西北太平洋厚蟹屬的物種界定和生物地理學(xué)研究(完整版)
【正文】 ensis到 H. Latimera為 ,反向?yàn)橹? 研究結(jié)果 —基因流和分化時間 分化時間 分離物種 線粒體 COI基因分化率 計(jì)算的分化時間 16S核糖體基因計(jì)算的分 化時間 H. tridensVS 三復(fù)合種 突變率 177。 Liu et al., 2022) 魚類 蟹類 螺類 魚類 上新世和更新 世冰期交替 西北太平洋洋流 研究背景 此前的研究 1. Shih and Suzuki (2022) 分析了厚蟹線粒體 16S RNA 和 COI基因，認(rèn)為 H. latimera, H. formosensis和 H. tientsinensis組成了一個有待解決的復(fù)合分支 H. latimera clade，由此推測厚蟹可能只由兩個種組成 H. latimera 和 H. Tridens 研究背景 Shih and Suzuki的 研究存在的不足 1. 使用的分子標(biāo)記少，僅有 16S RNA 和 COI基因 2. 研究的地理區(qū)域相對較小 3. 形態(tài)學(xué)沒有佐證 Shih提出的 H. formosensis和 H. Tientsinensis是 H. latimera同物異名種 (他們眼框下的齒堤數(shù)有顯著差異 ) 4. 沒有給出明確的種的分界標(biāo)準(zhǔn) 研究目的 本研究擬解決的問題 1. 擴(kuò)大研究的范圍使用更多分子標(biāo)記探究厚蟹屬內(nèi) 物種的個數(shù) ，建立種與種之間的 形態(tài)學(xué)分類標(biāo)準(zhǔn) 2. 研究厚蟹屬的 歷史生 物地理學(xué) ，分析厚蟹屬的物種形成機(jī)制 材料方法 厚蟹的采集 1. 共 17個樣點(diǎn) 2. 共采集 123個樣本 , —42 H. formosensis — 37 H. latimera — 42 H. tientsinensis — 1 Helicana wuana — 1 Chasmagnathus convexus 材料方法 DNA的提取 ,擴(kuò)增 ,測序 1. 采用酚氯仿法從蟹的腿部肌肉提取總 DNA(Palumbi, 1996) 2. PCR擴(kuò)增以下片段： 12S rRNA, 16S rRNA, COI, ITS2和28S rRNA 3. –%的瓊脂糖凝膠電泳純化 PCR產(chǎn)物 4. 使用與 PCR相同的引物做測序 實(shí)驗(yàn)內(nèi)容 系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建 第一步：序列排序和視覺檢查 (Clustal X (Thompson et al., 1997) 第二步：選擇數(shù)集和拆分序列： 以 (12S+16S+COI)基因?yàn)閿?shù)據(jù)集構(gòu)建系統(tǒng)樹，首先劃數(shù)集為五部分 12S, 16
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