pfge分型技術原理及標準儀器配置(ppt32頁)(編輯修改稿)
2025-03-30 21:46 本頁面
【文章內容簡介】 6hr 4) Load Plug into Agarose Gel and Separate (Side view of agarose gel) 實驗流程 膠塊中 DNA的酶切： 寡切點酶片段少而大 片段數(shù)目（＞ 10，＜ 25~30） 酶切片段的電泳 5) Stain Gel and Visualize Band Patterns 6) Band Patterns are Digitized and added to a database for analysis 實驗流程 圖像的獲取： DNA指紋圖譜 EtBr或 GelRed染色 BioNumerics 軟件作聚類分析 在使用細菌分型的結果進行暴發(fā)研究時是基于以下幾個假設的： 1. 屬于一次暴發(fā)的分離株來源于同一個祖先 2. 這些菌株應該具有相同的基因型 3. 流行病學無關的菌株應該有不同的基因型別 細菌分型原理 菌株分型的目的是為了提供實驗室角度的證據(jù)。這一證據(jù)支持那些分離自一次暴發(fā)中分離的流行相關（ epidemiologically related）菌株，同時也是遺傳相關的（ geically related）菌株，從而證明這些菌株是同樣的菌株。 基因事件與條帶變化 75 kb 100 kb 200 kb 400 kb 500 kb 獲得 失去 插入 缺失 無法區(qū)分 ： 分離株有相同的帶型，包括條帶的數(shù)目和位置。這些分離株為同 一菌株。 高度相關 ： 如果 PFGE帶型僅有因 一次基因事件 引起的帶型變化，這些菌株 就被定義為高度相關菌株。這些僅有兩到三個條帶變化的情況常 見于反復傳代以及從同一病人中多次分離的菌株。 可能相關 ： PFGE帶型與暴發(fā)菌株帶型變化有 兩個獨立的基因事件 引起的條 帶變化（通常是 4到 6個條帶的變化）。這些分離株可能是遺傳 上相關的，但是并不是緊密相關的，其流行病學關系也并不緊密。 這樣的突變常見于分離自較長的時間段（大于等于 6個月）或者 是大規(guī)模延伸暴發(fā)的病人中。 無 關 ： 三個獨立的基因事件 引起的條帶變化（ 7個或者是以上的條帶變化）。 TENOVER原則 TENOVER原則的聚類方法 首先，檢查所有的帶型，確定能否發(fā)現(xiàn)一個 暴發(fā)帶型 或者 代表帶型 。如果沒有發(fā)現(xiàn)代表帶型，那么這些分離株很可能是流行病學無關菌株。（流行相關的菌株中沒有代表帶型的情況是小概率事件）。 其次，以暴發(fā)帶型為基礎和其他分離株的帶型進行比較。應該確定每個帶型與暴發(fā)帶型的關系。帶型差異
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