西北太平洋厚蟹屬的物種界定和生物地理學研究(編輯修改稿)
2025-02-04 12:18 本頁面
【文章內容簡介】 劃數(shù)集為五部分 12S, 16S, 和 3個COI編碼區(qū) , 每一部分在 MrModel test version (Nylander, 2022)中選擇一個獨立替代模型 第三步：以每百代取樣頻率在MrBayes version (Ronquist and Huelsenbeck, 2022) 第四步：丟棄前三分之一部分，余下部分用于構建系統(tǒng)樹 實驗內容 單倍型網(wǎng)絡圖的構建 第一步：單倍型的鑒別使用軟件 DnaSP (Rozas et al., 2022) 第二步：在 95%的 隔離置信區(qū)間下，用簡約法 statistical parsimony algorithm (Templeton et al., 1992)在軟件 TCS (Clement et al., 2022). 實驗內容 種間遺傳差異分析 第一部分：用配對 P距離描述配對的物種間 12S, 16S, COI, and ITS2單倍型的差異 MEGA (Kumar et al., 2022) 第二部分：用線粒體 (12S+16S+COI)數(shù)據(jù)集和 ITS2基因在軟件 ARLEQUIN version (Excoffier et al., 2022)中做分子生物學方差分析(AMOVA) 實驗內容 基因流和分化時間 基因流：使用隔離遷徙模型 isolationwithmigration (IM) (Hey and Nielsen, 2022。 Hey, 2022)計算 H. formosensis, H. latimera和 H. Tientsinensis之間的基因流 分化時間： H. formosensis, H. latimera, 和 H. tientsinensis之間分化時間的計算利用 COI核 16S基因數(shù)據(jù)在 IM模型下得到。 以 16S每百萬年變異率 177。 % , COI每百萬年變異率 177。 % (Schubart et al. 1998)為標準在 MEGA中計算 H. tridens 和 H. formosensislatimeratientsinensis復合體間凈平均種群間遺傳距離 實驗 內容 —形態(tài)上的分析 依據(jù)眼下方齒數(shù)和肝側下脊線齒數(shù)做如下三種統(tǒng)計分析 雙因子方差分析 三種分析 相異性分析 聚類分析 數(shù)據(jù)轉換，對數(shù)化，做二維矩陣圖 利用相異系數(shù)矩陣分析配對個體間差異，在聚類分析中生成反應形態(tài)差異的聚類圖 以 P值作為顯著性指標，分析物種間和雌雄間齒數(shù)差異是否達到顯著 研究結果 —序列差異 12S
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