【正文】 a) 原子位移橢球的取向出現(xiàn)平行現(xiàn)象，暗示晶體可能具有各向異性、吸收系數(shù)大且吸收校正沒(méi)做好 b) 原子位移參數(shù)非常小，暗示更重的原子占據(jù)這一位置 c) 原子位移參數(shù)非常大，暗示更輕的原子占據(jù)這個(gè)位置，或者因無(wú)序，該位置僅被原子部分占據(jù) d） 原子位移參數(shù)在物理上不合理，如橢球的形狀盤(pán)子或長(zhǎng)條形或沒(méi)有體積，暗示數(shù)據(jù)差，數(shù)據(jù)參數(shù)比不夠，這時(shí)應(yīng)對(duì)部分原子進(jìn)行各向同性修正，或做無(wú)序處理，或讓相似化學(xué)環(huán)境的原子取相同的位移參數(shù)，或使用一個(gè)合理的固定值（ ） 反常的原子位移參數(shù)的出現(xiàn)，還暗示可能發(fā)生更為根本性的錯(cuò)誤，如定錯(cuò)晶胞或空間群 C 無(wú)序結(jié)構(gòu) 當(dāng)一物質(zhì)大部分結(jié)構(gòu)大部分有序，僅小部分無(wú)序時(shí)，可用通常的方法解析。但無(wú)序部分可能出現(xiàn)原子位移參數(shù)太大，其結(jié)構(gòu)在化學(xué)上不合理的情況 無(wú)序的種類(lèi)有多種，常見(jiàn)的有： a 位置占有率無(wú)序 即同一位置被兩種或多種原子占據(jù) (看 “ 固定 ” ) b 位置無(wú)序和取向無(wú)序 晶體中分子的部分基團(tuán)，甚至整個(gè)分子按統(tǒng)計(jì)方式分布在兩個(gè)或多個(gè)位置上的現(xiàn)象，叫 位置無(wú)序 。如果部分基團(tuán)，甚至整個(gè)分子位于旋轉(zhuǎn)軸、鏡面、對(duì)稱(chēng)中心上，分布在兩個(gè)相互聯(lián)系的方向上的現(xiàn)象，稱(chēng)為 取向無(wú)序 ，球形基團(tuán)常發(fā)生這種現(xiàn)象 對(duì)于這一問(wèn)題，有的結(jié)構(gòu)，可直接由差值 Fourier電子密度圖定出不同方向的排列。例如， ClO4經(jīng)常是這樣處理的（ O和 O’的占有率都改為 )。 很多結(jié)構(gòu)卻無(wú)法這樣處理 。 則對(duì)于無(wú)序程度輕的，可用限定（即用 ISOR指令）的方法。也可把無(wú)序原子裂分為兩個(gè)原子，方法是： 先在 ： C lO O 39。OOOO 39。O 39。O 39。 N1 N2 O1 may be split into and O2 WGHT FVAR N1 3 = part 1 O1 4 part 2 O1’ 4 part 0 O2 4 = .lst .ins C 多種可能空間群之間的選擇 確定空間群的基本原則是就高不就低。因此，定低了對(duì)稱(chēng)性就是錯(cuò)誤的，必須糾正！ 最易犯的錯(cuò)誤是將有心定為無(wú)心 E 反常散射與絕對(duì)結(jié)構(gòu) a 反常散射 不同原子對(duì)電子的束縛能力不同，導(dǎo)致了其散射能力與自由電子有所不同，散射相角也發(fā)生一定漂移，這種現(xiàn)象與 X射線(xiàn)的波長(zhǎng)有關(guān)，稱(chēng)為反常散射 如果晶體屬于中心對(duì)稱(chēng)空間群或在忽略了反常散射的條件下，衍射點(diǎn)的強(qiáng)度嚴(yán)格遵守 Friedel定律： |Fhkl| = |F175。h175。k175。l| 對(duì)于中心對(duì)稱(chēng)結(jié)構(gòu)，反常散射效應(yīng)相互抵消，因此嚴(yán)格服從 Friedel定律 非中心對(duì)稱(chēng)的結(jié)構(gòu)則不同，由于不同絕對(duì)結(jié)構(gòu)的反常散射效應(yīng)有一定差別，相應(yīng)的 Friedel衍射對(duì)的強(qiáng)度也有區(qū)別 ,兩者之間差別盡管細(xì)微，卻十分明顯并有規(guī)律 b 手性和極性空間群 非中心對(duì)稱(chēng)的空間群即極性空間群，其不含對(duì)稱(chēng)中心；手性空間群不僅不含對(duì)稱(chēng)中心，而且不含鏡面和滑移面 在絕對(duì)構(gòu)型可以清楚區(qū)分的情況下，使用錯(cuò)誤的絕對(duì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行精修將導(dǎo)致原子參數(shù)、鍵長(zhǎng)、和鍵角等的系統(tǒng)誤差，所以，正確確定絕對(duì)結(jié)構(gòu)是非常重要的 可用 Flack參數(shù)（ cif文件中）來(lái)確定絕對(duì)結(jié)構(gòu) 其值接近于 0，且標(biāo)準(zhǔn)偏差很小 (大于 有足夠強(qiáng)的反常散射能力 ,絕對(duì)構(gòu)型不能確定 )時(shí)，表示正確；如果等于或非常接近于 1，且標(biāo)準(zhǔn)偏差很小，則表示此絕對(duì)結(jié)構(gòu)是錯(cuò)誤的，其倒反結(jié)構(gòu) 才是正確的 。