【正文】 密度圖定出不同方向的排列。 N1 N2 O1 may be split into and O2 WGHT FVAR N1 3 = part 1 O1 4 part 2 O1’ 4 part 0 O2 4 = .lst .ins C 多種可能空間群之間的選擇 確定空間群的基本原則是就高不就低。應(yīng)大于 10 g 分子幾何是否合理 h 絕對(duì)結(jié)構(gòu)是否正確。l| 對(duì)于中心對(duì)稱結(jié)構(gòu)，反常散射效應(yīng)相互抵消，因此嚴(yán)格服從 Friedel定律 非中心對(duì)稱的結(jié)構(gòu)則不同，由于不同絕對(duì)結(jié)構(gòu)的反常散射效應(yīng)有一定差別，相應(yīng)的 Friedel衍射對(duì)的強(qiáng)度也有區(qū)別 ,兩者之間差別盡管細(xì)微，卻十分明顯并有規(guī)律 b 手性和極性空間群 非中心對(duì)稱的空間群即極性空間群，其不含對(duì)稱中心；手性空間群不僅不含對(duì)稱中心，而且不含鏡面和滑移面 在絕對(duì)構(gòu)型可以清楚區(qū)分的情況下，使用錯(cuò)誤的絕對(duì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行精修將導(dǎo)致原子參數(shù)、鍵長(zhǎng)、和鍵角等的系統(tǒng)誤差，所以，正確確定絕對(duì)結(jié)構(gòu)是非常重要的 可用 Flack參數(shù)（ cif文件中）來(lái)確定絕對(duì)結(jié)構(gòu) 其值接近于 0，且標(biāo)準(zhǔn)偏差很小 (大于 有足夠強(qiáng)的反常散射能力 ,絕對(duì)構(gòu)型不能確定 )時(shí)，表示正確；如果等于或非常接近于 1，且標(biāo)準(zhǔn)偏差很小，則表示此絕對(duì)結(jié)構(gòu)是錯(cuò)誤的，其倒反結(jié)構(gòu) 才是正確的 。也可把無(wú)序原子裂分為兩個(gè)原子，方法是： 先在 ： C lO O 39。 * 結(jié)構(gòu)精修中的若干問(wèn)題 在晶體結(jié)構(gòu)精修的過(guò)程中，涉及晶體學(xué)理論及一些計(jì)算數(shù)學(xué)的理論和技術(shù)，與簡(jiǎn)單的數(shù)據(jù)擬合相比，具有變量多，計(jì)算量大等特點(diǎn)，特別是晶體結(jié)構(gòu)精修參與的參數(shù)種類(lèi)和數(shù)量會(huì)因晶體不同而不同，結(jié)構(gòu)精修結(jié)果的好壞又牽涉到對(duì)晶體學(xué)理論和方法的理解 A 原子的錯(cuò)誤指認(rèn) 一個(gè)原子對(duì) X射線的散射能力（即散射因子 fi）大致正比于其原子序數(shù)?？梢来芜x擇所有的要選擇的原子或 Q 峰 c 用 Select菜單（或背景右手鍵點(diǎn)“ Select‖） 可選擇部分和所有的原子或 Q 峰，順序與原順序相同 b 光標(biāo)指在欲選擇位置，右手鍵點(diǎn)“ Select‖，可依次選擇原子 d 按住“ Shift‖鍵，左手鍵拖出一個(gè)選擇框并同時(shí)輕開(kāi)，可選擇一個(gè)或多個(gè)原子 ?刪除原子或（ Q） 峰的方法： a 光標(biāo)指在欲刪除位置（原子或鍵） ，點(diǎn) K 鍵 b 光標(biāo)指在欲刪除位置，右手鍵點(diǎn) Bonds and Angles， 再在對(duì)話框中點(diǎn)“ Delete‖ e 點(diǎn) refine菜單，系統(tǒng)會(huì)提示有 Q 峰沒(méi)命名，并選擇所有 Q 峰，順序與原來(lái)順序相同 e 在 ins文件刪除 c 光標(biāo)指在欲刪除位置，右手鍵點(diǎn)“ Delete‖ d 先選擇，再點(diǎn) Select菜單中的 Kill selected ? 恢復(fù)刪錯(cuò)的原子或（ Q） 峰的方法： a 先選擇，再用 Lablels菜單中的 Group label ? 命名（標(biāo)記）原子或（ Q） 峰的方法： 點(diǎn) ―EditRestore Killed Atom‖， 先選擇要恢復(fù)的原子（或 Q峰），再點(diǎn)“ Restore‖ b 光標(biāo)指在要命名的位置，用右手鍵的 Edit c 光標(biāo)指在欲命名位置，右手鍵點(diǎn) Bonds and Angles， 再在對(duì)話框中點(diǎn)“ Rename‖ * 如果仍得不到較為合理的初始結(jié)構(gòu)，則應(yīng)試驗(yàn)用三種方法中的另一法，或試驗(yàn)用不同的 ESEL值 * 如果試驗(yàn)用各種方法，仍不行，那就要考慮是不是出現(xiàn)了如下的問(wèn)題： ?