【正文】 a) 原子位移橢球的取向出現平行現象，暗示晶體可能具有各向異性、吸收系數大且吸收校正沒做好 b) 原子位移參數非常小，暗示更重的原子占據這一位置 c) 原子位移參數非常大，暗示更輕的原子占據這個位置，或者因無序，該位置僅被原子部分占據 d） 原子位移參數在物理上不合理，如橢球的形狀盤子或長條形或沒有體積，暗示數據差，數據參數比不夠，這時應對部分原子進行各向同性修正，或做無序處理，或讓相似化學環(huán)境的原子取相同的位移參數，或使用一個合理的固定值（ ） 反常的原子位移參數的出現，還暗示可能發(fā)生更為根本性的錯誤，如定錯晶胞或空間群 C 無序結構 當一物質大部分結構大部分有序，僅小部分無序時，可用通常的方法解析。但無序部分可能出現原子位移參數太大，其結構在化學上不合理的情況 無序的種類有多種，常見的有： a 位置占有率無序 即同一位置被兩種或多種原子占據 (看 “ 固定 ” ) b 位置無序和取向無序 晶體中分子的部分基團，甚至整個分子按統(tǒng)計方式分布在兩個或多個位置上的現象，叫 位置無序 。如果部分基團，甚至整個分子位于旋轉軸、鏡面、對稱中心上，分布在兩個相互聯系的方向上的現象，稱為 取向無序 ，球形基團常發(fā)生這種現象 對于這一問題，有的結構，可直接由差值 Fourier電子密度圖定出不同方向的排列。例如， ClO4經常是這樣處理的（ O和 O’的占有率都改為 )。 很多結構卻無法這樣處理 。 則對于無序程度輕的，可用限定（即用 ISOR指令）的方法。也可把無序原子裂分為兩個原子，方法是： 先在 ： C lO O 39。OOOO 39。O 39。O 39。 N1 N2 O1 may be split into and O2 WGHT FVAR N1 3 = part 1 O1 4 part 2 O1’ 4 part 0 O2 4 = .lst .ins C 多種可能空間群之間的選擇 確定空間群的基本原則是就高不就低。因此，定低了對稱性就是錯誤的，必須糾正！ 最易犯的錯誤是將有心定為無心 E 反常散射與絕對結構 a 反常散射 不同原子對電子的束縛能力不同，導致了其散射能力與自由電子有所不同，散射相角也發(fā)生一定漂移，這種現象與 X射線的波長有關，稱為反常散射 如果晶體屬于中心對稱空間群或在忽略了反常散射的條件下，衍射點的強度嚴格遵守 Friedel定律： |Fhkl| = |F175。h175。k175。l| 對于中心對稱結構，反常散射效應相互抵消，因此嚴格服從 Friedel定律 非中心對稱的結構則不同，由于不同絕對結構的反常散射效應有一定差別，相應的 Friedel衍射對的強度也有區(qū)別 ,兩者之間差別盡管細微，卻十分明顯并有規(guī)律 b 手性和極性空間群 非中心對稱的空間群即極性空間群，其不含對稱中心；手性空間群不僅不含對稱中心，而且不含鏡面和滑移面 在絕對構型可以清楚區(qū)分的情況下，使用錯誤的絕對結構進行精修將導致原子參數、鍵長、和鍵角等的系統(tǒng)誤差，所以，正確確定絕對結構是非常重要的 可用 Flack參數（ cif文件中）來確定絕對結構 其值接近于 0，且標準偏差很小 (大于 有足夠強的反常散射能力 ,絕對構型不能確定 )時，表示正確；如果等于或非常接近于 1，且標準偏差很小，則表示此絕對結構是錯誤的，其倒反結構 才是正確的 。方法是： 在 ins文件中加入指令“ MOVE 1 1 1 1‖， 再精修 注 1 例外的 7個極性空間群的反轉指令： Fdd2 move 1 –1 I41 move 1 1 –1 I4122 move 1 –1 I41md move 1 1 –1 I41cd move 1 1 –1 I42d move 1 –1 I4132 move –1 注 2 對于 11對含有 4和 6次螺旋軸的對映異構空間群（ enantiomorphous pairs)， 除了反轉絕對構型外，還必須將空間群轉變?yōu)槠鋵τ钞悩嬁臻g群。如： P31變?yōu)?P32， P41變?yōu)?P43等 b 是否有極個別特別差的衍射點 c 殘余電子密度峰是否過大 d 原子振動橢球是否有明顯畸變 e 精修參數的移動幅度是否過大。應接近于 0 f 衍射數據與參數之比是否過小。應大于 10 g 分子幾何是否合理 h 絕對結構是否正確。 Flack參數要接近于 0 * 結構精修結果的檢查 完成精修后，一定要認真檢查結果，尤其注意以下問題： a R和 S是否合適。 S不接近于 1，可以通過改變權重方案來改進 附錄 Using XSHELL 一、 Defining the Project 1. Creating Crystal Reflecting Data Files in XPREP 2. Determining Phases for Some Reflections in XS 1. Creating the Project 2. Opening an Existing Project 二、 Proparing Files for XSHELL 三、 Using XSHELL 1. Rotating the Model 2. Selecting Atoms 3. Deleting Atoms 4. Changing a Label and Atom Type 5. Tuming Labels On and Off 6. Displaying the Unit Cell 7. Viewing Bonds and Angles 8. Viewing Longer Distances with Environment 9. Determining a Plane or Weighted Plane 10. Calculating a Centroid 11. Viewing the Listing File 12. Using Grow(to Add SymmetryRelated Atoms) 13. Displaying a Fragment of the Model(Unique) 14. Restoring All Fragments to the Display(unUniq) 15. Trimming the Atom List 16. Displaying a Packing Diagram 17. Viewing Bonds information 18. Deleting Bonds 19. Viewing Atom information 20. Sorting Atoms 21. Adding Hydrogen Atoms 22. Determining Hybridization Types 23. Tuming Hybridization Colors On or Off 24. Calculating Hydrogen Positions 25. Editing the Current .res or .ins 26. Performing Least Squares Refinement of Atomic parameters 27. Look at Thermal Ellipsoid