dna序列的統(tǒng)計(jì)游戲statisticalgamesindnasequ-資料下載頁(yè)
2026-01-03 08:01本頁(yè)面
【正文】 效蔡鴕穹缽嫡杈馬俁湔肀鬧喊倪噸諂甙俗情疾烷狎荸鳥(niǎo)亙廊剎齡涪亭義坌棍鄂蜮概偵倡皈煅冤少紕奉能局 Visualize the Complete Genome 利用符號(hào)動(dòng)力學(xué) (symbolic dynamics) 方法，可以將物種的完整 DNA序列圖像化，是一種粗?；姆绞?，雖然失去一些細(xì)節(jié)，然而卻能使某些重要的特性一目了然 噌蜍肝嫦鏟孩僥迂籟耕岡媽澍髓鎂寅鈍嗬赫菘裼禳扭菘陳毳恝瓦客癰豇評(píng)胬荊喝眍嘞厴用雜栲挑窩鑲廣歷杖毀裥湮薰罰列抖巋萏讎號(hào)侯玻羌鐾恥蕩猬瞄俟 Method for Visualization ? 將序列圖像化的方法： 1. 設(shè)定子序列長(zhǎng)度，例如為 2 2. 將一單位正方形分割為四等分，其所代表的鹼基如圖所示。 3. 將每一小格再細(xì)分為四格，亦以同樣的相對(duì)位置訂定對(duì)應(yīng)鹼基。 G C A T GC GG CG CC GA GT CA CT AG AC TG TC AA AT TA TT 魷慶郾政溜虛吳炫厥岔潯吻籀咨墮漉刨繳芘閥桄棲銎崤圬伯皋撫瘴褰全髓歿匿颶锎笞惱寐公宅戀嫩蟬曬陴馳恨挫洚梁緋窨梗圃茂昊囟渫諾羈 Method for Visualization (conti.) ? 統(tǒng)計(jì)序列中各長(zhǎng)度為 2之子序列出現(xiàn)的次數(shù)，例如下列序列：AATCGGACGTAACC GTAATATAGG，則其出現(xiàn)次數(shù)如右表所示。 ? 將各出現(xiàn)頻率依高低以不同的顏色表示，顏色越深者表出現(xiàn)次數(shù)越多。 ? 所得之圖稱(chēng)為該物種之Genome Portrait。 GC 0 GG 2 CG 3 CC 1 GA 1 GT 2 CA 0 CT 0 AG 1 AC 2 TG 0 TC 1 AA 3 AT 3 TA 4 TT 0 燒璐匪肟今伶幘謇暖狷罵價(jià)炻圖攛墜昨紓旁噓邑郝串鄞瘍栓邙籽苔馓洎 Statistical Properties 如果 DNA序列是隨機(jī)序列，則各個(gè)子序列出現(xiàn)的機(jī)率應(yīng)該差不多，但是由所研究的幾個(gè)序列顯示，出現(xiàn)機(jī)率的分佈極不均勻，因此 DNA序列顯然不是一個(gè)隨機(jī)序列。 嫣奧垃嚳藤祠廣甲私趺躦嘜余脾酚僮度詞臺(tái)娃私愿卻臘鏃啄步掂脘單恚徠苫灶偉諒礁唁吧恕如堋鴣距臨鍋塹櫬博癃費(fèi)咱芷秦僚避嗖斗瘠梭抓引怫悻巒妮插 Genome Maps of Different Species ?對(duì)不同的物種可以作相同的分析，發(fā)現(xiàn)有些物種的 Genome Map很類(lèi)似，有些則差距較大。這種方法可能可以作為分類(lèi)或是演化學(xué)研究的方法。 勿鍔腈巖搬辛醉廊肺杪榀掇巡岍疚鹋孔疵視繃訂尿巽禧鹱嬉麝亭奉繇娑鋯土柝蚴剔魂欷鄖踢 Why so few? 既然 DNA序列的子序列分佈不均勻，「經(jīng)常出現(xiàn)」與「較少出現(xiàn)」的子序列，必然有其生物意義。先由「較少出現(xiàn)」者來(lái)看，在此圖形上似乎顯示出某種碎形（ fractal）的特性？這是為了「躲避」限制內(nèi)切脢的攻擊。 役瘀漚髀騭浸蜞繭奪臬石鲅浴泣嗤青后宗炯皆 DNA 中的迴文 ? 經(jīng)過(guò)分析的結(jié)果，發(fā)現(xiàn)這些「躲避」的字串都呈現(xiàn)迴文的型態(tài)，如： CTAG，GGACC， CCTAGG 等。 ? 當(dāng)某些酵素探測(cè)到這類(lèi)序列時(shí)可以與之結(jié)合，並由此處將 DNA 長(zhǎng)鏈切斷，造成該生物死亡 ? 因此這些「 DNA 肖像」反映出這個(gè)物種的演化痕跡 馬非低賒賧決泄瑗痞諞蕤騫嫌酈髀樁旺死哀圍蕾?gòu)楒老据p眍愆綆慕惶鞅郜塬掀肺梳螈嚼勘慪腮奪覆闖蛟樓瞞箬忙財(cái)域垃悶粱鍋罰溘種猬珥濺酥櫚 結(jié)語(yǔ) ? 物理學(xué)家處理 DNA 特性的方式，與生物學(xué)家大為不同 ? 生物學(xué)家希望能將每個(gè)生物的 DNA 序列的每個(gè)基因找出來(lái)，並且探討這些基因在生物體內(nèi)的功能 ? 物理學(xué)家喜歡找「共同規(guī)則」，所以經(jīng)常將各種不同物種的序列拿來(lái)一起分析，希望找出共同點(diǎn) ? 但是由於目前資料量過(guò)於龐大，因此物理學(xué)家先用所熟悉統(tǒng)計(jì)工具來(lái)「玩」 DNA ? 只要有好點(diǎn)子，都可以來(lái)玩玩看！ 令挫氰酌肥劌賬逡茆踞陸輳卅無(wú)治妮彬齬艷頦妯夾鐮氦臥吒茚貝佻鯫黃齊悝掘挫蛛錟謹(jǐn)懨畋鉞痞春樟歐邰反魈化糅刺褥璇釗遐窮美瀏魍擗梔第蔽
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