【文章內(nèi)容簡介】 說明鏈 2中 1位 Cys與 5位 Cys中有二硫鍵。 綜合（ 1）、（ 2）、（ 3）、（ 4）可得結(jié)果。 解：（ 1）用羧肽酶 A和 B處理十肽無效說明該十肽 C末端殘基為 Pro； （ 2）胰蛋白酶專一斷裂 Lys或 Arg殘基的羧基參與形成的肽鍵，該十肽在胰蛋白酶處理后產(chǎn)生了兩個四肽和有利的 Lys，說明十肽中含 Lys?或 Arg? LysLys?或 ArgLys? Lys? ArgLys?四種可能的肽段，且水解位置在 4與 5與 6或 4與 8與 9與 10之間； （ 3）梭菌蛋白酶專一裂解 Arg殘基的羧基端肽鍵，處理該十肽后，產(chǎn)生一個四肽和一個六肽，則可知該十肽第四位為 Arg； （ 4）溴化氰只斷裂由 Met 殘基的羧基參加形成的肽鍵，處理該十肽后產(chǎn)生一個八肽和一個二肽，說明該十肽第八位或第二位為 Met；用單字母表示二肽為 NP，即 AsnPro，故該十肽第八位為 Met； （ 5）胰凝乳蛋白酶斷裂 Phe、 Trp和 Tyr等疏水氨基酸殘基的羧基端肽鍵，處理該十肽后，產(chǎn)生兩個三肽和一個四肽，說明該十肽第三位、第六位或第七位為 Trp或 Phe； （ 6）一輪 Edman降解分析 N末端，根據(jù)其反應(yīng)規(guī)律，可得 N末端氨基酸殘疾結(jié)構(gòu)式為：NHCH(CH2OH)C(=O)，還原為 NHCH(CH2OH)COOH，可知此為 Ser； 結(jié)合（ 1）、（ 2）、（ 3）、（ 4）、（ 5）、（ 6）可知該十肽的氨基酸序列為： SerGluTyrArgLysLysPheMetAsnPro 解：胰蛋白酶酶專一水解 Lys和 Arg殘基的羧基參與形成的肽鍵，故該四肽中含 Lys或 Arg；一肽段在280nm附近有強光吸收且 Pauly反應(yīng)和坂口反應(yīng)（檢測胍基的）呈陽性，說明該肽段含 Tyr和 Arg；溴化氰專一斷裂 Met殘基的羧基參加形成的肽鍵，又因生成了與茚三酮反應(yīng)呈黃色的氨基酸，故該肽段為MetPro；所以該四肽的氨基酸組成為 TyrArgMetPro，即 YRMP。 蜂毒明 肽（ apamin）是存在蜜蜂毒液中的一個十八肽，其序列為 CNCKAPETALCARRCH，已知蜂毒明肽形成二硫鍵，不與碘乙酸發(fā)生反應(yīng)，（ 1）問此肽中存在多少個二硫鍵？（ 2）請設(shè)計確定這些（個）二硫鍵位置的策略。 [（ 1）兩個；（ 2）二硫鍵的位置可能是 13和 1115 或 111和 315 或 115和 311，第一種情況，用胰蛋白酶斷裂將產(chǎn)生兩個肽加 Arg；第二種情況和第三種，將產(chǎn)生一個肽加 Arg，通過二硫鍵部分氧化可以把后兩種情況區(qū)別開來。 ] 解：（ 1）用 BOC保護 Ala 氨基端，然后將其羧基掛接 在樹脂上； （ 2）除去 N端保護，將用 BOC保護的 Arg用縮合劑 DDC與 Ala相連； （ 3）將把樹脂懸浮在無水三氟乙酸中，通人干燥的 HBr，使肽與樹脂脫離，同時保護基也被切除。 所有試卷資料免費下載 corundum 整理 8 若打算向 LysAla加入一個亮氨酸殘基使成三肽，可能的坑為： Leu可能接在 Arg的非α 氨基上。 第五章 蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu) ：（ 1）考慮到α螺旋中每 ，故該α螺旋的軸長為： 78 (2) 考慮到完全伸展時每個氨基酸殘基約占 ，故此時長為： 78 = ：一般來講氨基酸的平均分子量為 120Da，此蛋白質(zhì)的分子量為 240000Da，所以氨基酸殘基數(shù)為 240000247。 