生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)(編輯修改稿)
2024-08-16 04:24 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 transition path given an observed sequence of symbols. It is actually very similar to the forward algorithm。 2022/8/17 23 Viterbi algorithm 2022/8/17 24 Viterbi in c /* 1. Initialization */ for (i = 1。 i = phmmN。 i++) { delta[1][i] = phmmpi[i] * (phmmB[i][O[1]])。 psi[1][i] = 0。 } /* 2. Recursion */ for (t = 2。 t = T。 t++) { for (j = 1。 j = phmmN。 j++) { maxval = 。 maxvalind = 1。 for (i = 1。 i = phmmN。 i++) { val = delta[t1][i]*(phmmA[i][j])。 if (val maxval) { maxval = val。 maxvalind = i。 } } delta[t][j] = maxval*(phmmB[j][O[t]])。 psi[t][j] = maxvalind。 } } 2022/8/17 25 生物學(xué)中的數(shù)學(xué)模型 2022/8/17 26 馬氏鏈 2022/8/17 27 馬氏鏈 2022/8/17 28 馬氏鏈 2022/8/17 29 隱馬可夫模型 2022/8/17 30 隱馬可夫模型 2022/8/17 31 隱馬可夫模型 profile 2022/8/17 32 Related software ? HMMER ? SAM(Sequence Alignment and Modeling System) ? HMMpro A windows version for HMM The Division of Biomedical Informatics at Cincinnati Children39。s Hospital Medical Center ? metaMEME: A motif based Hidden Markov Model 2022/8/17 33 HMMER ? Profile hidden Markov models (profile HMMs) can be used to do sensitive database searching using statistical descriptions of a sequence family39。s consensus. HMMER is a freely distributable implementation of profile HMM software for protein sequence analysis. The current version is HMMER (3 Oct 2022), containing minor bugfixes and updates for the May 2022 release of HMMER . 2022/8/17 34 HMMER 2022/8/17 35 How to create a HMM 多序列比對 相關(guān)序列選取 模型構(gòu)建 模型訓(xùn)練 參數(shù)調(diào)整 應(yīng)用 確立模型 2022/8/17 36 Example: 1. Sequence selection 選取相關(guān)的序列 2022/8/17 37 Save result as msf format 多序列比對 2022/8/17 38 模型建立 ? ? ? 模型建立 用相關(guān)序列對模型進(jìn)行訓(xùn)練 參數(shù)調(diào)整 2022/8/17 39 模型文件（ 1） [] NAME globins50 LENG 162 ALPH Amino RF no CS no MAP yes COM ./hmmbuild NSEQ 50 DATE Thu Sep 18 00:02:14 2022 CKSUM 4694 XT 8455 4 1000 1000 8455 4 8455 4 NULT 4 8455 NULE
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