srrna應(yīng)用的復興-文庫吧資料
2025-07-23 17:23本頁面
【正文】 分析工具 ? 技術(shù)改進 —— weighted UniFrac 通過分配權(quán)重到物種系統(tǒng)進化樹的分支來彌補 UniFrac的缺點 。這個方法已經(jīng)被應(yīng)用到環(huán)境變化及許多種的研究數(shù)據(jù)，它通常產(chǎn)生新的生物認識。用來測定系統(tǒng)樹中的一個獨特的分支。在水質(zhì)評價中上述指標多用于無脊椎動物，也可用于藻類和周叢生物。其優(yōu)點是對物種名稱鑒定要求不嚴格，應(yīng)用比較方便。在清潔或良好環(huán)境中，生物種類多樣大，數(shù)量較少；在環(huán)境惡化或污染條件下，敏感種類消失，耐污種類發(fā)展，種類單純，但數(shù)量可能很大。起初用于細菌和病毒等微生物的分類，后來又擴展到高等動植物的分類研究。分類完成后，再倒回去重新檢查一下性狀，將最穩(wěn)定的性狀作為檢索表的特征。將這些簇分階層地排成樹狀圖，就可以根據(jù)具體情況選擇不同的相似性水平來代表不同的等級。④進行 “ 簇分析 ” 。 S為百分之百表示完全一致，S為百分之零則表示沒有相似。②選擇OTU的性狀（ 包括形態(tài)學、細胞學、古生物學、生物化學等各種性狀）③全面計算相似性 S。數(shù)值分類學的工作方法大致分為 5步。 OTU ? 應(yīng)用數(shù)學方法和電子計算機來研究生物分類問題的邊緣學科。 分析工具 ? 單個樣品的研究：運用 多樣性指數(shù) 和 操作分類單位（ OTU）評估法 ? 數(shù)據(jù)以一些相似率的設(shè)定為基礎(chǔ)被組織成 OTUs， ? 計算相似性指數(shù)，評價不同群落的相似程度。 ? 優(yōu)點：是成本低，速率高。 第二代：平均讀出 200bps，每次可產(chǎn)生100Mbp 的數(shù)據(jù) 第二代：平均讀出 400bps，每次可產(chǎn)生 500Mbp 的數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)產(chǎn)生 高密度的微點陣技術(shù) ：使用種系發(fā)育的專門的探針PhyloChip 。 數(shù)據(jù)產(chǎn)生 454 pyrosequencing測序法 —— 比按每個堿基計費的 Sanger測序法要便宜一個數(shù)量級 —— 能夠提高 16s RNA測序的吞吐量和分辯率。
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