方法是： 在 ins文件中加入指令“ MOVE 1 1 1 1‖， 再精修 注 1 例外的 7個(gè)極性空間群的反轉(zhuǎn)指令： Fdd2 move 1 –1 I41 move 1 1 –1 I4122 move 1 –1 I41md move 1 1 –1 I41cd move 1 1 –1 I42d move 1 –1 I4132 move –1 注 2 對(duì)于 11對(duì)含有 4和 6次螺旋軸的對(duì)映異構(gòu)空間群（ enantiomorphous pairs)， 除了反轉(zhuǎn)絕對(duì)構(gòu)型外，還必須將空間群轉(zhuǎn)變?yōu)槠鋵?duì)映異構(gòu)空間群。如： P31變?yōu)?P32， P41變?yōu)?P43等 b 是否有極個(gè)別特別差的衍射點(diǎn) c 殘余電子密度峰是否過(guò)大 d 原子振動(dòng)橢球是否有明顯畸變 e 精修參數(shù)的移動(dòng)幅度是否過(guò)大。應(yīng)接近于 0 f 衍射數(shù)據(jù)與參數(shù)之比是否過(guò)小。應(yīng)大于 10 g 分子幾何是否合理 h 絕對(duì)結(jié)構(gòu)是否正確。 Flack參數(shù)要接近于 0 * 結(jié)構(gòu)精修結(jié)果的檢查 完成精修后，一定要認(rèn)真檢查結(jié)果，尤其注意以下問(wèn)題： a R和 S是否合適。 S不接近于 1，可以通過(guò)改變權(quán)重方案來(lái)改進(jìn) 附錄 Using XSHELL 一、 Defining the Project 1. Creating Crystal Reflecting Data Files in XPREP 2. Determining Phases for Some Reflections in XS 1. Creating the Project 2. Opening an Existing Project 二、 Proparing Files for XSHELL 三、 Using XSHELL 1. Rotating the Model 2. Selecting Atoms 3. Deleting Atoms 4. Changing a Label and Atom Type 5. Tuming Labels On and Off 6. Displaying the Unit Cell 7. Viewing Bonds and Angles 8. Viewing Longer Distances with Environment 9. Determining a Plane or Weighted Plane 10. Calculating a Centroid 11. Viewing the Listing File 12. Using Grow(to Add SymmetryRelated Atoms) 13. Displaying a Fragment of the Model(Unique) 14. Restoring All Fragments to the Display(unUniq) 15. Trimming the Atom List 16. Displaying a Packing Diagram 17. Viewing Bonds information 18. Deleting Bonds 19. Viewing Atom information 20. Sorting Atoms 21. Adding Hydrogen Atoms 22. Determining Hybridization Types 23. Tuming Hybridization Colors On or Off 24. Calculating Hydrogen Positions 25. Editing the Current .res or .ins 26. Performing Least Squares Refinement of Atomic parameters 27. Look at Thermal Ellipsoid