。 小結(jié) ? 不同類型的芯片應(yīng)用于腫瘤分子分型 下一講內(nèi)容 ? Tiling array ? Exon array
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