同源建模詳細講解整理版(編輯修改稿)
2025-05-29 06:22 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 t mode:項目模式 難以 直接通過序列比對獲得 模板 需要 人工插入調(diào)節(jié) (借助蛋白結構編輯軟件 deepview) 可以 將前兩種模式模建出的蛋白進行 人為調(diào)整 ? 適用： 相似性不高 ITASSAR ? ITASSAR: ? *也可以下載本地安裝包 ? 評價：根據(jù)結果質(zhì)量檢驗， 該服務器應該是 自動建模的軟件里是結果最 詳細的， 二級結構 、 top10模型 、 配體結合位點 等等。 ? 缺點 ：計算 結果 時間比較長 結果需要進一步優(yōu)化 HOMCOS HOMCOS ： 同源二聚體建模 異源二聚體建模 識別可能的互作蛋白 ESyPred3D ? ESyPred3D ： ? 評價： 自動建模 預測服務程序， ESyPred3D在目標 模板比對這一步做出的結果較好 ,且在預測序列與模板序列相似度差時有較好的模型預測效果。 Modeller ? 該軟件由 Sali lab開發(fā)，目前最新的版本是 ，可在 win下和 linux運行，需要對應版本的 python （ ） 。 完全免費 。 ? 主要 功能包括： 多聚體建模 ， 二硫鍵建模 ， 雜原子建模 等 (配體、輔酶等 )。自帶一套模建結構后的 優(yōu)化 、 分析 。 ? But！ 該軟件完全是 命令行 模式， 操作 相對 復雜 ， 可 控 制的地方多 。 Easymodeller ? 對于習慣于 GUI的我們來說， modeller操作不太方便。 ? 于是。 ? 印度 Hyderabad大學的一位牛人 Kuntal Kumar Bhusan為其編寫了一個 GUI界面，即為 Easy Modeller。 EasyModeller，目前 最新版本為 。 ? 之后，又有 SWIFT MODELLER， UCSF Chimera interface ? *注： 圖形用戶界面（ Graphical User Interface， GUI） 指定工作目錄 輸入氨基酸序列 加載模板信息（可指定加載某條鏈，可加載多
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