常用 的小技巧： a 解析和精修結(jié)構(gòu) 的初期，可把 C、 O、 N都定為 C b 如果獨(dú)立單元中分子較多，可光標(biāo)指在 一個(gè)分子中的某一原子上，再用右手鍵菜單中的 UNIQ指令把其分離出來(lái)處理 c 如果獨(dú)立單元只是分子的一部分，原子不好取舍，可用右手鍵菜單中的 GROW指令把分子長(zhǎng)全處理 結(jié)構(gòu)的解析中的若干問(wèn)題 A 晶胞的錯(cuò)誤確定 用 CCD探測(cè)器 ，儀器可以自動(dòng)確定晶胞（分別在 matrix、 sadabs和 xprep中），但有時(shí)會(huì)不正確，因而晶系和空間群會(huì)因之錯(cuò)誤 解決方法： 在 xprep中重新確定晶胞；實(shí)在不行，需用收集數(shù)據(jù)重新做晶胞 B 空間群的錯(cuò)誤指認(rèn) 主要的三種情況： a 晶胞的錯(cuò)誤確定引起的 b 儀器只根據(jù) Rint和 CFOM（ 診斷因子）值 來(lái)確定，有時(shí)會(huì)降低晶體的對(duì)稱性 c 由系統(tǒng)消光規(guī)律的錯(cuò)誤判斷引起 解決方法： 在 xprep中重新確定空間群；重新做晶胞 * XPREP的主要功能和應(yīng)用 ?單擊進(jìn)入 XPREP程序 ?根據(jù)程序的提示輸入晶胞參數(shù) ?選擇可能的晶格 程序則顯示以下菜單： [D] Read,Modify or Merge DATDSETS [P] Contour PATTERSON Secions [H] Search for HIGHER mertric symmetry [S] Determine or input SPACE GROUP 讀入、更改、合并衍射數(shù)據(jù) 計(jì)算顯示Patterson截面 尋找更高的對(duì)稱性 確定或輸入已知的空間群 [A] Apply ABSORPTION corrections [M] Test for MEROHEDRAL TWINNING [L] Reset LATTICE type of Original Cell [C] Define unitcell CONTENTS [F] Setup SHELXTL FILES [R] RECIPROCAL Space Displays [U] UNITCELL transformations [T] Change TOLERANCES [O] Selfrotaion function [Q] Quit Program 吸收校正 重設(shè)原始晶胞的晶格類(lèi)型 孿晶缺面試驗(yàn) 定義單胞的化學(xué)組成 建立計(jì)算指令文件 顯示倒易空間 轉(zhuǎn)換晶胞 改變一些變量的容忍值 自旋函數(shù) 退出程序 ?Select option [H]： 程序顯示目前的晶胞參數(shù)和其它的可能選擇，可認(rèn)同程序的選擇，但 有時(shí)需自行選擇 ?Select option [A]： 認(rèn)同程序的選擇后，程序會(huì)提示下一選項(xiàng) [S] ?Select option [S]： 可直接輸入已知空間群，也可 測(cè)定 ?Select option [S]： 則還要進(jìn)一步 選擇晶系 ?Select option [M]： ?Select option [P]： 進(jìn)一步選擇晶格類(lèi)型 程序顯示目前的空間群和其它的可能選擇，可認(rèn)同程序的選擇，但 有時(shí)需自行選擇 認(rèn)同程序的選擇后，程序會(huì)提示下一選項(xiàng) [D] ?Select option [A]： ?Select option [D]： 程序讓顯示統(tǒng)計(jì)強(qiáng)度的選項(xiàng) [S] 程序讓顯示合并等效點(diǎn)的選項(xiàng) [A] ?Select option [S]： ?Select option [A]： 程序顯示出退出主菜單的選項(xiàng) [E] ?Select option [E]： 認(rèn)同程序的選擇后，程序會(huì)提示下一個(gè)定義單胞的化學(xué)組成選項(xiàng) [C] ?Select option [C]：