srrna應(yīng)用的復(fù)興(編輯修改稿)
2024-08-13 17:23 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 xonomic Unit）。②選擇OTU的性狀（ 包括形態(tài)學(xué)、細(xì)胞學(xué)、古生物學(xué)、生物化學(xué)等各種性狀）③全面計(jì)算相似性 S。 方法是把一個(gè) OTU與另外的每個(gè)OTU作比較，通常用百分比來(lái)表示。 S為百分之百表示完全一致，S為百分之零則表示沒(méi)有相似。然后把每個(gè) OTU的 S系數(shù)列成一個(gè)相似性表或矩陣。④進(jìn)行 “ 簇分析 ” 。把相似性矩陣加以重排，把那些彼此有高度相似性的 OTUs集在一起，形成 “ 簇 ” 。將這些簇分階層地排成樹(shù)狀圖，就可以根據(jù)具體情況選擇不同的相似性水平來(lái)代表不同的等級(jí)。⑤判別。分類完成后，再倒回去重新檢查一下性狀，將最穩(wěn)定的性狀作為檢索表的特征。數(shù)值分類學(xué)的方法采用的性狀數(shù)量多，用計(jì)算機(jī)運(yùn)算速度快，所得的結(jié)果比較客觀。起初用于細(xì)菌和病毒等微生物的分類，后來(lái)又?jǐn)U展到高等動(dòng)植物的分類研究。 物種多樣性指數(shù) ? 物種多樣性指數(shù) 是用簡(jiǎn)單的數(shù)值表示群落內(nèi)種類多樣性的程度，用來(lái)判斷群落或生態(tài)系統(tǒng)的穩(wěn)定性指標(biāo)。在清潔或良好環(huán)境中，生物種類多樣大，數(shù)量較少；在環(huán)境惡化或污染條件下，敏感種類消失，耐污種類發(fā)展，種類單純，但數(shù)量可能很大。多樣性指數(shù)可用來(lái)表示環(huán)境質(zhì)量的變化。其優(yōu)點(diǎn)是對(duì)物種名稱鑒定要求不嚴(yán)格，應(yīng)用比較方便。常用的多樣性指數(shù)有以下幾種：豐富度指數(shù)、辛普森多樣性指數(shù)、香農(nóng)多樣性指數(shù)。在水質(zhì)評(píng)價(jià)中上述指標(biāo)多用于無(wú)脊椎動(dòng)物，也可用于藻類和周叢生物。 分析工具 ? 新技術(shù) UniFrac 通過(guò)對(duì)一個(gè)特定的樣本進(jìn)行主要的等位分析來(lái)鑒別造成不同群落的環(huán)境變化。用來(lái)測(cè)定系統(tǒng)樹(shù)中的一個(gè)獨(dú)特的分支。 優(yōu)點(diǎn)：它防止了通常 OTU的任意分配的過(guò)程，或是完全依賴基因樹(shù)的量度來(lái)處理數(shù)據(jù)， 因此在種及類水平的不同所占比重比門(mén)水平小，但是仍然在全部分析中被考慮到。這個(gè)方法已經(jīng)被應(yīng)用到環(huán)境變化及許多種的研究數(shù)據(jù)，它通常產(chǎn)生新的生物認(rèn)識(shí)。 缺點(diǎn)：因只要用單一的序列，因此對(duì)變化是不敏感的，而這些變化對(duì)理解群落對(duì)
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