物理圖繪制ppt課件(編輯修改稿)
2025-06-01 02:19 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 重疊群 (contig)。 構(gòu)建重疊群： 步移法和指紋法 指紋作圖 — 3種指紋 在基因組范圍內(nèi)查找重疊的克隆，最好的方法是克隆指紋排序。 指紋指克隆的 DNA序列所具有的特定的 DNA片段組成 。 限 制 性 片 段 指 紋 作 圖 原 理 限制性片段指紋電泳圖 指紋重疊群構(gòu)建 酵母基因組遺傳圖與物理圖的整合 染色體細(xì)胞圖 細(xì)胞圖 ：通過(guò)原位雜交的方法將基因或 DNA 分子標(biāo)記定位在染色體的某一區(qū)段，由此繪制圖稱為細(xì)胞圖。 最常用的細(xì)胞圖繪制技術(shù)為熒光原位雜交。（ fluorescent in situ hybridization , FISH） 原位雜交是以標(biāo)記的 DNA分子為探針，檢測(cè)完整染色體的一種雜交分析方法， 其必須使染色體 DNA 成為單鏈 。 熒光原位雜交 一種封閉雜交探針中重復(fù)序列的方法 限制性作圖 不能用于大型基因組； 克隆重疊群 復(fù)雜，費(fèi)時(shí)費(fèi)力； FISH難于操作，數(shù)據(jù)積累慢。 目前最有效的物理作圖技術(shù)，也是能對(duì)大型基因 組產(chǎn)生最詳盡圖譜的技術(shù)，是 STS作圖，主要為 輻射雜種作圖。 序列標(biāo)簽位點(diǎn) （ Sequence tagged site, STS） 作圖 STS是一段短的 DNA序列，其長(zhǎng)度通常為 100—500bp。一段 DNA序列要成為 STS需滿足兩個(gè)條件： ，便于 PCR檢測(cè)； 2. STS必須在擬研究的染色體上有唯一的定位。 尋找 STS的方法 1）從 EST序列中尋找 2） SSLP 3）隨機(jī)基因組序列 1. STS在染色體上的位置是確定的。 2. 兩個(gè)不同的 STS出現(xiàn)在同一片段的機(jī)會(huì)取決 于它們?cè)诨蚪M中的位置，彼此接近，同 時(shí)出現(xiàn)在同一片段的機(jī)會(huì)就大，反之則小。 輻射雜種 作圖原理 STS作圖與連鎖分析是一樣的，不同之處僅在于兩個(gè)標(biāo)記間的圖距是根據(jù) 分離頻率 來(lái)計(jì)算的。 主要采用的方法是輻射雜種作圖。 輻射雜種（放射雜交體） ：指含有另一種生物染色體片段的嚙齒類細(xì)胞。 輻射雜種作圖的程序與方法 輻射雜種群 PCR 檢測(cè) STS標(biāo)記，根據(jù)成對(duì) STS出現(xiàn)頻率，判斷標(biāo)記是否連鎖及連鎖程度 輻射雜種圖距單位 輻射雜種的作圖單位為 厘鐳 (centiRay, cR)： DNA分子暴露在 N拉徳 (rad) X射線劑量下兩個(gè)分子標(biāo)記之間發(fā)生 1%斷裂的機(jī)率。 利用類似于遺傳重組原理和最大似然性的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法來(lái)計(jì)算存在于 DNA片段上的 STS之間的斷點(diǎn)頻率，以此估計(jì)標(biāo)記之間的距離。 《 Statistical Methods for Multipoint Radiation Hybrid Mapping》 人類 21號(hào)染色體輻射雜種圖 人類 21號(hào)染色體輻射雜種物理圖 人類基因組物理圖譜 : 人類基因組序列開(kāi)始測(cè)定時(shí)，已有 45萬(wàn)個(gè) EST，其中有一些重復(fù)序列，經(jīng)計(jì)算機(jī)分析篩選后得到49625個(gè)。 再?gòu)闹泻Y選出 3萬(wàn)個(gè) EST、 2個(gè)輻射雜交系庫(kù)（分別有 83和 93個(gè)細(xì)胞株）、 1個(gè)有 32022個(gè)克隆的 YAC文庫(kù)，用于構(gòu)建物理圖譜。 構(gòu)建物理圖譜的密度為每個(gè)標(biāo)記 183Kb。 EST分布結(jié)果表明，基因在染色體上的排列是不均勻的。 將物理圖譜和遺傳圖譜整合而成更加完整的人
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