120=2022個。設(shè)有 X個氨基酸殘基呈α螺旋結(jié)構(gòu)，則： X +（ 2022X） = 105 107=506nm 解之得 X=970，α螺旋的長度為 970 =，故α 螺旋占該蛋白質(zhì)分子的百分比為： 100%=29% 20kj/mol，但在折疊的蛋白質(zhì)中它對蛋白質(zhì)的穩(wěn) 定焓貢獻卻要小得多（ 5kj/mol）。試解釋這種差別的原因。 [在伸展的蛋白質(zhì)中大多數(shù)氫鍵的供體和接納體都與水形成氫鍵。這就是氫鍵能量對穩(wěn)定焓貢獻小的原因。 ] ：據(jù) P206圖 513拉氏構(gòu)象圖， =φ 80176。ψ =+120176。時可知該螺旋為左手性，每圈殘基數(shù)為 。 ，而且還取決于肽鏈的氨基酸側(cè)鏈的性質(zhì)。試預(yù)測在室溫下的溶液中下列多聚氨基酸那些種將形成α螺旋，那些種形成其他的有規(guī)則的結(jié)構(gòu)，那些種不能形成有規(guī)則的結(jié)構(gòu)？并說明理由。（ 1）多聚亮氨酸， pH=；（ 2）多聚異亮氨酸， pH=；（ 3）多聚精氨酸， pH=；（ 4）多聚精氨酸， pH=13；（ 5）多聚谷氨酸， pH=；（ 6）多聚蘇氨酸， pH=；（ 7）多聚脯氨酸， pH=；[（ 1）（ 4）和（ 5）能形成α螺旋；（ 2）（ 3）和（ 6）不能形成有規(guī)則的結(jié)構(gòu)；（ 7）有規(guī)則，但不是α螺旋 ] 6. 多聚甘氨酸的右手或左手α螺旋中哪一個比較穩(wěn)定？為什么？ [因為甘氨酸是在α 碳原子上呈對稱的特殊氨基酸，因此可以預(yù)料多聚甘氨酸的左右手α螺旋（他們是對映體）在能量上是相當?shù)?，因而也是同等穩(wěn)定的。 ] 101殘基的蛋白質(zhì)。該蛋白質(zhì)將有 200個可旋轉(zhuǎn)的鍵。并假設(shè)對每個鍵φ和ψ有兩個定向。問：（ a）這個蛋白質(zhì)可能有多種隨機構(gòu)象（ W）？（ b）根據(jù)（ a）的答案計算在當使 1mol該蛋白質(zhì)折疊成只有一種構(gòu)想的結(jié)構(gòu)時構(gòu)想熵的變化（Δ S 折疊 ）；（ c）如果蛋白質(zhì)完全折疊成由 H鍵作為穩(wěn)定焓的唯一來源的α螺旋，并且每 mol H 鍵對焓的貢獻為 5kj/mol，試計算Δ H 折疊 ；（ d）根據(jù)逆的（ b）和（ c）的答案，計算 25℃時蛋白質(zhì)的Δ G 折疊 。該蛋白質(zhì)的折疊形式在 25℃時是否穩(wěn)定？ [（ a） W=2200= 1060；（ b）Δ S 折疊 = kj/（ K mol）（ c）Δ H 折疊 100（ 5 kj/mol） =500 kj/mol；注意，這里我們沒有考慮在螺旋末端處某些氫鍵不能形成這一事實，但考慮與否差別很小。（ d）Δ G 折疊= kj/ 25℃時Δ G 折疊 0，因此折疊的蛋白質(zhì)是穩(wěn)定的。 ] A 和 B，有著相似的三級結(jié)構(gòu)。但是在正常情況下 A 是以單體形式存在的，而 B 是以四聚體（ B4）形式存在的，問 A 和 B 的氨基酸組成可能有什么差別。 [在亞基 亞基相互作用中疏水相互作用經(jīng)常起主要作用，參 與四聚體 B4的亞基 亞基相互作用的表面可能比單體 A的對應(yīng)表面具有較多的疏水殘基。 ] 。利用表 56 中的數(shù)據(jù)和 ChouFaman 的經(jīng)驗規(guī)則，預(yù)測此區(qū)域 所有試卷資料免費下載 corundum 整理 9 的二級結(jié)構(gòu)。 