藥學專業(yè)外文翻譯(編輯修改稿)
2025-01-10 18:37 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 100ps 的骨干固定蛋白質(zhì)平衡。在平衡階段之后是 3ns 的 MD 模擬用300K 的 時間步來整合 2 快速掃描的勢函數(shù)。 Nonbonded 被 截止 至少要有 8A176。被使用。 結(jié)果 A2， A6 和 C6 是競 爭抑制劑抑制 PARN 活動。 在我們以往的研究的基礎(chǔ)上顯示磷酸腺苷，在 脫腺苷化 產(chǎn)品之一，作為競爭行為對 PARN抑制劑 [19]，我們搜索了類似的化學性質(zhì)抑制劑。 我們研究了一系列的 氟代嘧啶 核苷 潛在的抑制效果如（圖 1）。 它有最近表明，其中一些化合物具有腫瘤抑制效 果，以及在細胞抗病毒活性 [31]。初步篩選了這些核苷關(guān)于 PARN 的作用活動表明， A2， A6，和 C6 可以有效地抑制 PARN， 化合物 A1 和 A 3 A5 和 A7 的沒有顯著影響（數(shù)據(jù)未顯示）。為了進一步了解 A2， A6 和 C6 核苷類似物的抑制作用，我們進行詳細的動 力學分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)這些化合物表現(xiàn)為在體外高效率的 PARN競爭性抑制劑。 隨后，從我們的動力學分析確定了抑制常數(shù)（文插圖，如圖 2所示）這三個化合物。 就 A2， 計算 基值 A6 的， 抑制常數(shù) 為 （ 表 1， 圖 2）。同樣的動力學分析 氟代嘧啶 核苷 胞嘧啶核苷與 缺乏苯甲酰修改（ C6）的，這也抑制 PARN活動（圖 3A）用 。三脫氧 3 氟 葡萄糖（ B6） 的 ，只包含同一沒有相應的糖環(huán)成分， 無明顯抑制并在隨后的分析作為陰性對照組（數(shù)據(jù)未顯示）。 此外，我們比較了這些化合物與自然核苷酸的抑制作用，作為一個有競爭力的表現(xiàn)抑制劑。該 CMP 的 抑制常數(shù) 為 （圖 3B），與 C6 類似，但比A6 高。 表 1總結(jié)了所有在研究中使用的化合物的抑制常數(shù)。 這些結(jié)果表明， PARN可以有效地抑制合成核苷是在目前進行了測試研究，具有競爭力的方式，意味著這種抑制作用依賴于對大自然的了解糖基比 該基地的性質(zhì)。 此外，我們的數(shù)據(jù)表明， PARN可能是一個新的分子針對這些化合物在體外。 圖 1： 鎂（ Ⅱ ）離子不釋放 A2， A6 和 C6的抑制劑。 以往的研究表明，鎂（ II）離子對 PARN活動有重要作用，盡管沒有這樣的離子在活躍的截斷的 PARN的晶體結(jié)構(gòu)中被發(fā)現(xiàn) 圖 2： 苯甲酰 氟代嘧啶 核苷 抑制 PARN活動： A2 和 A6 的是非競爭性抑制劑。 雙倒數(shù)圖1 /對 1/ [基板 ] V的 PARN在 A2 的存在活動 （ A）或 A6 的（ B）所示。 （在 A充滿標記）A2 的濃度分別為 0mm（圈）， （三角形）， （ m2） ，以及 1mm（倒三角形）。 A6 的濃度（在 B空標記）分別為 0mm（圈），為 （三角形）， （方），1mm（倒三角形）。至少有三個有代表性的獨立實驗顯示。插圖：斜坡（公里 / Vmax值）的雙重相對于核苷酸濃度倒數(shù)線。 圖 3： C6和 一磷酸胞嘧啶 是 PARN非競爭性抑制劑 。雙 1 /對 1/ [基 ] V的 PARN活動倒數(shù)作圖 C6的存在（在 A充滿標記）或 一磷酸胞嘧啶 （在 B空標記）顯示。 C6 的濃度 （在 A充滿標記） 和 一磷酸胞嘧啶 （在 B空標記）是為 0mm（三角形）， （圈）， （方），和 1mm（倒 三角形）。 代表至少有三個獨立的實驗曲線顯示。 插圖：相對于核苷酸的雙倒數(shù)線的斜坡 （ KM/Vmax） 濃度。 此外，在我們以前的報告中，我們觀察到，增加鎂（ II）離子的濃度 可以扭轉(zhuǎn)自然的抑制二和三磷酸核苷酸而不是通過抑制磷酸核苷酸 [19]。因此，我們要排除 PARN可以被合成核苷抑制的可能性，不知何故，被救出使用過量鎂 （ Ⅱ ） ，雖然這些核苷酸不包括任何磷酸基團。我們完成了脫腺苷化與 Mg（ Ⅱ ） 濃度檢測，變以下 （ 10 倍 ） 以上 （ 10 倍 ） 的濃度 準的試驗條件。 有趣的是，根據(jù)條件測試， 鎂 （ Ⅱ ） 濃度很難 顛 倒對 A2， A6 和 C6 的抑制作用（圖 4） 。 這些數(shù)據(jù)表明，新型人工合成的化合物的作用是 獨立當?shù)劓V （ Ⅱ ） 濃度，而這些抑制效應化合物不能被剝奪，通過改變鎂 （ Ⅱ ） 的水平。 圖 4： 鎂（ II）在抑制 PARN中通過核苷酸中的嘌呤堿的效果。（頂部）相關(guān)活動抑制由 1 mM A2 （ 空條子 ） 或者 1 mM A6（實條子）來呈現(xiàn) 0， ， and15mM 鎂（ II）。（底部）相關(guān)活動呈現(xiàn)了 1 mM C6（空條子）或 1 mMCMP（實條子）來呈現(xiàn) 0， ， and10mM鎂（ II）。結(jié)果是意味著至 少 三種獨 立試驗的價值形式。 預測的 C6， A6 和 A2 與 PARN 的活性部位對接。 為了進 一步分析的 C6，A6 和 A2 氟 代嘧啶 核苷與 PARN 核苷的特異性相互作用， 我們進行分子對接試驗，利用已知的 PARN晶體硅結(jié)構(gòu) [8]作為受體。 有效性測量 ?？康淖畹湍芰扛鶕?jù)研究顯示這些化合物的構(gòu)象圖 5。 所有 C6 的構(gòu)象的對接來自一個單一的集群中最大下降的 RMSD范圍 176。在， 提出了較高的特異性這給定受體 （ 圖 5） 化合物。 該建立一個氫鍵連接在 5′糖 OH 和氫鍵 30 之間，優(yōu)化了另外兩個羥基的群體幾何糖 環(huán)電子捐贈兩個天冬氨酸殘基 （ Asp382和 Asp28）的催化劑（圖 6） 。 關(guān)于 A6， 至 少有 6列共 10個對接構(gòu)象結(jié)果給了一個集群內(nèi)下降，表明有一個化合物 A6 的首選 （ 圖 5）結(jié)合的方向。隨后分子動力學模擬為了驗證進行對接的結(jié)果。 鎂缺乏 模擬證實了 A6的 綁定定位，這最適合 糖環(huán)羥基團體建立氫鍵（ Asp28和 Asp292）
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