pfge分型技術(shù)原理及標(biāo)準(zhǔn)儀器配置(ppt32頁(yè))(編輯修改稿)
2025-03-30 21:46 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 6hr 4) Load Plug into Agarose Gel and Separate (Side view of agarose gel) 實(shí)驗(yàn)流程 膠塊中 DNA的酶切： 寡切點(diǎn)酶片段少而大 片段數(shù)目（＞ 10，＜ 25~30） 酶切片段的電泳 5) Stain Gel and Visualize Band Patterns 6) Band Patterns are Digitized and added to a database for analysis 實(shí)驗(yàn)流程 圖像的獲取： DNA指紋圖譜 EtBr或 GelRed染色 BioNumerics 軟件作聚類分析 在使用細(xì)菌分型的結(jié)果進(jìn)行暴發(fā)研究時(shí)是基于以下幾個(gè)假設(shè)的： 1. 屬于一次暴發(fā)的分離株來(lái)源于同一個(gè)祖先 2. 這些菌株應(yīng)該具有相同的基因型 3. 流行病學(xué)無(wú)關(guān)的菌株應(yīng)該有不同的基因型別 細(xì)菌分型原理 菌株分型的目的是為了提供實(shí)驗(yàn)室角度的證據(jù)。這一證據(jù)支持那些分離自一次暴發(fā)中分離的流行相關(guān)（ epidemiologically related）菌株，同時(shí)也是遺傳相關(guān)的（ geically related）菌株，從而證明這些菌株是同樣的菌株。 基因事件與條帶變化 75 kb 100 kb 200 kb 400 kb 500 kb 獲得 失去 插入 缺失 無(wú)法區(qū)分 ： 分離株有相同的帶型，包括條帶的數(shù)目和位置。這些分離株為同 一菌株。 高度相關(guān) ： 如果 PFGE帶型僅有因 一次基因事件 引起的帶型變化，這些菌株 就被定義為高度相關(guān)菌株。這些僅有兩到三個(gè)條帶變化的情況常 見于反復(fù)傳代以及從同一病人中多次分離的菌株。 可能相關(guān) ： PFGE帶型與暴發(fā)菌株帶型變化有 兩個(gè)獨(dú)立的基因事件 引起的條 帶變化（通常是 4到 6個(gè)條帶的變化）。這些分離株可能是遺傳 上相關(guān)的，但是并不是緊密相關(guān)的，其流行病學(xué)關(guān)系也并不緊密。 這樣的突變常見于分離自較長(zhǎng)的時(shí)間段（大于等于 6個(gè)月）或者 是大規(guī)模延伸暴發(fā)的病人中。 無(wú) 關(guān) ： 三個(gè)獨(dú)立的基因事件 引起的條帶變化（ 7個(gè)或者是以上的條帶變化）。 TENOVER原則 TENOVER原則的聚類方法 首先，檢查所有的帶型，確定能否發(fā)現(xiàn)一個(gè) 暴發(fā)帶型 或者 代表帶型 。如果沒有發(fā)現(xiàn)代表帶型，那么這些分離株很可能是流行病學(xué)無(wú)關(guān)菌株。（流行相關(guān)的菌株中沒有代表帶型的情況是小概率事件）。 其次，以暴發(fā)帶型為基礎(chǔ)和其他分離株的帶型進(jìn)行比較。應(yīng)該確定每個(gè)帶型與暴發(fā)帶型的關(guān)系。帶型差異
教學(xué)課件相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號(hào)-1