生物學(xué)常用軟件簡介(編輯修改稿)
2024-09-11 22:52 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 ackage. ? 序列比對（ alignment）：為確定兩個或多個序列之間的相似性以至于同源性，而將它們按照一定的規(guī)律排列。 ? 將兩個或多個序列排列在一起，標(biāo)明其相似之處。序列中可以插入間隔（通常用短橫線 “ ”表示）。對應(yīng)的相同或相似的符號（在核酸中是 A, T（或U） , C, G，在蛋白質(zhì)中是氨基酸殘基的單字母表示）排列在同一列上。 (1)全局比對 I clustal w(多序列全局比對） CLUSTAL是一種漸進(jìn)的比對方法，先將多個序列兩兩比對構(gòu)建距離矩陣，反應(yīng)序列之間兩兩關(guān)系；然后根據(jù)距離矩陣計算產(chǎn)生系統(tǒng)進(jìn)化指導(dǎo)樹，對關(guān)系密切的序列進(jìn)行加權(quán)；然后從最緊密的兩條序列開始，逐步引入臨近的序列并不斷重新構(gòu)建比對，直到所有序列都被加入為止?，F(xiàn)在的版本是 clustal w2 Clust w2可以用于核酸或蛋白質(zhì)的多序列比對，也可以用來構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。它的使用方式可以在線使用，也可以使用 使用。 II MUSCLE MUSCLE是一個開源軟件，它的作用是可以對蛋白質(zhì)和核酸進(jìn)行多序列比對，在運(yùn)行速度和精度上都比 clustal w要好，它可以在網(wǎng)絡(luò)上運(yùn)行，也可以下載到本地運(yùn)行。 HMMER ? HMMER 是可以用來搜索使用統(tǒng)計模型或概要文件 “ 隱馬爾可夫模型 ” （ HMM）的基因序列數(shù)據(jù)庫的一個應(yīng)用程序包?？梢詮? 處免費(fèi)下載 HMMER 應(yīng)用程序包。可以在獨(dú)立的 HMMER 服務(wù)器上安裝 HMMER 應(yīng)用程序包，也可以在聯(lián)合服務(wù)器上安裝它。 Programs in HMMER Currently, the HMMER package contains nine programs. Two of these are programs for database searching: ? hmmpfam Search an HMM database for matches to a query sequence. ? hmmsearch Search a sequence database for matches to a single profile HMM. The other programs in the package are: ? hmmalign Align sequences to an existing model. ? hmmbuild Build a model from a multiple sequence alignment. ? hmmcalibrate Takes an HMM and empirically determines parameters that are used to make searches more sensitive, by calculating more accurate expectation value scores (Evalues). ? hmmconvert Convert a model file into different formats, including a pact HMMER 2 binary format, and best effort emulation of GCG profiles. ? hmmemit Emit sequences probabilistically from a profile HMM. ? hmmfetch Get a single model from an HMM database. ? hmmindex Index an HMM database. (2)局部比對 I blast: 基于局部比對算法的搜索工具，可用于核酸和蛋白質(zhì)序列的局部比對。 最新的 blast還可以檢索 pcr引物 II genwise Genwise用來做蛋白質(zhì)和 dna序列間的比對，軟件比對過程中會考慮剪切位點的信息，所以可以定義出內(nèi)含子 /外顯子結(jié)構(gòu)，它可以把基因的多個外顯子鏈接起來，從而得到基因整體的比對情況。 一次只能進(jìn)行一條蛋白質(zhì)序列和一條 dna序列的比對。 (3)Fasta軟件 另一個常用的核酸和蛋白質(zhì)序列庫搜索程序是 FASTA，即 FASTN和 FASTP程序的新版本。
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