RRPVVLMAACLRPVVFITYGDGGTYYHWYH [殘基 411是一個α螺旋，殘基 1419和 2430是β折疊片。殘基 2023很可能形成β轉(zhuǎn)角 ] ，完全暴露在水環(huán)境中和完全埋藏在蛋白質(zhì)分子非極性內(nèi)部的兩種多肽片段，哪一種更容易形成α螺旋？為什么？ [埋藏在蛋白質(zhì)的非極性內(nèi)部時 更容易形成α螺旋。因為在水環(huán)境中多肽對穩(wěn)定焓（Δ H 折疊 ）的貢獻要小些。 ] 300000，在酸性環(huán)境中可解離成兩個不同組分，其中一個組分的相對分子質(zhì)量為 100000，另一個為 50000。大的組分占總蛋白質(zhì)的三分之二，具有催化活性。用β 巰基乙醇（能還原二硫橋）處理時，大的失去催化能力，并且它的沉降速度減小，但沉降圖案上只呈現(xiàn)一個峰（參見第 7章）。關(guān)于該酶的結(jié)構(gòu)作出什么結(jié)論？ [此酶含 4個亞基，兩個無活性亞基的相對分子質(zhì)量為 50000，兩個催化亞基的相對分子質(zhì)量為 100000，每個催化 亞基是由兩條無活性的多肽鏈（相對分子質(zhì)量為 50000）組成。彼此間由二硫鍵交聯(lián)在一起。 ] ，直接用 SDS 凝膠電泳分析（見第 7 章）時，它的區(qū)帶位于肌紅蛋白（相對分子質(zhì)量為 16900）和β 乳球蛋白（相對分子質(zhì)量 37100）兩種蛋白之間，當這個毒素蛋白用β 巰基乙醇和碘乙酸處理后，在 SDS 凝膠電泳中仍得到一條區(qū)帶，但其位置靠近標記蛋白細胞素（相對分子質(zhì)量為13370），進一步實驗表明，該毒素蛋白與 FDNB反應(yīng)并酸水解后，釋放出游離的 DNPGly和 DNPTyr。關(guān)于此蛋白的結(jié)構(gòu)， 你能做出什么結(jié)論？ [該毒素蛋白由兩條不同的多肽鏈通過鏈間二硫鍵交聯(lián)而成，每條多肽鏈的相對分子質(zhì)量各在 13000左右。 ] 。（ a）對該分子說出兩各種可能的對稱性。穩(wěn)定締合的是哪種類型的相互作用（同種或異種）？（ b）假設(shè)四聚體，如血紅蛋白，是由兩個相同的單位（每個單位含α和β兩種鏈）組成的。問它的最高對稱性是什么？ [（ a） C4 和 D2， C4 是通過異種相互作用締合在一起，D2 是通過同種相互作用締合在一起，（ b） C2因為每個αβ二聚體是一個不對稱的原聚體 ] 階段裝配過程比一個單階段裝配過程更容易控制蛋白質(zhì)的質(zhì)量。考慮一個多聚體酶復合物的合成，此復合物含 6個相同的二聚體，每個二聚體由一個多肽 A和一個 B組成，多肽 A和 B的長度分別為 300個和 700個氨基酸殘基。假設(shè)從氨基酸合成多肽鏈，多肽鏈組成二聚體，再從二聚體聚集成多聚體酶，在這一建造過程中每次操作的錯誤頻率為 108，假設(shè)氨基酸序列沒有錯誤的話，多肽的折疊總是正確的，并假設(shè)在每一裝配階段剔除有缺陷的亞結(jié)構(gòu)效率為 100%，試比較在下列情況下有缺陷復合物的頻率：（ 1）該復合物以一條 6000 個氨基酸連續(xù)的多肽鏈一步合 成，鏈內(nèi)含有 6個多肽 A 和 6 個多肽 B。（ 2）該復合物分 3個階段形成：第一階段，多肽 A和 B的合成；第二階段， AB二聚體的形成；第三階段， 6個 AB二聚體裝配成復合物。 [（ 1）有缺陷復合物的平均頻率是 6000 108=6 105] [（ 2）由于有缺陷的二聚體可被剔除，因此有缺陷復合物的平均率只是最后階段的操作次數(shù)（ 5 次操作裝配 6個亞基）乘以錯誤頻率，即： 5 108。因此它比一步合成所