中科大ms--如何使用力場方法來計算氣體在材料中的擴散系數(shù)(編輯修改稿)
2025-06-03 22:20 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 rer 中出現(xiàn)了一個新的名為 AC Constr 的文件夾。當(dāng)計算結(jié)束時，會產(chǎn)生一個包含不規(guī)則晶胞的軌跡文檔 。 關(guān)閉 Amorphous Cell Construction 對話框。雙擊 。這個文檔中包含了一個有八聚 PDMS 和 4 個氧分子的周期性晶胞。 ３． 晶胞的弛豫。 當(dāng)一個無規(guī)則晶胞生成時，分子可能不是等價地分布在晶胞中，這樣就造成了真空區(qū)。為了矯正這個，要進行能量最小化來優(yōu)化晶胞。最小化過后，要進行分子動力學(xué)模擬來平衡晶胞。 當(dāng)你構(gòu)建無規(guī)則晶胞時，都要用能量最小化和分子動力學(xué)來進行結(jié)構(gòu)弛豫。 在能量最小化之前，清空工作區(qū)。 選擇 File | Save Project，接著再從菜單欄中選取 Windows | Close All。雙擊 Project Explorer 中的 。 當(dāng)一個包含周期性結(jié)構(gòu)的 3D 原子文檔被打開時，那些非鍵的設(shè)定會重新變成默認值。文檔 中也有周期性結(jié)構(gòu)，因此在打開之后要把非鍵的設(shè)定從默認值改回來。 從菜單欄中選擇 Modules | Discover | Setup 來顯示 Discover Setup 對話框，從中選取NonBond條目。把 Apply settings to 改成 vdW amp。 Coulomb。把 Summation method 改成 Group Based。 關(guān)閉 Discover Setup 對話框。 現(xiàn)在你已經(jīng)準備好對整個晶胞進行能量最小化了。由于本教程中時間有限，只能進行 2022步的優(yōu)化計算。在實際計算中，因該把整個優(yōu)化運行完全。 點擊工具條上的 Discover 按鈕 ，然后從下拉列表中選擇 Minimizer。在Discover Minimization對話框中，把 Maximum iterations從 5000改為 2022。點擊Minimize。關(guān)閉 Discover Minimization 對話框。 任務(wù)結(jié)束后，最終的結(jié)構(gòu)保存在文件夾 cell Disco Min 中?，F(xiàn)在要用分子動力學(xué)模 擬繼續(xù)進行弛豫。 從菜單欄中選取 Modules | Discover | Dynamics。將會顯示 Discover Molecular Dynamics 對話框。 有各種不同的分子動力學(xué)模擬，以系綜分類，分別為 NVE, NVT, NPT, 和 NPH。字母含義如下： N=固定粒子數(shù) V=固定體積 E=固定能量 T=固定溫度 P=固定壓強 H=固定焓 要平衡一個準備進行擴散計算的晶胞， NPT 系綜是最好的選擇。不過，本教程中采用最快的 NVT 系綜。 把 Ensemble 改為 NVT。把溫度改為 300。把 Number of steps 從 5000 改為 2022.把 Trajectory Save 選項改為 Final Structure。點擊 Run。 注：在一個實際的模擬中，你很可能需要至少 50ps 來平衡晶胞。這與系統(tǒng)的大小有關(guān)。系統(tǒng)越大，平衡所需時間越長。對 NVT 系綜來說，當(dāng)即時更新的圖表文檔中的能量固定不變時，系統(tǒng)就平衡了。在平衡過程中你也要根據(jù)速度來調(diào)節(jié)溫度。 現(xiàn)在把工作區(qū)清空。 在 File中點擊 Save Project ，從菜單欄中選取 Windows | Close All，雙擊 cell Disco Dynamics
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