ncbi站點(diǎn)的一般介紹及其它資源庫的介紹(編輯修改稿)
2025-02-05 17:00 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 粒 。 ? 瘧原蟲 UniGene ? 被整理成簇的 EST和全長 mRNA序列 ， 每一個(gè)代表一種特定已知的或假設(shè)的人類基因 ， 有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的交叉參考 。序列數(shù)據(jù)可以以 cluster形式在 Unigene網(wǎng)頁下載 ，完整的數(shù)據(jù)可以從 FTP站點(diǎn) repository/UniGene目錄下下載 。 ? 人類 UniGene ? 小鼠 UniGene ? 大鼠 UniGene ? 斑馬魚 UniGene BLAST ?將你的序列同核酸庫中的的序列比較 ，檢索相似的序列 。 （ 更詳細(xì)的信息見下面 Tools/Sequence相似搜索部分 ） ? BLAST 查找 ? BLAST指南 蛋白序列 ? Entrez蛋白 — 用 accession number,作者姓名 ， 物種 ， 基因 /蛋白名字 ， 以及很多其它的文本術(shù)語來搜索蛋白序列記錄 （ 在GenPept + SwissProt + PIR + RPF + PDB中 ） 。 更多的關(guān)于 Entrez的信息見下 。 如果要檢索大量數(shù)據(jù) ， 也可使用 B a t c h Entrez（ 批量 Entrez） 。 ? RefSeq ? NCBI數(shù)據(jù)庫的參考序列 。 Curated, 非冗余集合包括基因組 DNA contigs,已知基因的 mRNAs和蛋白 ， 在將來 ， 整個(gè)的染色體 。 Accession numbers用 NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和 NC_xxxxxx的形式來表示 。 FTPGenPept ?下載 “ ” 文件 ， 這個(gè)文件包含了從 GenBank/EMBL/DDBJ記錄中翻譯過來的 FASTA格式的氨基酸序列 ， 這些記錄都有一到兩個(gè) CDS特性的描述 。 ? 完整基因組 ?參見下面 Genome和 Maps部分 ， 包括各種物種資源 ， 人 ， 小鼠 ， 大鼠 ， 酵母 ， 線蟲 ， 瘧原蟲 ， 細(xì)菌 ， 病毒 ， viroids， 質(zhì)粒 。 Entrez基因組 ? 提供了一個(gè)編碼區(qū)的概要和各種物種的分類表（ TaxTable） 。 編碼區(qū)概要列出了在基因組中所有的的蛋白 ， 并提供鏈接到 FASTA文件和BLAST。 分類表總結(jié)了蛋白 BLAST分析的結(jié)果 ，建議他們的可能功能 ， 并用顏色編碼的圖來顯示物種同其它物種之間的關(guān)系 （ 參見下面39。Genomes和 Maps,39。部分 Entrez基因組的一般描述 ） ? FTP基因組蛋白 ?從 ftp站點(diǎn)的 genbank/genomes目錄下下載各種物種的 FASTA格式的氨基酸序列*.faa和蛋白表文件 *.ptt。 參見 readme文件 。蛋白表也可以在 Entrez基因組中看到 。 ? PROW ? Web上的蛋白資源 ， 關(guān)于大約 200種人類的 CD細(xì)胞表面分子的簡短官方向?qū)?。 互相檢索 ， 為每個(gè) CD抗原提供大約 20中標(biāo)準(zhǔn)信息的分類 （ 生化功能 ， 配體 ， 等等 ） ? BLAST ?將你的序列同蛋白庫中的的序列比較 ，檢索相似的序列 。 （ 更詳細(xì)的信息見下面 Tools/Sequence相似搜索部分 ） ? BLASTp 查找 ? PSIBLAST 結(jié)構(gòu) ? ?結(jié)構(gòu)主頁 — 關(guān)于 NCBI結(jié)構(gòu)
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