西北太平洋厚蟹屬的物種界定和生物地理學(xué)研究(編輯修改稿)
2025-02-04 12:18 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 劃數(shù)集為五部分 12S, 16S, 和 3個(gè)COI編碼區(qū) , 每一部分在 MrModel test version (Nylander, 2022)中選擇一個(gè)獨(dú)立替代模型 第三步：以每百代取樣頻率在MrBayes version (Ronquist and Huelsenbeck, 2022) 第四步：丟棄前三分之一部分，余下部分用于構(gòu)建系統(tǒng)樹(shù) 實(shí)驗(yàn)內(nèi)容 單倍型網(wǎng)絡(luò)圖的構(gòu)建 第一步：?jiǎn)伪缎偷蔫b別使用軟件 DnaSP (Rozas et al., 2022) 第二步：在 95%的 隔離置信區(qū)間下，用簡(jiǎn)約法 statistical parsimony algorithm (Templeton et al., 1992)在軟件 TCS (Clement et al., 2022). 實(shí)驗(yàn)內(nèi)容 種間遺傳差異分析 第一部分：用配對(duì) P距離描述配對(duì)的物種間 12S, 16S, COI, and ITS2單倍型的差異 MEGA (Kumar et al., 2022) 第二部分：用線粒體 (12S+16S+COI)數(shù)據(jù)集和 ITS2基因在軟件 ARLEQUIN version (Excoffier et al., 2022)中做分子生物學(xué)方差分析(AMOVA) 實(shí)驗(yàn)內(nèi)容 基因流和分化時(shí)間 基因流：使用隔離遷徙模型 isolationwithmigration (IM) (Hey and Nielsen, 2022。 Hey, 2022)計(jì)算 H. formosensis, H. latimera和 H. Tientsinensis之間的基因流 分化時(shí)間： H. formosensis, H. latimera, 和 H. tientsinensis之間分化時(shí)間的計(jì)算利用 COI核 16S基因數(shù)據(jù)在 IM模型下得到。 以 16S每百萬(wàn)年變異率 177。 % , COI每百萬(wàn)年變異率 177。 % (Schubart et al. 1998)為標(biāo)準(zhǔn)在 MEGA中計(jì)算 H. tridens 和 H. formosensislatimeratientsinensis復(fù)合體間凈平均種群間遺傳距離 實(shí)驗(yàn) 內(nèi)容 —形態(tài)上的分析 依據(jù)眼下方齒數(shù)和肝側(cè)下脊線齒數(shù)做如下三種統(tǒng)計(jì)分析 雙因子方差分析 三種分析 相異性分析 聚類(lèi)分析 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換，對(duì)數(shù)化，做二維矩陣圖 利用相異系數(shù)矩陣分析配對(duì)個(gè)體間差異，在聚類(lèi)分析中生成反應(yīng)形態(tài)差異的聚類(lèi)圖 以 P值作為顯著性指標(biāo)，分析物種間和雌雄間齒數(shù)差異是否達(dá)到顯著 研究結(jié)果 —序列差異 12S
醫(yī)療健康相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號(hào)-1